После смерти Кирилова начальником края был назначен известный историк Татищев, который перед этим назначением занимал должность начальника Екатеринбургских заводов. Татищев был человек просвещенный и прекрасно знал край. Во время башкирского восстания он, имея в своем распоряжении очень мало военных сил, с заводскими крестьянами сумел отстоять в неприкосновенности свои заводы.
Прибыв в г. Мензелинск для принятия управления краем, Татищев обнаружил вопиющие злоупотребления. Сборы податей были отданы на откупа «ясашникам»,которые разоряли народ непомерными поборами. Городские командиры, по выражению Татищева, «творили разные пакости», обижая башкир. Состояние края было ужасно: села сожжены, хлеб уничтожен, скот ограблен, мужское население башкир массами побито. Для уплаты ясака башкиры продавали в рабство собственных детей.
При таких условиях Татищев вступил в управление краем
При Кирилове главное управление называлось Оренбургской Экспедицией, но власть в крае была сосредоточена в руках начальников военных отрядов, которые действовали по собственному произволу. Первым мероприятием Татищева было восстановление нормального управления края. С этой целью он собрал в городе Мензелинский совет, в состав которого были приглашены назначенный после Румянцева генерал Соймонов, известный нам полковник Тевкелев, уфимский воевода и другие. На этом совете были выработаны меры по административному устройству края, главное управление которого получило название Оренбургской Комиссии.
Кроме Уфимской провинции, для управления башкирами была образована Исетская провинция, в состав которой вошли Окуневский, Шадринский и Исетский уезды и Чебаркульское воеводство.
Татищев добился того, что сборы ясака с башкир были изъяты из рук ясашников и переданы избранным башкирским старшинам. Мирные башкирские села были уравнены в правах с ново-башкирами, которые во время восстания стали пользоваться различными привилегиями за счет коренного населения.
Кроме того Татищев принял ряд мер к укреплению военного положения в Башкирии и с этой целью обязал местных помещиков и казанских татар снарядить за свой счет особые команды.
Несмотря на свое стремление, Татищев не мог обуздать своевольство военных командиров, которые с беспримерной жестокостью, в особенности генерал Соймонов, продолжали кровавые расправы уже с покорившимися башкирами. Они продолжали резать башкирам языки и носы, отрубать руки и ноги. Выведенные из терпения этими издевательствами башкиры в 1737 г. снова восстали.
На этот раз восстание башкир привлекло внимание Казакского хана Абулхаира, который осенью 1737 г. предложил Татищеву свои услуги усмирить башкир и вторгнулся со своими казаками в Башкирию. Татищев под благовидным предлогом сумел удалить из пределов Башкирии воинственного хана, задарив его подарками.
В 1738 г. восстание продолжалось. Башкиры сами обратились за помощью к казакскому хану и предложили ему стать ханом «угнетенной Башкирии». Абулхаир-хан принял предложение башкир. Он женился на башкирке и прибыл в город Оренбург, куда потребовал башкирских старшин на совещание и для уплаты ясака.
Комендант города майор Останков предложил хану не вмешиваться в башкирские дела. Абулхаир-хан выхватил саблю и закричал: «город мой и для меня построен, а кто не послушает, тому голову срублю!».
Поступок хана вызвал новую тревогу у правительства.
Объединение башкир и казаков под властью казакского хана придавало новый характер борьбе в Оренбургском крае; правительство было сильно обеспокоено за судьбу города Оренбурга.
Татищев поспешил в г. Оренбург и вызвал к себе на свидание Абулхаир-хана. Хан прибыл и, будучи одарен подарками, принял присягу на верность России.
Продолжая борьбу с башкирами, Татищев строил русские крепости в крае. В течение 1738 г. он заложил крепости: Ново-Сергиевку, Переволоцкую, Чернореченскую, Ельшанскую, Карагайскую и достроил крепости Бердскую и Губерлинскую.
Ознакомившись с местоположением г. Оренбурга, Татищев нашел его неудобным. Местность вокруг была безлесная, почва песчанная, весеннее половодье заливало город водой. Сообщения города с Россией были отрезаны непроходимыми горами и лесами враждебной Башкирии; в таких условиях он не мог развиваться в торговом отношении.
Татищев решил перенести Оренбург на новое место, вниз по Уралу, на урочище Красная Гора, где была построена крепость Красногорская, но не успел осуществить своего проекта. В феврале 1739 г. он был вызван в Петербург и больше в край не вернулся.