Потомство от брака Васко да Гамы и донны Катарины ди Атайди состояло из семи человек. Старшим был дон Франсишку да Гама, второй граф Видигейры, адмирал Индийского моря, придворный короля Жуана III. Вторым был дон Иштеван да Гама, который сопровождал отца в его третьем плавании в Индию и служил губернатором Индии в 1540–1542 годах. Имена этих двух старших сыновей имеются в списке пажей короля Мануэла. Третий сын, дон Педру да Силва, много раз плавал в Индию. Четвертый сын, дон Паулу да Гама, был губернатором Малакки в 1538 году и умер в Индии. Пятый сын, дон Криштован да Гама, отправился в Индию, а оттуда в Эфиопию, где был убит. Шестой сын, дон Алвару ди Атайди, наследовал своему брату дону Криштовану в должности губернатора Малакки. Кроме того, у Гамы была дочь, донна Изабелла ди Атайди. Она вышла замуж за Инасиу ди Нуронью, но он так с ней плохо обращался, что она ушла от него в монастырь Святой Клары в Лиссабоне. Там она умерла, завещав свое наследство брату, дону Иштевану. Ее могила находится в часовне Богоматери Зачатия в монастыре, и на могильном камне высечена надпись:
Здесь лежит донна Изабелла да Атайди, дочь графа-адмирала, открывшего Индию, удалившаяся вследствие своей набожности в этот монастырь. Она скончалась 17 марта 1568 года.
Никаких данных о семейной жизни Гамы не сохранилось. Линия рода Гамы не прервана, многие из его потомков еще живы, и глава их все еще гордо носит титул графа Видигейры.