29 октября на рассвете «Моллер» и «Сенявин» вышли из Петропавловска и двинулись в далекий обратный путь. Первые дни плавания термометр не поднимался выше 0°. Северные ветры сопровождались густым туманом.
7 ноября сильный юго-восточный ветер превратился в бурю с густой пасмурностью. Шлюп «Моллер» скоро опередил «Сенявина» и скрылся из вида. Когда горизонт очистился, сенявинцы не могли найти своего спутника. Литке условился с командиром «Моллера» в случае разлуки итти каждому самостоятельно в Манилу. Там шлюпы должны были встретиться 1 января 1829 г.
Разлучившись с «Моллером», Литке продолжал плыть к югу, взяв курс через северную часть Каролинских островов. Он рассчитывал найти там острова, про которые слышал от каролинцев, но которые прошлого зимою не видел.
Спокойное, успешное плавание продолжалось до 15 ноября, когда в 27° северной широты, после кратковременного штиля, шлюп получил северо-восточный пассат. Не встречая никаких признаков близости земли, моряки достигли группы коралловых островов, окруженных весьма опасным рифом. Подойдя к южной стороне острова, шлюп заметил шедшие навстречу две туземные пироги. Между совершенно голыми, коричневого цвета островитянами был один с русыми волосами и необыкновенною, в сравнении с другими, белизною тела. Пирога подошла к шлюпу, и русоволосый на чистейшем английском языке попросил позволения взойти на судно. Это был английский матрос Вильям Флойд, попавший сюда с китобойного судна. Он убедительно просил Литке взять его на корабль и доставить в Англию. Просьба англичанина была исполнена. Сенявинцы засыпали его вопросами, на которые Флойд едва успевал отвечать и, со своей стороны, просил поскорее остричь его, выбрить и одеть в матросский костюм. Впоследствии он рассказал Литке и ученым экспедиции много любопытных сведений о народе, с которым прожил два года.
Открытая группа островов называлась туземцами Мурилле. Она состояла из девяти коралловых островков и была окружена рифом, большая часть которого находилась под водой. «Сенявин» обошел вокруг всей группы. Из разных мест навстречу выезжали пироги с туземцами. Литке попытался использовать англичанина в качестве переводчика, но это не удалось, так как Флойд не удосужился выучиться туземному языку. Англичанин считал, что не он должен учиться языку островитян, а они английскому, как самому распространенному на земле.
Утром 8 декабря «Сенявин» подошел к острову Файса. К шлюпу подплыло пять больших лодок с туземцами, которые охотно вошли на шлюп. Моряки передали им привет от улеайских знакомых и сразу заслужили их расположение. Между ними был старик Тимай, который отрекомендовался Литке как главный старшина острова. Он оказался очень веселым и интересным собеседником, и капитан и ученые провели в разговорах с ним несколько часов. Вместе с Тимаем на шлюп прибыло более дюжины его родственников. Все они держались вежливо и чувствовали себя на «Сенявине» как дома: обедали с большим аппетитом, пили чай, ужинали. Гости провели на судне целый день, были очень веселы, пели свои песни и плясали. Вечером Тимай и его родственники уехали на берег.
Ученые экспедиции провели на острове несколько часов. Этот остров замечателен тем, что он один из всех низменных Каролинских островов не имеет лагуны и состоит из крутых утесов, метров тридцать вышиною; в окружности он достигал около 5 км и был очень живописен.
Жители Файса очень походили на других островитян Каролинского архипелага. Лодки, татуировка тела и язык были одинаковы. Все туземцы, без исключения, знали испанские названия первых пяти чисел, а один считал даже до десяти.
Закончив исследование Каролинского архипелага, «Сенявин» направился к Филиппинским островам, на Манилу. Филиппинские острова открыты Магелланом, первым европейским мореплавателем, предугадавшим и проложившим путь в Индию вокруг мыса Горн. В 1519 г. испанская экспедиция из пяти кораблей под его начальством отправилась на поиски западного пути в Индию. Обогнув на юге Америку и пройдя проливом, названным затем Магеллановым, экспедиция вошла в Великий океан и в 1521 г. дошла до островов, называемых Филиппинскими, или Испанской Индией. Эта группа принадлежала Испании, а после испано-американской войны перешла к США. Приближаясь к Филиппинским островам, моряки опасались попасть в тайфун, который бывает тут часто в это время. Зарождается он обыкновенно среди Филиппин, затем центр урагана, вращаясь вихреобразно, идет по параболе, проходя в сутки миль шестьсот. Попасть в центр урагана — значит почти наверняка погибнуть. Но по обе стороны от центра идут широкие менее опасные полосы, хотя и там также сильно падает барометр, со страшной силой врывается ветер, разражается гроза, льет ливень, часто отказывается служить компас. Во время тайфуна моряки стараются определить по разным данным линию центра урагана и уйти от нее как можно дальше. Чаще всего эта линия идет от Манилы в Формозский пролив и дальше к северу, к Корее и Японии.
«Сенявин» сделал вполне благополучный переход и 31 декабря подошел ко входу в Манильский залив на острове Люсон. От острова Коррехидор отвалил сторожевой катер и подошел к «Сенявину». Прибывшие таможенные чиновники, после обыкновенного опроса, сообщили, что шлюп «Моллер» давно уже стоит на рейде в Маниле.
Филиппинский архипелаг состоит приблизительно из семи тысяч островов, которые лежат между 5° и 21° северной широты и 117° и 127° восточной долготы. Архипелаг занимает пространство в 297 тысяч квадратных километров. Наибольшие острова Люсон и Минданао по 105 тысяч и Палаван — 11,8 тысяч квадратных километров. Все острова архипелага гористы, но высота гор не превышает 1500 м. Здесь много вулканов и часты землетрясения. Климат на островах влажный и жаркий, средняя годовая температура + 25°, + 26° Цельсия. Дожди приносятся муссонами. Случаются частые опустошительные тайфуны. Население, около двенадцати миллионов, состоит из малайских племен, китайцев, белых и метисов. Основное хозяйство — земледелие, плантационные культуры. Разводят рис, кукурузу, тропические фрукты — для местного потребления, для переработки и вывоза — сахарный тростник, табак, кокосовую пальму и немного каучука. Довольно развита промышленность, обрабатывающая местное сырье. Из изделий славятся цыновки, хлопчатобумажные и шелковые ткани, папиросы и сигары. В XVIII в. было много восстаний туземцев против притеснителей испанцев.