Благодаря этому у него появилось много свободного времени, а королевское покровительство давало возможность не мучиться мыслями о заработке. Леонардо как раз в эти годы много разъезжал по Ломбардии, погруженный в свои геологические и географические изыскания, и наряду с обычными дисциплинами, которыми он не переставал интересоваться, математикой и механикой, начал усиленно работать по анатомии. Как это случилось со многими другими науками, он пришел к анатомии от искусства уже давно, а теперь она приобрела для него захватывающий интерес вполне самостоятельной науки.
«В эту зиму 1510 года, — заносит он в тетради, — думаю справиться вполне с анатомией». Он усиленно работает над трупами в госпитале, ночью. Обстановка была жуткая: в воздухе, насыщенном запахом тлена, среди множества изуродованных, изрезанных, исполосованных, ободранных трупов Леонардо терпеливо работал. Его интересовала кровеносная система. «Я вскрыл более десяти человеческих тел, — пишет он, — убрал все остальные части, удалил все мясо, которое было на этих венах, притом так, что совсем не появилась кровь, разве только кровоточили чуть-чуть капиллярные сосуды…». Ему попадались трупы больных, истощенных людей, и он тщательно заносил в книжку наблюдаемые на них анатомические особенности. В этих занятиях очень помогал Леонардо едва ли не крупнейший анатом своего времени, профессор в Павии — Маркантонио делла Торре. Оба ученых очень подружились, и профессор, увидя, что художник обладает совершенно незаурядными знаниями в области его специальности, стал убеждать его отдаться изучению анатомии систематически, независимо от случайно приводящих к ней интересов искусства. К великому огорчению Леонардо, Маркантонио, который мог сделаться для него таким же компетентным руководителем в анатомии, каким был Пачоли в математике, умер в 1511 году. Ему было всего тридцать лет, и он обещал бесконечно много. Леонардо искренне его оплакивал.
Этот год вообще был полон для Леонардо тяжелых потрясений. Еще раньше Маркантонио умер Шомон, неизменно остававшийся для Леонардо другом и покровителем. Во главе управления Миланом стали два очень даровитых воина: старый Джан Джакомо Тривульцио и молодой Гастон де Фуа. С Леонардо велись, по-видимому, какие-то переговоры о том, чтобы сделать конное надгробие для Тривульцио.
Положение французов в Милане стало вызывать опасения. Папа Юлий сколачивал против них Священную лигу. Начинались военные действия, которым долго не суждено было прекратиться, и Милан оказался в боевой зоне. Потом Гастон де Фуа во главе большой армии двинулся в поход, ранней весной 1512 года встретился под Равенной с соединенной армией Испании и папы, обратил ее в бегство, но сам был убит на поле своей победы. А его армия, оставшаяся без полководца, оказалась под напором оправившегося неприятеля в таком положении, что не в силах была защищать Милан.
Когда ушли французы, в город вступил совсем еще юный сын Моро, Массимилиано Сфорца, тот самый, для которого Леонардо когда-то расписывал игрушки и учебники. Его сделали герцогом, но он был марионеткой в руках швейцарцев. Одной из особенностей новой политики было то, что против итальянцев, служивших Франции, были воздвигнуты суровые гонения. Леонардо спасался от них большей частью в Ваприо у Мельци; но и там с каждым днем жить становилось тяжелее. Снова воскресли заботы о завтрашнем дне и то угнетенное состояние, которое всегда охватывает человека, когда после обеспеченного положения он сразу оказывается одиноким и в нужде.
Но тут вновь пришел на выручку случай. В мае 1513 года умер воинственный папа Юлий II, и конклав выбрал на его место молодого кардинала Джованни Медичи, сына Лоренцо. Новый папа принял имя Льва X и, как рассказывали, сейчас же после избрания сказал близким: «Будем же наслаждаться папством, которое даровал нам господь».
Имя Медичи одно, казалось, было ручательством, что начинается золотой век для художников, поэтов и ученых. Сын Лоренцо Великолепного не мог не быть меценатом, а средства для этого у него были огромные. Несколько месяцев назад под власть Медичи вернулась с помощью испанцев Флоренция, а теперь семье Медичи досталась тиара со всеми несметными богатствами, с нею соединенными. Поэтому в Рим началось настоящее паломничество. Особенно ретиво спешили туда художники. Многие из крупнейших работали в Риме уже при Юлии II: Микеланджело, Рафаэль, Браманте. Другие, которых выборы Льва X застали вне Рима, немедленно потянулись туда.
Леонардо больше, чем кто-либо, мог надеяться найти занятие в Риме. В Милане ему все равно оставаться было нельзя. И он поехал в Рим. Его сопровождали Салаи, Мельци и два новых ученика: Лоренцо и Фанфойа.