В Сиднее Миклуху-Маклая ждала большая неприятность: во время его отсутствия сгорел его коттедж, причем погибла часть ценнейших коллекций, собранных им с такими усилиями. Ему пришлось временно поселиться в здании новой биологической станции. Оно еще не было окончательно оборудовано и вообще оказалось мало приспособленным для жилья, хотя заключало в себе рабочие кабинеты и спальни для шести лиц. Стояло это здание обособленно, недалеко от входа в гавань, в нескольких м и лях от Сиднея, сообщение с которым поддерживалось только пароходом, приходившим утром и уходившим вечером.
Несмотря на полное отсутствие каких-либо удобств, Миклуха-Маклай, поселившись на станции, целые дни проводил за работой в кабинете, наполненном книгами и банками с различными препаратами. В сущности говоря, это и был расцвет научной работы станции, так как после отъезда Миклухи-Маклая из Сиднея в Россию в 1886 году станция окончательно запустела, и через некоторое время ею воспользовались для опытов по искусственному рыборазведению. В 1887 году на ее месте была устроена база для миноносок.
Работая на своей станции, Миклуха-Маклай, сначала изредка, а потом все чаще, стал навещать семью бывшего премьер-министра Нового Южного Уэльса, сэра Робертсона, жившего в своем имении «Clobelly», в двух километрах расстояния от морской зоологической станции. Скоро стало ясно, что его привлекает общество молодой и красивой Маргариты Робертсон, дочери бывшего премьера. Чувство русского ученого не осталось неразделенным. Не только громкая слава о его путешествиях, но и внешность, полная мужества и своеобразной красоты, привлекала к нему людей. Вот как описывает внешность Миклухи-Маклая один из его современников: «Над высоким лбом поднимались у него обильные кудри рыжевато-шатеновых волос; небольшие усы и коротко подстриженные баки и борода окаймляли узкое бледное лицо с прямым, правильным носом и большими мечтательными глазами. Личность его внушала симпатию женщинам, но он сам предпочитал одиночество и не любил женского общества».
Последнее замечание, впрочем, надо принять с оговоркой — так было до 1884 года; в этом году, 27 февраля, он вступил в брак с Маргаритой Робертсон. В молодой женщине он нашел надежного друга, вполне понимавшего его и сочувствовавшего его благородной деятельности.
В марте 1884 года Миклуха-Маклай вновь обратился к русскому правительству с предложением официально признать самостоятельность берега Маклая и принять эту территорию под свое покровительство. Его обращение было продиктовано тем, что в восьмидесятые годы особенно усилилось стремление европейских держав к захвату океанийских островов. Каждый год Англия, Германия и Франция заявляли свои притязания то на ту, то на другую территорию. Желая заинтересовать русское правительство своим предложением, Миклуха-Маклай обратился с письмом к великому князю Алексею Александровичу, считавшемуся шефом русского военного флота, доказывая ему, какие преимущества получил бы русский тихоокеанский флот, имея собственные базы в таком важном географическом пункте на рубеже Индии и Австралии. Но его предложение и на этот раз было принято с полным равнодушием. Ученый даже не получил ответа на свое письмо.
Миклуха-Маклай оставался в Сиднее до февраля 1886 года. За это время у него родилось два сына: Александр-Нильс и Владимир-Оллан. В феврале 1886 года он решил на время оставить семью и поехать в Петербург, намереваясь лично выступить в защиту своих предложений. Чтобы широко заинтересовать общественность России, в первую очередь молодежь, от которой он ждал горячего отклика, Миклуха-Маклай решил издать свои научные работы и дневники путешествий. Кроме того, он взял с собой уцелевшие коллекции, предполагая выставить их на всеобщее обозрение в зале Академии наук в Петербурге.
Летом 1886 года знаменитый путешественник был уже в северной столице. Первым делом он официально представил свой проекту устройства русской колонии на берегу Маклая.
Но в это время случилось то, чего больше всего боялся Миклуха-Маклай. Германия самым наглым образом посягнула на северо-восточную часть Гвинеи, объявив о своем протекторате над ней.
Страстно желая осуществить свою мечту, Миклуха-Маклай обратился тогда к царскому правительству с предложением основать русскую колонию «на одном из островов Тихого океана».
По распоряжению Александра III знаменитому путешественнику было предложено несколько вопросов. На первый вопрос, какой именно остров он имеет в виду, Миклуха - Маклай ответил, что колония могла бы быть основана на одном из независимых еще островов. На второй вопрос — об отношениях будущих колонистов к земельной собственности — он ответил, что колонисты будут занимать свободные земли или же земли, добровольно уступленные местными жителями. На третий вопрос — о денежных средствах для осуществления предприятия — он прямого ответа не дал, заявив, что каждое лицо, которое пожелает поселиться в колонии, должно будет располагать определенной суммой, необходимой для переезда, первоначального обзаведения и так далее. Этот уклончивый ответ объяснялся тем, что, задумав основать колонию на утопических основах первобытного коммунизма, Миклуха-Маклай не представлял себе, какую там роль должны играть деньги. Поэтому платой за переезд и покупкой в России необходимого на первоначальное обзаведение инвентаря, казалось ему, полностью исчерпывалась потребность колонистов в деньгах. На четвертый вопрос, какие у него имеются ручательства в том, что переселенцы найдут средства к пропитанию ввиду трудности для белых заниматься под тропиками полевыми работами, он ответил, что колония будет устроена в местности с подходящим климатом, здоровой водой и там, где есть строевой материал. А плодородная почва с избытком вознаградит труд колонистов. На пятый вопрос, какое сообщение предполагается установить между колонией и метрополией, он ответил, что можно приобрести на средства колонистов морские парусные (или даже паровое) суда.
Однако Миклуха-Маклай ясно понимал, что цели, которые он ставит перед собой, не могут заинтересовать царское правительство. Поэтому, не ожидая ничего хорошего от официального ответа на свой проект, он обратился через газеты с призывом ехать с ним на берег Маклая для основания там колонии. По субботам у себя на петербургской квартире — Тележная, 18 — он принимал всех желающих ехать, подробно расспрашивая их, чтобы определить степень их пригодности для осуществления его плана. Охотников переселиться в новую колонию нашлось более двух тысяч человек. Квартира на Тележной улице стала настоящим штабом по организации замечательного, хотя и утопического эксперимента.
К сожалению, полное отсутствие материальных средств и сильное ухудшение здоровья самого Миклухи-Маклая сорвали начатое предприятие. Но и эта неудача не могла сломить железной энергии и настойчивости выдающегося путешественника. В своей автобиографии, написанной позднее, он говорит: «Несмотря на эту неудачу, я однакоже не потерял надежды осуществить со временем задуманный мною план».