В июне 1884 года, в возрасте двадцати двух лет, Ризаль уже окончил университет со степенью кандидата медицины и оценкой «прекрасно». Через год, 19 июня 1885 года, он сдал выпускные экзамены по философии и литературе и получил ученую степень с оценкой «превосходно». Ученая степень доктора медицины была получена им, лишь три года спустя, потому что у него не хватало средств для внесения необходимой платы.
Теперь Ризаль намеревался заняться практикой в лучших глазных клиниках Европы, а попутно изучить политический и общественный строй европейских стран, выяснить основы их прогресса, чтобы перенести все пригодное на родную почву архипелага.
Покинув Мадрид, Ризаль кочует по Европе. Он стремится довести до совершенства свое медицинское искусство, но деятельная мысль толкает его на углубленное изучение все новых проблем.
В 1885 году мы застаем его в Париже неутомимым клиницистом, ассистентом известного окулиста, доктора Веккерта. Через год он уже в Германии — посещает гейдельбергский, затем лейпцигский университеты. Из Лейпцига направляется в Берлин, чтобы работать под руководством знаменитого этнолога Вирхова. Ризаль не прекращает своих упорных медицинских занятий, но в кругу его интересов медицина занимает, быть может, наиболее скромное место.
В длинном списке начатых и часто незаконченных работ Ризаля — статей, планов и набросков исследований — мы почти не встречаем медицинских тем. Отзывы медицинских светил, под руководством которых Ризаль работал в Европе, слава прекрасного врача, привлекшая к нему впоследствии в Гонконге и на Филиппинах десятки пациентов из других стран, свидетельствуют о его высокой квалификации. Но увлекается он не медициной. Ризаль избрал медицину своей специальностью, надеясь, что в качестве врача он сможет принести своему народу наибольшую пользу. Но его привлекают более жгучие социальные проблемы. Уже в Гейдельберге он тщательно изучает психологию, в Лейпциге, затем в Берлине он поглощен этнологией, изучает расовый вопрос. Эти его научные изыскания далеки от сухого академического накопления фактов. Ризаль преследует другую цель — опровергнуть господствующую в буржуазной этнологии теорию «высших и низших рас», теорию, при помощи которой европейские колонизаторы стремятся оправдать и закрепить подчиненное положение колониальных народов.
Еще в школе у Хосе созрело твердое убеждение, что между повелителями испанцами и угнетенными филиппинцами не существует никакой «естественной», расовой разницы. Наблюдения над товарищами по школе привели его лишь к мысли о большей одаренности представителей его угнетенного народа. На его глазах филиппинские школьники блестяще справлялись с трудностями школьной науки, несмотря на более слабую подготовку и недостаточное знание испанского языка.
Ризаль в юношеские годы пришел к мысли об исключительном назначении филиппинцев, о их особых способностях и превосходстве над другими народами. В этой чрезмерной национальной гордости он сам признавался впоследствии своим европейским друзьям, и в первую очередь венскому профессору Ф. Блюментриту.
С Блюментритом, видным этнологом, знатоком малайских народов и древней малайской истории, Ризаль вступает в переписку, не будучи лично с ним знаком. Их тесная дружба, начавшаяся заочно, не прекращается до смерти Ризаля.
Ризаль чувствует все пробелы своего образования, полученного в испанских школах, где теология (учение о боге) заменяла философию и где почти полностью замалчивались новейшие достижения естественно-исторических наук. Эти пробелы он пытается восполнить в немецких университетах.
С жадностью изучает он ботанику и зоологию, ищет разрешения «расовой проблемы» в трудах и исследованиях европейских ученых. Ризаль критически прорабатывает все крупные труды по этнографии и этнологии. Он пользуется каждым удобным случаем, чтобы глубже изучить быт и уклад европейских народов. Он посещает экономически наиболее изолированные сельскохозяйственные районы Германии и Франции, а впоследствии и Швейцарии, сравнивает их с знакомыми ему условиями филиппинской деревни.
Молодой филиппинский ученый приходит к смелым выводам. Он выступает с критикой «расовой теории», доказывая, что разница в развитии отдельных народов определяется не физиологическими признаками, а в первую очередь их историческим прошлым, социально-экономическими условиями их жизни. «Расы существуют лишь для антропологов, — говорит Ризаль. — Для исследователя народов существуют лишь стадии социального развития. Задача этнолога — определить и установить эти стадии. Как мы различаем геологические слои земной коры, так должны мы различать социальные слои в развитии каждой расы».
Борьба против «расовой теории» является для Ризаля борьбой против неравноправного положения колониальных народов. Он подчеркивает диалектику исторического развития каждого народа: «Народы, которые сейчас умственно развиты, достигли этого развития в процессе длительных изменений и борьбы». Свои положения Ризаль подкрепляет историческими примерами, указывает, что представления римлян о древних германцах были не выше, чем суждения современных ему испанцев о тагалах. Даже Тацит восхваляет древних германцев с той философской идеализацией, с какой последователи Руссо видят воплощение своих политических идеалов в общественном строе Таити.
В научных работах Ризаля отражено его стремление пробудить в своем народе чувство национальной гордости, вызвать потребность добиться высших стадий развития, достигнутых европейскими нациями. Ни на минуту не переставая быть преданным сыном Филиппин, патриотом, горящим желанием помочь своей угнетенной стране, Ризаль своими антирасовыми теориями кует филиппинцам оружие пока еще для мирной борьбы за уравнение в правах с другими народами.