За период времени от Грациана до Иннокентия III папская система одержала победу. Все законодательство декреталий от 1159 до 1320 г. основывается на сборнике законов Грациана, расширяя его объемы, и схоластическое богословие применяется к этой системе. Цитаты из отцов церкви берутся большею частью из юридических книг. Церковь, которая по догматике остается общиной верующих (предопределенных), на самом деле превращается в иерархию, папа -- в episcopus universalis. В церковной области немецкие короли допустили такое развитие и должны разделить ответственность за него.
Руководящие идеи относительно церкви, лишь теперь окончательно формулированные, были следующие: 1) иерархическая организация принадлежит к существу церкви, и мирское христианство во всех отношениях нуждается в посредничестве священников (rite ordinati), которые одни только могут совершать церковные священнодействия; 2) власть священника в таинствах и в юрисдикции независима от его личного достоинства; 3) церковь является видимой общиной (и как таковая corpus Christi), обладающей своей конституцией, данной ей Христом; она обладает двойной властью, spiritualis и temporalis. Благодаря обеим, она, долженствующая остаться до конца мира, стоит выше преходящего государства и царит над ним. Поэтому ей должны покориться все государства и все отдельные лица (de necessitate salutis); власть церкви распространяется даже на еретиков и язычников (завершение этого учения Вонифатием VII); 4) в лице папы, наместника Христа и преемника Петра, церкви дано строго монархическое устройство. Все, что относится к иерархии, относится прежде всего к нему; более того, остальные члены иерархии призваны лишь "in partem sollicitudinis". Он является episcopus universalis; ему принадлежат поэтому оба меча, а так как христианин может достигнуть спасения лишь в церкви, а церковь является иерархией, иерархия же папой, то весь мир de necessitate salutis должен быть подчинен папе (Булла "Unam sanctam"). В целом ряде догматов, возникших вследствие вновь возбужденной полемики против греков (XIII век), эти принципы были приписаны древней церкви; но они были строго формулированы (Фомой Аквинатом) лишь после того, как они давно уже получили право гражданства на практике. Новое право последовало новому обычаю, усиленному нищенствующими орденами, которые благодаря полученным ими особым привилегиям подорвали аристократические, провинциальные и местные власти и завершили победу папской автократии. Учение о папской непогрешимости было прямым заключением этого хода развития. И оно было формулировано Фомой, но не было еще проведено в жизнь, ввиду реакции в этом отношении исторического и областного церковного сознания (парижский университет; объявление Иоанна XXII еретиком). Около 1300 года неслыханное возвеличение папства достигает в литературе своей высшей точки (Августин Триумф, Алвар Пелагий), но с 1330 г. оно падает, чтобы вновь подняться лишь через 120 лет (Торквемада). В этот промежуток времени новое развитие папства подвергалось сильным, но не имевшим успеха нападкам, сначала в гибеллинской литературе и отчасти связанной с нею миноритской (Оккам), особенно французской, затем с точки зрения супрематии соборов (Констанцский, Базельский; если бы постановления этих соборов были проведены, то папству пришел бы конец, так как собор объявлял себя высшей законодательной властью в церкви, которой должен быть подчинен и папа, присваивал себе также контроль над церковной администрацией и был близок к тому, чтобы объявить себя постоянным). Лишь временно Мюнхен стал центром оппозиции, и немецкие писатели приняли в ней участие. Настоящей ареной оппозиции была Франция, ее король, ее епископы, даже французская нация. Лишь она сохранила за собою достигнутую на соборах свободу (Буржская прагматическая санкция 1438 г.); однако, и здесь король пожертвовал ею по конкордату 1516 г., чтобы по примеру других государей разделить с папой власть над национальною церковью. Прежняя тирания около 1500 г. была почти повсюду восстановлена. Латеранский собор в начале XVI века издевался над народными желаниями, как будто никогда и не существовало Констанцского и Базельского соборов.
Новое понятие церкви до середины XIII века развивалось не теологией, а юриспруденцией. Это объясняется: 1) недостатком интереса в теологии в Риме; 2) тем фактом, что теологи, рассуждая о церкви, все еще повторяли "непрактичные" мнения Августина о церкви как общине верных (numeras electorum), так что позднейшие "еретические" мнения о существе церкви встречаются и у великих схоластиков. Лишь с середины XIII в. богословие приняло иерархическо-папистское понятие церкви, выработанное юристами (предшественник, еще не смелый, Гуго из С.-Виктора). Повод к этому подала полемика с греками, в особенности после Лионского собора 1274 г. Значение Фомы заключается в том, что он впервые строго развил папальное понятие церкви в догматике и в то же время искусственно сочетал его с августиновским. Фома твердо держится того, что церковь есть совокупность избранных; но он указывает, что церковь как законодательный авторитет в области учения и как учреждение священства и таинств является единственным органом, через который глава церкви набирает себе членов. Таким образом, он сумел сочетать новое со старым. Тем не менее, вплоть до реформации и даже позднее вся иерархическая и папальная история не имела прочного места в догматике (Констанцский и Базельский соборы оказали свое влияние несмотря на все папские угрозы); она оставалась римским правом декреталий, проводилась на практике и фактически владела многими умами через учение о таинствах. Таким образом, все то, чего можно было ожидать лишь в будущем от формулировки понятия церкви в иерархических интересах, стало на практике уже прочным достоянием.
Вся оппозиция, поднявшаяся во вторую половину средневековья против римского понятия церкви, потому и оставалась безрезультатной, что она являлась оппозицией из своей же среды. Никто вполне ясно не сознал значения веры для понятия церкви, и никто не внес корректива в представление, что конечной целью всей религиозной системы является visio et fruitio dei. Общая почва, на которой стояли представители иерархического понятия церкви и их противники, была следующая: 1) церковь является общиной тех, которые могут достигнуть созерцания Бога, т. е. предопределенных; 2) так как никто не знает, принадлежит ли он к этой общине, то он должен усердно пользоваться всеми спасительными средствами; 3) эти спасительные средства, таинства, даны эмпирической церкви и связаны со священством; 4) они имеют двоякую цель во-первых, подготовление к будущей жизни через соединение с телом Христовым; затем, так как в них проявляются силы веры и любви, то вторая цель -- создание "bene vivere" на земле, т. е. осуществление закона Христа; 5) так как высшей задачей земной жизни является исполнение закона Христа (нищета, смирение, покорность), то мирская жизнь -- следовательно, и государство -- подчинено этой цели, а вместе с этим и таинствам и в некотором смысле церкви. На этой общей почве вращалась вся политика о церкви и ее реформе. Сторонники Рима делали дальнейшие выводы, что иерархическое разделение, выражающееся в совершении таинств и в функции церкви подчинит себе мирскую жизнь, существует de necessitate salutis, затем они отодвигали нравственную задачу действительного исполнения закона Христа совершенно на задний план перед механической и иерархической задачей совершения таинств, низводили, таким образом, понятие церкви, как совокупности предопределенных (религиозная точка зрения) и общины живущих по закону Христа (нравственная точка зрения) до степени простой реторической фигуры и искали доказательства законности церкви в строгом понимании объективной системы, завершающейся в лице папы; в одном пункте, правда, -- именно относительно реординаций -- подвергая даже опасности законченное здание. Противники, напротив, приближались к еретическим мнениям, либо: 1) отвергая иерархические степени, так как степени выше епископской не находят себе опоры ни в Писании, ни в предании, либо 2) ставя религиозную и этическую идеи, выражающиеся в учении о предопределении и представлении о церкви, как общине последователей Христа, выше понятия эмпирической церкви, как учреждения, в котором совершаются таинства, и правового института, и 3) вследствие этого оценивали священников, следовательно, и церковные авторитеты с точки зрения закона Христа (в духе донатистов) прежде, чем признать за ними право связывать и разрешать. Оппозиция всех так называемых "предреформационных" сект и отдельных лиц коренится в этих положениях. Из них можно было создать, по-видимому, самую радикальную антитезу против господствующей церковной системы, в ее действительно создали (церковь диавола, Вавилон, антихрист и т. п.); но, несмотря на все это, противники стояли на общей почве. Правда, нравственные признаки церкви ставили выше правовых и "объективных" -- и это уже было, конечно, очень важным шагом вперед, -- но основные понятия (церковь как учреждение, установленное для совершения таинств, необходимость священства, fruitio dei как цель, пренебрежение к гражданской жизни) оставались те же, и под именем societas fidelium на самом деле было создано лишь юридическо-моралистическое понятие церкви: церковь как совокупность тех, которые до некоторой степени осуществляют апостольскую жизнь по закону Христа. Вера понималась лишь как один из признаков в понятии закона, и место общецерковного закона занял францисканский устав или библеизм, от апокалиптических и грубых наслоений которого приходилось опять искать спасения в древней догматике и церковной традиции. Не образ общины верных или "невидимой" церкви, как ошибочно думали, носился перед реформаторами, а прежняя церковь священников и таинств должна была быть лишь облагорожена уничтожением иерархическо-монархического строя, отнятием у нее присвоенных ей политических функций и строгой фильтровкой духовенства на основании идеала закона Христа или Библии. При таких условиях и сторонники реформы готовы были признать ее видимой святой церковью, через которую Бог осуществляет свое предопределение. Они не понимали того, что исполнение донатистских требований является невозможностью, и что такая реформированная церковь снова превратится в иерархическую.
Вальденсы не отвергали ни католического культа, ни таинств, ни иерархического строя самих по себе, но они считали смертным грехом то, что католическое духовенство пользовалось правами преемников апостолов, не ведя апостольской жизни, и протестовали против широкой административной власти папы и епископов. Иоахимиты и часть миноритов сочетали с нравственным элементом апокалиптический. И здесь дело шло совершенно не о таинствах или священстве, а лишь о законности существования иерархических степеней, о божественном установлении папства и о светской власти церкви, которая за ней не признавалась с точки зрения францисканских взглядов. Передача всей сферы права государству была у многих лишь выражением презрения к этой области. Профессора парижского университета и их национально-либеральные сторонники напали на псевдо-исидорово и григорианское развитие папства и церковного строя в самом их корне; но и они хотели прежде всего подорвать лишь папскую финансовую систему и оздоровить церковь епископальной системой, которая при том положении, какое уже занимала церковь в качестве римской власти, должна быть названа утопией. Виклиф и Гус -- последний энергичный агитатор в духе Виклифа, но не самостоятельный богослов -- являются наиболее зрелым выражением реформационных движений средневековья: 1) они указали на то, что вся практика культа и таинств осложнена и искажена человеческими установлениями (отпущение, тайная исповедь, полная связующая и разрешающая власть священства, manducatio infidelium, почитание святых, икон и мощей, частные обедни, св. Дары; Виклиф восставал также против учения о пресуществлении; они требовали более простого, понятного (на национальном языке) и духовного культа; 2) они требовали реформ иерархии и обмирившихся нищенствующих орденов; они все во главе с папой должны вернуться к апостольскому служению; папа является лишь первым слугой Христа, а не наместником; всякое господство должно прекратиться; 3) подобно Фоме, они выдвинули на первый план августиновское понятие церкви, вытекающее из учения о предопределении; но тогда как Фома, соединяя это представление с эмпирическим, привлекает всю нравственную сторону лишь через посредство таинств, они, не отнимая у последних их значения, выдвинули как центральную идею ту, что эмпирическая церковь должна быть царством, где господствует закон Христа. Они учили, что закон Христа является истинной nota ecclesiae; согласно этому положению надо определить и права священства и характер совершения таинств. Виклиф с этой точки зрения отвергал право клира, как такового, быть представителями церкви и распорядителями дарами благодати; он ставил это право в зависимость от исполнения закона Христа. И Виклиф и Гус расширили роль "веры". Восставая со всей энергией против иерархии и объективно-правового взгляда на церковную систему, они противопоставили правовому понятию церкви понятие, основывающееся на законе. "Fides caritate formata", т. е. соблюдение закона одно лишь дает церкви ее право на существование. Как ни много сделали они для углубления взглядов на церковь; все же иерархическое понятие о церкви заключало в себе элемент истины: что Бог создает свою церковь на земле своей благодатью среди греха, и что святость в религиозном смысле не является отличительным признаком, который может быть обнаружен масштабом закона (о понятии церкви у Фомы и у предшественников реформации см. J. Gottschick в "Z. К. G.", т. VIII).