Перед отбытием Ушаков «по общему желанию здешних обывателей», как он считает нужным прибавить, оставил на о. Кефалония небольшой отряд. Он сделал распоряжение о подавлении силой беспорядков, если таковые произойдут, но прибавил: «Однако по доброму ко мне расположению и благоприятству всех здешних жителей такового неприятного дела случиться и не ожидаю. Уверен, что всякий, восчувствовав наши благодеяния, приятство и истинное желание всем жителям совершенных благ и спокоя, будут стараться исполнять все то, что сим предложением моим назначено» 41. Никаких «ослушании» на Кефалонии не произошло.
Да и вообще, судя по всем данным, случаев «ослушания» на островах произошло очень мало. Когда в самом конце декабря 1798 г. Ушаков получил донесение от жителей о. Цериго об одиннадцати гражданах, которые «не слушают никого», «самовольствуют» и «пригласили себе сообщников», то Ушаков и тут ограничился лишь распоряжением отрешить этих людей от всех должностей. А если окажутся люди, ведущие политику в пользу французов, то «таковых предписываем прислать к нам на эскадру или по крайней мере из острова Цериго выгнать». Однако и тут дело должно быть в руках местных судей: «офицеры от нас оставленные, по постановлению судей островских жителей, в судебные общественные дела мешаться не должны». Но а делах высшей политики, «где долг и польза» союзных держав (России и Турции) этого требуют, конечно, органы местного суда и самоуправления должны повиноваться распоряжениям оккупационных властей. Больше ничего об «ослушниках» на о. Цериго документы не упоминают.
Отойдя от Кефалонии, Ушаков направился к о. Корфу, но уже в пути получил известие, которое заставило его внезапно изменить маршрут и двинуться не к Корфу, а к о. Св. Мавры, как его называют русские источники (итальянцы, греки и англичане называют этот остров Санта-Маура). Известие пришло от капитана 1 ранга Дмитрия Николаевича Сенявина, которого Ушаков отправил к о. Св. Мавры, еще находясь на о. Занте. Сенявину было поручено овладеть островом, но теперь Сенявин извещал адмирала о встретившихся серьезных трудностях. Отрядив часть своих сил к о. Корфу для подкрепления блокады острова (уже начатой), Ушаков с четырьмя русскими судами (2 линейных корабля и 2 фрегата) и тремя турецкими (2 линейных корабля и фрегат) пошел к о. Св. Мавры.
Сенявин немедленно ввел его в курс дела. Во-первых, оказалось, что французский гарнизон намерен серьезно сопротивляться, имеет сильную артиллерию и засел в крепости, очень хорошо защищеннойсо всех сторон большими водными преградами. Во-вторых, внезапно возникло очень неприятное осложнение; Али-паша Янинский - юридически представитель и чиновник Порты, а фактически самостоятельный властитель части Эпира и части Албании - вошел в тайные сношения с французским комендантом о. Св. Мавры, полковником Миолеттом, обещая последнему за сдачу 30 000 червонцев и немедленное отправление всего французского гарнизона в Анкону или любой другой порт, находящийся во власти Франции. Одновременно Али-паша подослал лазутчиков к влиятельным жителям острова, обещая им полную безопасность и всякие блага.
Конечно, Али-паша хотел захватить остров (отделенный совсем узеньким проливом - в «пятьсот шагов» ширины - от албанского берега, принадлежавшего уже Янинскому паше) лично для себя. Но поскольку этот паша «числился» все-таки на турецкой службе и в подчинении у султана, он делал вид, будто старается в пользу союзников, которые поэтому должны ему помогать, а не мешать.
Ушаков решил во что бы то ни стало как можно скорее овладеть о. Св. Мавры. Еще до прибытия Ушакова Сенявин энергично обстреливал крепость с ближайшей горы и с албанского берега, где он устроил батарею. Следует заметить, что узкий пролив, отделяющий о. Св. Мавры от албанского берега, очень мелок, и местами его можно было переходить вброд.
Все это заставляло Ушакова очень серьезно обдумать обстановку, создавшуюся в связи с происками Али-паши.
Положение французского гарнизона, поскольку выручки ниоткуда не предвиделось, становилось безвыходным. Оно было таким, собственно, с первого момента появления Ушакова в этих водах; если до высадки Сенявина еще возможно было рассчитывать уйти с острова на судах, которые обещал дать Али-паша, то теперь, когда русские уже высадились и бомбардировали крепость, о реальной помощи со стороны Янинского паши нечего было и думать.
Французы дали знать, что они согласны сдаться, если Ушаков их отправит в Анкону на своих судах. Но адмирал категорически отказал. Осада продолжалась. К Сенявину явились «старшины» острова, заявившие, что они собрали 8000 вооруженных добровольцев и просят позволения принять участие в готовящемся штурме крепости. Однако до штурма дело не дошло.
1 (12) ноября над французской цитаделью был поднят белый флаг. Все условия русского командования были приняты. Гарнизон в составе 46 офицеров и 466 солдат был объявлен военнопленным. В крепости было взято 2 знамени, 59 пушек, много боевых запасов и на месяц провизии.
Но раньше, чем продолжать свое победоносное продвижение, Ушакову необходимо было принять к серьезному соображению подозрительные махинации и прямые угрозы безопасности Ионических островов, исходившие с западного побережья Балканского полуострова от самого могучего из тамошних турецких сатрапов -Али-паши Янинского.