Башкиры были разбиты и обессилены после усмирения в 1740 г., почему некоторое время не могли уже помешать планам русской колонизации края.
Стиснутая извне и изнутри русскими крепостями, Башкирия, казалось, уже не была способна на новые вспышки национального движения. В стране свирепствовал военно-полицейский режим, под защитой которого развивалась заводская колонизация, и новые пришельцы в край захватывали у башкир все новые и новые участки земли.
По яркому выражению профессора Фирсова «уцелевшие от гибели башкирцы были разорены: поля их оставались незасеянными, скот, составлявший главное богатство, был разграблен, нужно было пройти не малому времени, чтоб им было возможно собраться с силами и освободиться от ужаса, наведенного на них видом трупов их братьев, гнивших на виселицах и кольях, чтоб возможно было начать снова борьбу с русскими».
Осуществляя ряд реформ в области административного управления Башкирией, Неплюев достиг значительной централизации власти и отчасти устранил произвол местных провинциальных воевод, в особенности произвол военных командиров. Все дела по управлению башкирами, как нам уже известно, были сосредоточены в Исетской и Уфимской провинциальных канцеляриях. Неплюев издал строжайший приказ, которым было воспрещено «посторонним командам» вмешиваться в башкирские дела. Особенно серьезное внимание он обратил на туземный состав башкирской администрации и следил за тем, чтоб ни один из башкирских старшин, принимавших участие в восстании 1735—1740 г., не был допущен на общественную должность. Неплюев требовал, чтоб скомпрометированных участием в бунте «ни в какие чины не производить».
Волостным старшинам была разослана особая инструкция, которой они должны были руководствоваться при исполнении своих служебных обязанностей. Им даны были большие права, вплоть до телесных наказаний провинившихся башкир, но в свою очередь они были предупреждены, что в случае возникновения беспорядков в их волостях, «первые истезаны будут».
Еще по указу Сената 1736 г. в Башкирии был введен суровый режим. Ни один башкир не имел права отлучаться из своей деревни без письменного разрешения старшины или провинциальной канцелярии; им было воспрещено иметь у себя огнестрельное оружие. Это запрещение фактически сводилось к запрещению промысловой охоты, которая составляла значительную долю бюджета в башкирском хозяйстве.
В случае обнаружения у башкира ружья, у него отбирали лошадь в пользу доносчика. В башкирских деревнях было запрещено иметь кузницы. Все земледельческие орудия они должны были приобретать и ремонтировать в городах. Эта мера проводилась с той целью, чтоб не дать башкирам возможности приготовлять себе оружие. Тем не менее, по признанию самого Неплюева, ружья были почти у всех башкир.
Вся тяжесть налогового бремени была перенесена на коренное население края — на башкир. Пришлый элемент — мещеряки, тептяри и прочие, так называемые ново-башкиры, не принимавшие участия в башкирских восстаниях, были наделены землей за счет восставших и освобождены от арендной платы в пользу башкир. Между тем сами башкиры обязаны были платить ясак не только за земли, которые находились в их владении, но и за земли, отчужденные под постройку русских крепостей и заводов.
По переписи 1745 г. башкирцев считалось на лицо 8395 дворов тархан — 1431 двор. Все они были обложены податью по 25 коп. со двора и кроме того были обязаны наряжать на службу от башкир — 1049 человек, а от тархан 280 человек и поставлять подводы для проезжающих по Башкирии чиновников.
Мещеряков по той же переписи числилось 1511 дворов. Тептярей и бобылей было 5655 дворов. Последние были обязаны платить подать по 49 коп. со двора и ежегодно наряжать на казенные работы по 707 человек.
Приведенные данные показывают, что на 9826 дворов башкир приходилось 7166 дворов так называемых ново-башкир, которые в руках русского правительства составляли противовес башкирскому народу.
Денежная повинность, которую население Башкирии выплачивало государству, была очень незначительна по сравнению с центральной Россией, где крестьяне платили подать 1 р. 70 к. со двора.
Кроме того население центральной России, где существовала соляная монополия, выплачивала большой косвенный налог, покупая соль из казны по дорогой цене, между тем как в Башкирии соляной монополии не существовало, и население в этом отношении оказалось в привилегированном положении.
Находя такое положение ненормальным и убыточным для казны, правительство в 1754 г. издало указ о распространении соляной монополии и на Оренбургскую губернию.
С введением соляной монополии ясачный сбор с башкир был отменен, но за то население было обязано покупать соль из правительственных магазинов по 36 к. за пуд, что состаляло 2 р. 80 к. на наши деньги.
Введение соляной монополии в связи с общим недовольством башкирского народа административным режимом и захватом его земель послужило поводом к новому восстанию башкир. Башкиры заявили, что они не подчинятся соляной монополии и будут, как и раньше, «брать соль из казны господа бога».
В Уфу был командирован известный Тевкелев, которому было поручено уговорить башкир подчиниться правительственному указу. «За противные ваши слова, — говорил Тевкелев башкирам, — бороды ваши уже щипаны, а далее, в чем проговоритесь или в какую вину впадете, то и головы потеряете».
Однако это никого не убедило; в народе начались волнения. Среди башкир появился вождь, мещерякский мулла Абдулла Мясгильдин, известный в народе под именем Батырши. Батырша славился умом, обширной магометанской ученостью, красноречием и имел огромное влияние на народные массы.
В 1754 г. Батырша разослал по всему магометанскому Востоку России возвания, в которых указывал на опасность, грозящую мусульманству от русских, которые насильственно обращают правоверных в христианство. Он звал башкир и казак-киргизов соединиться для борьбы с Россией.
«Нам запрещено брать соль и бить зверей, писал он, — наших свойственников, от веры отвратя, русские крестили, домы раззорили от командиров и генералов никакой нам милости нет и неизреченные тягости более терпеть нам невозможно! Станем и мы их веру ругать, в свою обращать и грабить их имения».
Восстание башкир, начавшееся на экономической почве, под влиянием агитации мусульманского духовенства приняло характер фанатического религиозного движения.
В 1755 г. башкиры начали собираться в банды и опустошать край. Они решили удалиться за р. Яик, где, соединившись с казак-киргизами, начать борьбу с Россией. Хан Средней орды Аблай обещал им свою помощь.
Неплюев предпринял очень энергичные меры к подавлению восстания в самом начале. Он проявил необыкновенную энергию и изобретательность и не допустил союза между казаками и башкирами. Им были пущены вход все средства: подкупы, предательство милости и суровые казни, чтобы только разъединить своих противников и поселить раздоры в их лагере.
Во-первых, он вооружил против башкир весь пришлый элемент края — мещеряков, тептярей и бобылей, обещая им в награду за выступление против башкир их земли, имущество, жен и детей. Во-вторых, в Башкирию были двинуты большие военные силы: 1000 яицких казаков, 1000 калмыков, 2000 донских казаков и 5 регулярных полков из внутренней России. В общей сложности против башкир было стянуто до 24000 русских войск.
Окруженные со всех сторон русскими войсками, башкиры в числе 50.000 человек со своими семействами и имуществом бросились за Яик, в киргизские степи. При переправе они потеряли около 1000 человек, павших в битве с донскими казаками.
Неплюев разослал воззвания и манифесты в Казакскую орду, приглашая казаков грабить и убивать башкир, ушедших в степь, брать себе в добычу их имущество, женщин и детей.
В степи началось беспощадное истребление башкир казаками. Неплюев объявил прощение всем башкирам, которые вернутся к себе на родину; но только около 7000 человек возвратились обратно, а вся остальная масса беженцев или погибла в степях, или осталась в рабстве у казаков.
Восстание было подавлено. Поведение казаков возбудило среди башкир глубокое возмущение и чувство мести. Башкиры стали собираться значительными силами и просили у Неплюева разрешения отомстить казакам. Неплюев им ответил, что разрешить этого, без воли государыни он не может, но если башкиры это сделают без его разрешения, то он наказывать их не будет. Тогда башкиры переправились за Яик и напали на казакские кочевья.
Провокационная политика Неплюева совершенно удалась: вражда между казаками и башкирами была на столько обострена, что в дальнейшем уже была исключена всякая возможность совместного выступления этих двух народов против России.