Рассказ написан в 1890 году. На черновой рукописи имеются пометки Короленко о начале работы — «17 декабря 1890 г. с вечера» и об окончании ее — «31 декабря — 1 января. Канун нового года». Первоначальное заглавие рассказа «Жид, чорт и мельник» с подзаголовком «Может быль, а может и небывальщина» зачеркнуто и надписано: «Иом-Кипур или Судный день». Впервые напечатан рассказ в 1891 году в «Русских ведомостях» NN 43, 47, 48, 58, 61, 69, 77 По своему содержанию печатный текст значительно отличается от черновика: введены новые сцены, многие диалоги написаны по-иному, украинские слова и обороты заменены русскими Короленко писал впоследствии А. Я. Конисскому, просившему у него разрешения перевести «Судный день» на украинский язык: «Я сам не владею настолько малорусским языком, чтобы с полной уверенностью взяться за такую работу, но, странное дело, — когда я писал „Лес шумит“ и „Иом-Кипур“, то по большей части сам как бы переводил, и черновые оказались до такой степени испещренными малорусскими оборотами и словами, что мне приходилось сильно выправлять их при переписке».
Одно время Короленко хотел сам перевести «Судный день» на украинский язык. Так в письме к И В. Лучицкому 25 января 1893 года Короленко писал: "Насчет «Иом-Кипура» у меня уже раз спрашивали из Киева, и я не могу и теперь ответить ничего другого:
У меня насчет этого рассказа есть свой план. Хочу попытаться изложить его по-малорусски сам, потом попрошу добрых земляков исправить и издам с картинками, которые у меня вот так и стоят перед глазами… Поэтому пока что должен отклонить предложение о переводе. Разве уж у меня ничего не выйдет". Однако это намерение Короленко осталось неосуществленным. Никаких следов этой работы в архиве писателя не обнаружено.
К писателю неоднократно обращались с просьбой разрешить переделать «Судный день» для сцены. Короленко отвечал на эти предложения решительным отказом. В письме к С. Ф. Соколову от 19 января 1909 года Короленко писал; «…мне самому приходил в голову план такой переделки „Иом-Кипура“ для сцены; говорил мне также Карпенко-Карый, что он серьезно думал об этом (а он был человек опытный в сценическом деле), но что тут встречаются огромные затруднения. Главное из них — чрезвычайная трудность избежать балаганщины. Этого можно было бы избегнуть лишь при серьезной художественной переработке самой фабулы, а это возможно только автору».
В основу рассказа положена легенда, слышанная писателем еще в детстве. В очерке «Ночью» Короленко передает эту легенду — о полупомешанном еврее Юдке, которого унес Хапун.