Дойдя до Иссык-куля, экспедиция оказалась посреди громадного количества киргизских стад. Пришлось выслать вперед четырех казаков для того, чтобы расчищать дорогу среди этой массы животных.
У западной оконечности Иссык-куля, в расстоянии нескольких километров от берега озера, протекает река Чу, которая, вместо того чтобы впасть в озеро, поворачивает от него к горам и в грандиозном ущелье пересекает Кунгей-Алатау, хребет, отграничивающий Иссык-куль с севера.
Здесь, в том месте, где река Чу подходит к озеру, для гостей была приготовлена прекрасная юрта. Семенов объяснил сарыбагишам, что пришел к ним с мирными намерениями и что русские никогда не нападали и не намерены нападать на сарыбагишей. При этом Семенов передал подарки для Умбет-али, который был в отъезде. Семейство владетеля, в свою очередь, отдарило Семенова тремя прекрасными конями, и, таким образом, Умбет-али, по киргизскому обычаю, сделался тамыром (другом) Семенова.
На другой день Петр Петрович предпринял обследование западной оконечности Иссык-куля. Был установлен весьма важный факт: река Чу вовсе не вытекает из озера Иссык-куль, как изображалось на западноевропейских картах. Напротив того, огибая западный конец озера, она, прежде чем направиться в Буамское ущелье, временами отдает часть своих вод Иссык-кулю через проток Кутемалды.
Отсюда через Заилийский Алатау Семенов вернулся в Верное.
Из Верного Петр Петрович в следующем 1857 году предпринял новую экспедицию на Иссык-куль. К этому времени укрепление Верное значительно обстроилось, у домиков появились сады, казаки доставили с Алтая ульи. Местные кочевники-казахи, никогда не видавшие пчел, с изумлением рассказывали Семенову, что русские привезли такую муху, которая делает сахар.
Распря между богинцами и их соперниками, сарыбагишами, продолжалась. Богинцы стремились вернуть себе восточную половину иссык-кульского бассейна, отнятую у них сарыбагишами. Поэтому богинцы начали переговоры о вступлении в русское подданство, ожидая, что русские защитят их от противников. В конце 1856 года сарыбагишам удалось захватить в плен одну из жен властителя богинцев Бурамбая, а также жен трех его сыновей, после чего сарыбагиши уже считали весь бассейн Иссык-куля своею собственностью.
Местное русское военное начальство решило направить на Иссык-куль для улажения споров Семенова, а кроме того, — султана казахов Тезека, находившегося в дружественных отношениях с богинцами.
Дожидаясь отправления экспедиции, Семенов ежедневно делал из Верного (теперь Алма-Ата) экскурсии в предгорья Заилийского Алатау. В конце мая на горных склонах цвел розовыми цветами эремурус — растение высотою до трех метров, из семейства лилейных. Местное население добывает из него превосходный клей. Выше, по долине реки Алматики, на которой стоит Алма-Ата, появились очаровательные леса из диких яблонь, покрытых нежнорозовыми цветами, и абрикосовых деревьев.
В середине июня Семенов выехал из Верного в глубь Тянь-шаня во главе отряда, состоявшего из пятидесяти восьми человек при двенадцати верблюдах и семидесяти лошадях. Экспедиция имела целью посетить горы у восточной оконечности Иссык-куля.