В семейной жизни Зюсс был вполне счастлив. Жена интересовалась его научной и общественной деятельностью, разделяла его воззрения и создавала спокойную домашнюю обстановку, способствовавшую работе. У них было пять сыновей и каждый работал по своей специальности. Старший сын, Адольф, основал цементный завод, другой, Отто, был директором каменноугольных копей, юрист Герман заведывал правовым бюро земельного банка, врач Эрхард стал главным врачом государственных железных дорог, а Франц-Эдуард — видным геологом, исследователем Богемского массива и знатоком тектоники Нижней Австрии.
Дочь Паула вышла замуж за палеонтолога Неймайра, известного своими работами по эволюционной теории и автора прекрасно изложенной «Истории Земли» (изданной и в русском переводе). С 1873 года он был также профессором Венского университета. После его смерти, в 1889 году, вдова вернулась к отцу и заведывала его хозяйством, так как ее мать, после долгой болезни, в 1899 году умерла.
Зюсс прожил много лет в Африканском переулке в скромной квартире, знакомой В. Обручеву по нескольким посещениям в 1898 и 1899 годах. Стены небольшого кабинета были сплошь заняты черными, высокими полками с книгами. Только один простенок украшал бюст Мельхиора Неймайра, покойного любимого зятя; под ним на доске — коллекция геологических молотков, подаренных Зюссу видными геологами всего мира, которые ими работали. Здесь были молотки, отбивавшие образцы в Южной Африке, Америке, Австралии и Азии. Молотки, портреты, снимки интересных местностей украшали также некоторые узкие простенки возле дверей. Среди кабинета — большой стол, за которым Зюсс писал свои научные работы, готовился к лекциям и докладам, сочинял свои политические речи.
Удивительная работоспособность Зюсса сочеталась с уменьем строжайше использовать время. Он вставал в 6 часов 30 минут и через час отправлялся, неизменно пешком, в университет, где читал с 8 до 9 часов свои лекции. Даже в период напряженной политической деятельности он не брал учебного отпуска и не откладывал лекций. Предобеденные часы он отдавал работе в Академии, в парламенте, в ландтаге. После короткого послеобеденного отдыха Зюсс обычно отправлялся на часовую прогулку в парк Пратер, расположенный недалеко от его квартиры, а затем весь вечер, нередко до двух часов ночи, посвящал научной работе или подготовке речей и лекций, если не был занят на заседании в научных обществах, в парламенте, ландтаге. По субботним вечерам обыкновенно происходили заседания кружка геологов, который положил основание учрежденному в 1909 году Геологическому обществу. Обширная библиотека Зюсса и множество рукописных материалов содержались в полном порядке, необходимом для быстрых справок. Многочисленные отдельные оттиски литературы были подобраны по темам и содержались в больших папках. В Геологическом институте Зюсс сам вел список своих слушателей в течение многих лет; он же составил обширные учебные геологические коллекции, содержавшие типичные образцы из всех стран.
Интенсивная научная и общественная деятельность не оставляла времени для развлечений. Зюсс годами не бывал в театре, почти не читал художественную литературу, хотя иногда, после ужина, любил послушать сатирические произведения немецких авторов.
Пустые светские разговоры не занимали его, но интересные беседы с молодыми учеными часто затягивались в его квартире далеко за полночь. Он был рад посещениям заграничных геологов, от которых черпал новые сведения и с которыми обменивался воззрениями на строение Земли и на геологические процессы.
Летний отпуск, особенно в старческие годы, Зюсс проводил большею частью в маленьком имении Марцфальви, на границе Венгрии, доставшемся его жене по наследству. Здесь, вдали от забот и обязанностей городской жизни, он особенно много писал, а в часы досуга занимался мелкими садовыми работами.
Зюсс отличался хорошим здоровьем. Вскоре после женитьбы он без всяких последствий перенес оспу, и затем, до последнего года жизни, никогда не болел. Но в молодости он производил впечатление больного человека. Один из старейших его учеников, профессор Фукс, в своих «Воспоминаниях» о Зюссе так описывает свое первое знакомство с ним:
«Это было в ноябре 1861 года. Я только что поступил в Венский университет. Однажды в ожидании лекции по анатомии растений я слонялся по холодным, неуютным коридорам старого здания, не зная, как убить время. Библиотека еще не открылась, читального зала тогда не было, итти в кофейню не позволяли средства. Я решил посетить какую-нибудь постороннюю лекцию и, заметив на доске об'явлений, что с 5 до 6 часов Зюсс читает палеонтологию, зашел в аудиторию. Она была почти пуста, только на передней скамье сидело несколько слушателей. Я скромно приютился на задней скамье. Вскоре вошел Зюсс — тощий человек в простой одежде, с цилиндром сомнительной свежести в руке, немного сгорбленный, с впалыми щеками и тусклыми глазами. «Бедняга, — подумал я, — ему нужно больше есть и меньше штудировать». Зюсс сел за стол, начал говорить усталым голосом. «Он наверно чахоточный», решил я. Но вскоре картина изменилась. Голос лектора окреп, речь сделалась проникновенной, энергичной. Зюсс пошел к доске и начал рисовать спрута так искусно и с такой уверенностью, что я был поражен: никогда я не видел ничего подобного. Набросав, словно шутя, сложный рисунок, Зюсс продолжал лекцию. Он словно вырос, говорил твердо и уверенно, и, когда он кончил, я был очарован, но не мог подавить мысли, что такой вдохновенный мыслитель обречен. «Внутренний жар истощает его», думал я, вспоминая своего чахоточного учителя гимназии.
«У выхода я представился Зюссу и просил разрешения посещать его лекции, «Места много», — сказал он меланхолически, указывая на почти пустую аудиторию. Охотников изучать палеонтологию тогда было еще очень мало.
«Мои опасения, к счастью, не оправдались. Легкие Зюсса были здоровы и с годами, несколько пополнев, он утратил болезненную внешность и приобрел большую выносливость. Во время полевых работ он совершал большие переходы пешком и преодолевал такие крутые и длинные под'емы в горах, какие едва были по силам более молодым людям. Имея почти шестьдесят лет, он предпринял трудную поездку в самую дикую часть Норвегии, а в семьдесят пять лет обладал еще полной работоспособностью и свежестью духовных сил.
«Зюсс был богато и разнообразно одарен. В нем совмещались твердый непреклонный характер, глубокое художественное чувство, ясный ум и любовь к порядку. Он любил общество, особенно молодых людей, но чувствовал себя лучше всего в поле, наедине с природой. Когда он путешествовал по своим любимым горам с молотком в руке, большой кожаной сумкой за плечами и записной книжкой в кармане, он находился в обстановке, наиболее соответствовавшей его натуре, и вполне наслаждался жизнью. Ни потоки дождя, ни жгучие лучи солнца, ни крутые склоны гор не портили его настроения.
«Работоспособность Зюсса была изумительна; он был фанатиком работы и не мог оставаться бездеятельным. Работа была для него не трудом, а удовольствием. Казалось, что он не знал усталости, и его отдых заключался в том, что он переходил от одного рода работы к другому. Он был членом городской думы, депутатом парламента, и казалось непостижимым, каким образом Зюсс находил время для своих научных исследований, которые не прекращались, как и его педагогическая деятельность. И вместе с тем эта загруженность работой не была заметна. Поверхностный наблюдатель мог даже думать, что Зюсс бездельник. Он никогда не торопился, не казался озабоченным или усталым, не пропускал заседаний, не отказывал посетителям, которых было не мало; для каждого он находил время, чтобы его выслушать, а обращавшиеся к нему письменно могли быть уверены, что с обратной почтой получат обстоятельный ответ».
Зюсс начал похварывать весной 1913 года, когда появились признаки болезни сердца в виде артериосклероза. Но лето, проведенное в имении Марцфальви, прошло благополучно и даже бронхит не имел последствий. В начале зимы возобновились признаки сердечной слабости, а в январе 1914 года припадки участились и стали сильнее. Зюсс проводил некоторые дни в постели и должен был сильно сократить свои занятия, особенно письменные, ограничиваясь чтением. В начале марта болезнь усилилась. К болезни сердца присоединился бронхит, перешедший в воспаление легких. Начался тяжелый бред, и 26 апреля могучий старец навеки закрыл свои глаза.
Согласно завещанию, тело Зюсса было отправлено без всякой пышности в его имение Марцфальви в Венгрии, где была похоронена и его жена.
Достойным увековечением памяти Зюсса является памятник, поставленный городом Веной на площади Шварценберг, возле того самого фонтана, где с таким нетерпением ожидали первых струй альпийской воды. На памятнике, увенчанном бюстом инициатора постройки водопровода, женская фигура льет воду, добытую из скалы, на руки коленопреклоненной женщине, изнывающей от жажды.