1. Инструмент Адкинса для определения девиации в море. Журнал «Морской Сборник», 1867, № 10.
2. «Броненосная лодка «Русалка». Исследование пловучести лодки и средства, предлагаемые для усиления этого качества. «Морской Сборник», 1870, №№ 3, 5, 6.
3. О прекращении подводной течи на судах. Необходимость иметь на судах средства для заделывания пробоин (пластырь). «Морской Сборник», 1873, № 5.
4. Трюмы двухдонных судов. «Морской Сборник», 1874, № 3.
5. О непотопляемости судов. «Морской Сборник», 1875, № 6.
6. Средства против потопления судов. Причины потопления фрегата «Vanguard». Недостатки в системе непроницаемости переборок, в самих переборках и дверях и механические недостатки принятых средств. Непотопляемое судно. «Морской Сборник», 1876, № 1.
7. О содержании в исправности непроницаемых переборок и водоотливных приспособлений. «Морской Сборник», 1876, № 7.
8. Крейсерство парохода «Великий князь Константин» под начальством Макарова по Черному морю и рапорты его. «Морской Сборник», 1877, №№ 1–3.
9. Предположения об устройстве морской части в Закаспийском крае. «Морской Сборник», 1882, № 4.
10. Об обмене вод Черного и Средиземного морей. Исследевание флигель-адъютанта капитана I ранга С. О. Макарова, изд. Ак. Наук, СПб, 1885 (прилож. к II тому 3. H. A. H. № 6).
И. В защиту старых броненосцев и новых усовершенствований (без фамилии автора). «Морской Сборник», 1886, № 2 и № 3.
12. О двойственных течениях в проливах. Извест. И. Р. Г. О. 1886, т. XXII.
13. Сведения о плавании корвета «Витязь». Замечания командира корвета «Витязь» Макарова по воем частям, по окончании кругосветного плавания с 1886 по 1889 гг. «Морской Сборник», 1886–1889 гг.
14. Об уменьшении гибельных последствий при столкновении. «Морской Сборник», 1891, № 6. Тоже, изд. Морского Министерства. СПб, 1891.
15. О трудах русских моряков по исследованию вод Северного Тихого океана. «Морской Сборник», 1892, № 5. Тоже, изд. Морск. Министерства. СПб, 1892.
16. Об изменении удельного веса морской воды. Оттиск журнальной статьи, СПб, 1894 г.
17. Разбор элементов, составляющих боевую силу судов. «Морской Сборник», 1894, № 6.
18. О необходимости международного соглашения на опубликование материалов, заключающихся в морских метеорологических журналах. «Морской Сборник», 1894, № 10. Тоже, изд. Ак. Наук, СПб, 1894 г.
19. «Витязь» и Тихий океан». Гидрологические наблюдения, произведенные во время кругосветного плавания корвета «Витязь» 1886–1889 гг. В 2-х томах, СПб, 1894 г.
20. О средегвах для сохранения целости борта судов при столкновении. «Морской Сборник», 1895, № 5.
21. На пароходе «City of Peking» торгового флота. «Морской Сборник», 1896, № 6.
22. Рассуждения по вопросам морской тактики. «Морской Сборник», 1897, №№ 1, 4, 7.
23. Рассуждения по вопросам морской тактики, «Разбор элементов, составляющих боевую силу судов» и другие статьи. Военно-морское изд-во НКВМФ Союза ССР 1943 г.
24. Об исследовании Северного Ледовитого океана при помощи ледоколов. Доклад «Морской Сборник», 1897, № 7. Тоже, изд. Академии Наук, СПб, 1897 г.
25. С. О. Макаров и Ф. Ф. Врангель. Об исследовании Северного Ледовитого океана. Лекция, Изв. Русск. Географического общества, т. 33, вып. 5, СПб, 1897 г.
26. Об однообразии в судовом составе флота. «Морской Сборник», 1898, № 4.
27. Рассуждения по вопросам непотопляемости судов. «Морской Сборник», 1898, № 7.
28. Отчет вице-адмирала Макарова об осмотре им летом 1897 г. по поручению министра финансов С. Ю. Витте морского пути на p.p. Обь и Енисей. Изд. департамента торговли и мануфактур, СПб, 1898 г.
29. С. Макаров и Р. Рунеберг. «О постройке ледоколов», «Морской Сборник», 1898, № 10. Тоже, СПб, 1898 г.
30. «Ермак» во льдах». Описание постройки и плаваний ледокола «Ермак» и свод научных материалов, собранных в плавании. В 2 частях с 152 иллюстр. и 4 картами. СПб, 1901 г.
31. «С. О. Макаров и завоевание Арктики». Сборник. Изд-во Главсевморпути. 1943. В сборнике помещено также составленное Макаровым описание плаваний «Ермака» к Новой Земле и Земле Франца-Иосифа в 1901 г. и его статья «Морская компасно-фотографическая съемка». Кроме того в сборнике опубликованы: статья Д. Левоневского «С. О. Макаров, как деятель Арктики», выдержки из дневника участника похода «Ермака» в Арктику В. Н. Вебера, статья другого участника плавания В. К. Неупокоева и другие материалы.
32. Броненосцы или бездонные суда. «Морской Сборник», 1903, № 4.
33. Без парусов. Морская практика. «Морской Сборник», 1903, № 7. То же, изд. Морского Министерства. СПб, 1903 г.
34. Извлечения из отчета Главн. командира Кронштадтского порта вице-адмирала Макарова и собрание его же приказов, обязательных постановлений и циркуляров по Кронштадтскому порту, городу и гарнизону 1900–1904 года. Кронштадт, 1904 г.
35. Секретная записка С. О. Макарова о 20-летней судостроительной программе. «Морской Сборник», 1913, № 9.
36. Влияние ледоколов на военно-морские операции. Лекция Макарова, прочитанная 4/XII-1899 г. «Морской Сборник», 1941 г., № 4.
37. Океанографические работы. Под редакцией и со вступительной статьей H. H. Зубова и А. Д. Добровольского. Географгиз, 1950 г.