1. Среди творений святого Кирилла по времени первыми были его экзегетические труды по Ветхому Завету. Еще до своего епископства он написал книгу «О поклонении в духе и в истине» (в диалогической форме), 13 книг «Изящных изречений» — Γλαφυρά и, вероятно, толкования на малых пророков и на книгу Исаии. В этих толкованиях святой Кирилл придерживался Александрийского метода, иногда даже в его крайностях. «Отсеки бесполезность истории и сними как бы древесину буквы, и дойди до самой сердцевины растения, т. е. тщательно исследуй внутренний плод заповеданного и употреби в пищу», — так он определяет правило толкования. Под буквой Писания он ищет «духовный смысл». В приложении к Ветхому Завету это правило оправдывалось вполне, «ибо данное в законе суть образы и в тенях начертано изображение истины». Поэтому и отменен закон только в его букве, но не по духовному содержанию и смыслу. В духовном смысле закон и доселе сохраняет силу. В первом своем толковательном труде святой Кирилл и раскрывает этот таинственный, иносказательный и непреложный смысл Моисеева закона и набрасывает связный очерк ветхозаветного домостроительства. В частности он останавливается на ветхозаветных прообразах Церкви. В книгах «Изящных изречений» он разрабатывает ту же тему и ставить себе задачей показать, что «во всех книгах Моисея прообразовано таинство Христа». Несколько слабее аллегоризм выражен в толкованиях на пророческие книги, в них преобладают исторические изыскания.

Только в отрывках сохранились толкования Кирилла на книги Царств, Песнь Песней, на пророков Иезекииля, Иеремию, Варуха и Даниила… Кроме греческого текста святой Кирилл нередко обращается и к еврейскому.

2. К донесторианскому времени относится составление обширного толкования на Евангелие от Иоанна, — в 12 книгах, — из VII-ой и VIII-ой книг сохранились только отрывки. Комментарий имеет догматический характер и по происхождению связан с задачами противоарианской полемики. Толкование на Евангелие от Луки, первоначально состоявшее из 156 бесед, сохранилось с пробелами, — в древнем сирийском переводе полнее, чем в греческом подлиннике. Сохранились незначительные отрывки из толкования на Евангелие от Матфея и на другие новозаветные книги. Экзегетические творения святого Кирилла были впоследствии переведены по-сирийски, уже в монофизитской среде.

3. На догматические темы святой Кирилл писал очень много. К донесторианскому периоду относятся два громадных труда, посвященных раскрытию Троического догмата, — «Сокровищница» и книги «О святой и нераздельной Троице». В «Сокровищнице» святой Кирилл в простой и краткой форме подводит итог всей противоарианской полемике, опираясь в особенности на святого Афанасия. Прежде всего, он останавливается на библейских доводах. В книге о Троице святой Кирилл развивает свои мысли в более свободной и при том в диалогической форме. Касается святой Кирилл здесь и христологической темы.

Обе книги написаны для некоего друга, по имени Немезия.

4. Во время Несторианской борьбы святой Кирилл писал очень много. На первом месте нужно напомнить его знаменитые анафематизмы или «главы» против Нестория с относящимися к ним «объяснениями» и «защищениями» против «восточных» и против Феодорита. Ранее анафематизмов были составлены «Схолии о воплощении Единородного» и книги «О правой вере», — к императору (Феодосию) и к царственным девам. После Ефесского собора составлено «Слово против не желающих исповедывать Святую Деву Богородицей» и диалог, «Что един Христос». Все эти «книги» святого Кирилла, направленные против несторианства, были очень рано переведены по-сирийски, отчасти Равуллой, еп. Едесским. Только в отрывках сохранились книги «Против синусиастов» и «Против Феодора и Диодора». Нужно сюда прибавить еще многочисленные письма, из которых многие представляют собою догматические трактаты. Таковы письма или послания к Несторию, письмо к Иоанну Антиохийскому, содержащее формулу единения, письма к Акакию Милетийскому, к Валериану Иконийскому, два письма к Суккенсу, епископу Диокесарийскому. В догматических творениях святого Кирилла видное место занимают ссылки на отеческое предание. По-видимому, он составил и особый свод отеческих свидетельств, «книгу текстов», которую упоминает Леонтий Византийский. Писал Кирилл, кажется, и против пелагиан.

5. Сохранилось 10 первых книг из обширного апологетического труда, — «О святой религии христианской против безбожного Юлиана». Из XI и XX книг сохранились только незначительные отрывки по-гречески и сирийски, — весь труд состоял, по-видимому, из 30 книг. Святой Кирилл разбирает здесь «три книги Юлиана против Евангелия и против христиан», писанные в 362 — 363 годах и, по-видимому, сохранявшие популярность и в начале V-го века. «Книги» Юлиана известны нам только в отрывках, сохраненных у святого Кирилла. Он приводит полностью текст своего противника и затем его подробно разбирает. В сохранившихся книгах речь идет об отношении между язычеством и иудейством и между Ветхим и Новым Заветом. В частности святой Кирилл много говорит о согласии Евангелистов между собою, синоптиков и Иоанна.

Полемика святого Кирилла имеет довольно резкий характер. Нового в ней немного. Святой Кирилл повторяет предшествующих апологетов, в особенности, Евсевия Кесарийского. Писал святой Кирилл уже после Ефесского собора.