Революция, между тем, вступала в новую фазу. Весной 1792 года жирондистское правительство об'явило Австрии войну, которая, как надеялись монархисты, приведет к поражению революции и восстановлению абсолютизма. Начало войны было неудачно для революционной Франции. Хозяйственная разруха, измена и саботаж старого командного состава, предательская роль короля – все это обусловило ряд поражений, понесенных французской армией. Для спасения страны нужны были энергичные, действительно, революционные меры.
Под руководством якобинцев 10 августа произошло массовое вооруженное восстание, свергшее Людовика XVI с престола, и открывшийся 22 сентября Национальный Конвент провозгласил Францию республикой.
В первое время оборона страны велась еще довольно вяло. На обращение Национального Собрания помочь обороне Академия наук откликнулась несколькими патриотическими фразами и ограничилась тем, что передала в фонд народной обороны золотой самородок гигантских размеров, хранившийся как исключительная редкость.
Если уже после взятия Бастилии в июле 1789 года многие из аристократов скрылись за границу, то после провозглашения республики эмиграция резко возросла. В числе эмигрантов были некоторые почетные члены Академии.
Эмигранты всеми мерами стремились организовать за границей интервенцию и любой ценой задушить разгорающуюся революцию. Это вызвало справедливый прилив ненависти к эмигрантам, охвативший и научные круги.
Пример подало Общество медицины, вычеркнувшее из своего списка всех бежавших.
25 августа 1792 года один из наиболее революционных членов Академии – Фуркруа предложил сделать то же по отношению ко всем «утратившим гражданскую добродетель» академикам. Однако Академия наук оказалась более реакционной, чем Общество медицины, и предложение Фуркруа было встречено с явной враждебностью. Под формальным предлогом, что Академия лишена права сама исключать своих членов, предложение Фуркруа было отвергнуто собранием. Возмущенный Фуркруа настаивал на исключении эмигрантов, исходя хотя бы из старинного пункта устава, гласившего, что каждый, не посещающий академию более двух месяцев, должен быть исключен. Но и тут реакционное большинство стало доказывать, что и в этом случае исключение производилось не Академией, а министром короля.
Фуркруа с трудом удалось добиться обещания, что руководство Академией представит министру республики список эмигрантов-предателей.
18 ноября на трибуне Конвента появилась новая делегация Академии, уверявшая в своей ненависти к тиранам и напоминавшая о своих заслугах перед страной. В составе делегации был и Лаплас. Делегацию встретили приветствиями.
Конвент с начала своей деятельности стал обращаться к Академии наук за консультацией по всевозможным возникавшим вопросам. Академию запрашивали о лучшем типе закрытых повозок для перевозки больных, о режиме больниц и госпиталей, о согласовании нового республиканского календаря с прежним грегорианским, о новой военной машине и о новом виде пуль, предложенных какими-то изобретателями, о новых сортах тканей для обмундирования армии, о способе сохранения сухарей и овощей в морской воде и т. д. и т. д. На эти бесчисленные вопросы Академия отвечала, как умела, и постепенно приобрела доверие Конвента. Однако часть академиков, недовольная новыми функциями, на них возложенными, перестала появляться на заседаниях. Часть академиков сбежала за границу, часть переключилась на политическую деятельность, ряды академиков в зале заседаний значительно поредели.
После доклада академической делегации Конвент выразил пожелание о замещении освободившихся вакансий новыми учеными по выбору самой Академии. Не решаясь сопротивляться открыто, Академия приняла все меры, чтобы отложить дело в долгий ящик.
Лаканаль, ведавший в Конвенте делами науки, получил 17 мая 1793 года прямое приказание заполнить вакансии, привлекая в состав Академии талантливых революционных ученых. Новое глухое сопротивление, оказанное Академией этому мероприятию, вызвало недовольство Конвента. Неудивительно, что журнал «Revolution de Paris» выразил удивление, что королевская Академия наук все еще существует, тогда как весь старый государственный механизм заменяется новым.
По предложению Грегуара, 8 августа 1793 года Конвент постановил закрыть все академии и литературные общества, содержавшиеся за счет нации. Вместе с тем Конвент создал специальные органы для руководства научной работой в стране, вменяя им в обязанность всемерно развивать деятельность всех научных учреждений, библиотек, музеев и т. п. Этот декрет Конвента характерен для якобинской политики в области культуры: последняя должна под руководством и контролем революционного правительства служить интересам народа, а чванству и саботажу дореволюционной цеховой науки должен быть дан решительный отпор.
Постановление о ликвидации академий фактически так мало затронуло Академию наук, что уже через несколько дней Лаканаль провел в Конвенте декрет: «Члены бывшей Академии наук должны собираться в своем обычном месте на заседания, чтобы заниматься исключительно теми делами, которые им предложил или предложит Национальный Конвент. Печати, если таковые были, наложенные на их дела, бумаги и т. п., будут сняты, а годичное вознаграждение, полагавшееся ученым, будет выдаваться им попрежнему».
По существу эта мера являлась как бы восстановлением Академии наук, но ставила ее под контроль революционного правительства.
В октябре 1793 года непременный секретарь Академии Кондорсе, наряду с другими депутатами-жирондистами, был внесен в список приговоренных к казни. Место скрывшегося Кондорсе занял Лавуазье. Крупный откупщик в прошлом, состоятельный финансист, уже в самом начале революции напуганный проявлениями народного гнева, он принял новое постановление Конвента враждебно. Посоветовавшись кое с кем из прежних коллег, настроенных оппозиционно к якобинскому составу Конвента, Лавуазье от имени Академии отказался работать на новых началах. Лучшие элементы Академии порвали с Лавуазье и постановили продолжать свое служение республике. Они стали собираться в помещении недавно учрежденной Комиссии мер и весов, на которую возлагалась историческая задача установить метрическую систему.