А недуги усиливались. Работать становилось трудно. Могучий ум начинали одолевать старческие сомнения. Пошли разговоры о том, что Леонардо вовсе не безбожник и не еретик. Его видели посещающим церковную службу, и Вазари, очевидно, со слов Мельци, с которым он познакомился позднее, рассказывает, что, «чувствуя приближение смерти, Леонардо стал усердно расспрашивать о вещах католических, о правильном пути и о христианской религии».
23 апреля 1519 года он послал за нотариусом и продиктовал ему свое завещание. Самым важным пунктом завещания был тот, согласно которому все его рукописи переходили в собственность Франческо Мельци, «миланского дворянина», «в вознаграждение за услуги, ему дорогие, оказанные в прежнее время». Салаи и Баттиста де Вилланис получили по половине его миланского виноградника, подаренного ему Моро, Матюрена — кое-что из вещей и небольшую сумму денег, братья — четыреста скуди, хранившиеся во Флоренции, и фьезоланское имение, которое он у них же отсудил в 1507 году. Через несколько дней — 2 мая 1519 года — Леонардо умер, причастившись, как полагается доброму католику. Два дня спустя его похоронили в одной из амбуазских церквей.
Мельци привез в Ваприо все бумаги Леонардо, которые были с ним во Франции. Но до отъезда во Францию Леонардо некоторую часть рукописей оставил в Италии, и они разошлись по рукам, вероятно, еще до смерти художника. Мельци бережно хранил те, которые были у него, вплоть до самой смерти (1570). Из них он извлек часть, относящуюся к живописи, кое-как привел в систему разрозненные записи и опубликовал под заглавием «Трактат о живописи».
Когда умер Франческо Мельци, сын его Орацио приказал снести на чердак старые рукописи, «принадлежавшие некоему Леонардо, умершему пятьдесят лет назад». Это послужило началом рассеяния рукописей. Часть их была просто раскрадена, другую Орацио сначала подарил одному студенту, потом взял у него назад, соблазнившись предложением скульптора Помпео Леони, служившего у Филиппа II Испанского и желавшего отвезти манускрипты Леонардо королю.
Мы не имеем возможности рассказывать историю литературного наследия Леонардо подробно. Она теперь известна во всех деталях. Огромное большинство его литературных произведении собрано в крупных хранилищах: в Париже, в Британском музее, в Виндзорской библиотеке, в Музее Виктории и Альберта, в Миланской Амброзиане и пр. Значительная часть их издана. Но изучение их еще далеко не закончено. Рукописи за время странствований многократно расшивались и сшивались, так что порядок листов во многих из них совершенно перепутан. Его нужно еще восстанавливать.
Тем не менее, с каждым годом возможность изучения рукописей становится больше, и, быть может, недалек тот день, когда можно будет на основании критически проверенного, приведенного в полный порядок материала подвести итог совершенно исключительной по широте охвата научной деятельности Леонардо, только по случайным причинам оставшейся неизвестной человечеству и не ставшей началом полного переворота в европейской науке.