В начале 1879 года произошла смена министерства. Наместник Тироля, граф Таафе, чтобы руководить предстоящими выборами в парламент, вошел в его состав в качестве министра внутренних дел. Перед сменой министерства некоторые депутаты спрашивали Зюсса, не согласится ли он занять пост министра. Зюсс дал условное согласие, но потом стал раздумывать, соответствуют ли обязанности министра его наклонностям. Результатом этого раздумья явилось решение не вступать в правительство.
В июне 1879 года в своем округе Зюсс снова был избран в парламент. В министерстве произошли перемены — Таафе стал министром-президентом. Ходили слухи о переговорах правительства с некоторыми депутатами конституционной партии; снова называли кандидатуру Зюсса. Один из бывших министров сообщил ему даже название портфеля, который был резервирован для него. С другой стороны, летом, на работе в горах, Зюсс получал предостерегающие письма от друзей, а в конце августа немецкая партия на с'езде в Линце постановила, что никто из ее членов не должен входить в министерство. Но, как вспоминает Зюсс, это была борьба с ветряными мельницами, так как Таафе давно уже избрал другие пути.
В это же время Зюсса интересовали вопросы улучшения условий судоходства по Дунаю. Нижне-Австрийский промышленный ферейн организовал отдельный Дунайский ферейн и избрал Зюсса его председателем. В сентябре члены ферейна совершили поездку по Дунаю, которая сопровождалась приемами и речами в попутных городах.
По возвращении в Вену Зюсс был вызван к графу Таафе, который сказал ему, что Зюсс является первым из членов немецкой партии, с которым он хотел бы обсудить общие принципы возможного сближения. Зюсс выразил свое удивление, почему этой чести удостоился он, а не лицо, более соответствующее и склонное к участию в активной политике. Зюсс заметил при этом, что программа партии первым условием ставит строгую конституционность, и потребовал четкого указания по этому поводу в предстоящей тронной речи. Таафе возразил Зюссу, указав на ненормальность того положения, что в течение многих лет в парламенте отсутствует представительство значительной части империи, и заявил, что его задачей является устранение этого положения. В дальнейшем разговоре Зюсс сказал, что всякая попытка правительства возвратиться к федералистической политике встретит категорическое сопротивление со стороны немецкой партии.
С правительством, возглавляемым Таафе, Зюссу, охваченному стремлением сохранить единое (лоскутное, как его обычно называли) государство, вскоре пришлось бороться. Правительство опиралось в парламенте на большинство, составившееся из дворян — славянских федералистов и немецких клерикалов. Поддерживая правительство, каждая из этих партий выставляла свои требования: чехи требовали создания национального университета в Праге, поляки — постройки железной дороги в Галиции, а клерикалы — изменения школьного закона в желательном для них духе. К соглашению этих партий присоединились югославцы. Так создалось большинство, известное под именем «железного кольца», которое фактически в течение нескольких лет управляло Австрией. Таафе в действительности не сочувствовал ни требованиям немецкой партии, ни федералистическим намерениям славян. Не нравились правительству и проекты государственного социализма, выдвигавшиеся группой мелкобуржуазных политиков, которые защитительными законами хотели улучшить положение мелких ремесленников, привлечь крестьян упорядочением законов о наследовании и т. п. Обещание этих мероприятий должно было оказать влияние при выборах, а защищавшие эту программу политики имели большое влияние в клерикальной партии. Консерватизм мелкой буржуазии, страдавшей от крупного производства, толкнул ее к консервативно-клерикальному дворянству. Эта ситуация позволила правительству ввести бюрократический режим, очень похожий на абсолютизм. В 1882 году правительство внесло в парламент проект нового выборного закона, направленного на пользу мелкой буржуазии.
В 1880 году, удовлетворяя требования славянского большинства, правительство разрешило открытие чешского университета в Праге. Был поднят также вопрос о постройке железной дороги в Галиции. Однако правительство внесло в парламент проект закона о постройке этой дороги только через год, причем предлагало поручить строительство ее учрежденному за это время земельному банку. Но парламент постановил, что дорогу должно строить государство при помощи мелких подрядчиков. Несмотря на это постановление, строительство было поручено крупному предпринимателю — барону Шварцу, сочувствовавшему немецкой партии. Разыгрался скандал: депутат Каминский пред'явил иск на уплату 625 650 флоринов в возмещение его хлопот по проведению закона и сдаче постройки Шварцу. Вскрылась картина подкупа, взяточничества, которое в буржуазных государствах сопровождает всякое строительство или проведение законов. Левое крыло в парламенте возмутилось, и замешанные в подкупе и взяточничестве депутаты вынуждены были сложить свои полномочия. Правительство обещало строгое расследование, но дело затянулось и закончилось, конечно, ничем. Немецкие либералы окончательно дискредитировали себя, и их повсюду, особенно в Вене, обвиняли в поощрении и защите подкупности.
Таафе провел в парламенте изменение школьного закона в угоду клерикалам. Клерикалы сначала внесли предложение сократить обязательный срок обучения с 8 до 6 лет, предоставив ландтагам право продления его. Зюсс выступил в парламенте против изменения срока, указав, что нельзя считать справедливыми законы, которые правительство вносит на утверждение в угоду католическому духовенству, и что такое правительство не управляет, а растрачивает народные силы и народное достояние. Закон все-таки был принят незначительным большинством, но отвергнут в верхней палате, которая не желала увеличивать компетенцию ландтагов в ущерб центральной власти. Тогда клерикалы внесли предложение предоставить право сокращения обязательного срока обучения родителям. Этим устранялась неприемлемость закона для верхней палаты, но, так как большинство родителей несомненно воспользовалось бы своим правом, общий уровень просвещения народа должен был понизиться. Это предложение клерикалов вызвало в парламенте горячие дебаты. Зюсс выступил в качестве главного оратора от немецких либералов. В возмущении Зюсс закончил свою речь возгласом: «Долой этих вредителей государства!»
Председатель призвал его к порядку, но не за эти слова, а за высказанное им раньше мнение, что предложение большинства комиссии является позором, преступлением, что правительство свалилось в пропасть политической подкупности, а большинство парламента намерено последовать его примеру.
Закон прошел в третьем чтении большинством десяти голосов. В некоторых предместьях Вены были вывешены черные флаги.
Только в августе 1882 года Зюссу удалось снова взять в руки геологический молоток. Зюсс посетил восточную часть горы Юры, чтобы изучить вздымание ее складок на окраине более древней массы Шварцвальда. Затем он изучал горные цепи Каринтии и пришел к выводу, что эти горы, обычно называемые Южными Альпами, в геологическом отношении представляют, совместно с доломитами Южного Тироля и Альпами Ломбардии, самостоятельную систему Динарид, которая протягивается сюда из Боснии и Далматии в виде дуги, обращенной выпуклостью на юг.
Деятельность Зюсса в Дунайском промышленном ферейне не увенчалась успехом. После поездки по Дунаю он разработал вопрос об уничтожении препятствий для судоходства в Железных воротах, которое было предоставлено Австро-Венгрии по Берлинскому договору. Зюсс предложил сдать работы посредством открытой конкуренции и создать контрольную комиссию из представителей Австрии и Венгрии.
В мае 1880 года в Вене собрался Дунайский с'езд представителей шестнадцати городов. На с'езде был поднят вопрос о судоходстве через пороги. Осенью возникла мысль достигнуть соглашения по этому вопросу с Баварией. Зюсс вместе с другими заинтересованными лицами побывал в Мюнхене. Их встретили там вежливо, но в переговорах чувствовалось опасение за уменьшение доходности государственных железных дорог Баварии при развитии судоходства по Дунаю. Проект встретил сильное противодействие также со стороны австрийских железнодорожных обществ, которые при поддержке правительства помешали его осуществлению и посредством тарифов сделали широкое развитие судоходства по Дунаю невозможным.
Попрежнему сахар из Богемии вывозился в Англию и лишь оттуда через Средиземное море попадал в Балканские государства; попрежнему хлеб из Румынии перевозился по Средиземному морю в Англию в обмен на сахар, мануфактуру, уголь, железо и пр., которыми могла бы снабжать Австрия, если бы тарифы железных дорог не препятствовали подвозу этих товаров к Дунаю. При таких условиях судоходство по Дунаю могло развиться только в ограниченных размерах для надобностей приречного населения, так как крупные транзитные грузы в Балканские государства не могли попасть на Дунай. По этим соображениям Зюсс в 1885 году отказался от председательства в Дунайском ферейне.
Деятельность Зюсса в парламенте при министерстве Таафе занимала много времени и давала мало удовлетворения. Поэтому он стал подумывать об отказе от нее, намереваясь более интенсивно заняться научной работой. Прошло уже восемь лет с тех пор, как он напечатал книгу о происхождении Альп, в которой доказывал, что распределение больших горных цепей не обусловлено каким-либо геометрическим планом. Задача выяснить сущность этого распределения все больше привлекала ученого. За этот год он успел подготовить много материалов для более крупного геологического труда, но ему было уже пятьдесят два года и он чувствовал, что должен или отказаться от решения этой задачи, или взяться за нее твердо. Зюсс подписал договор с издательством на трехтомное сочинение — «Лик Земли». Оно должно было начинаться с доказательства, что всемирный потоп представлял действительное явление. Ради этого Зюсс поехал в Геттинген, чтобы попросить у знатока клинописи профессора Гаупта раз'яснения некоторых мест ассирийского сказания о потопе. Договор понуждал к систематической работе, и уже в начале лета 1883 года вышел из печати первый выпуск «Лика Земли».
В этом выпуске, во введении ко всему сочинению, Зюсс, описывая глобус, на котором рельефно показаны неровности земной поверхности, обращает внимание на клинообразные очертания материков, на большие глубины океанов, на различие между типами берегов Атлантического и Тихого океанов. Берега Тихого океана характеризуются тем, что их окаймляют горные цепи, протянувшиеся параллельно берегу, тогда как берег Атлантического океана сильно изрезан и лишен такой закономерности в отношении к горным цепям. Далее Зюсс указывает, что громадная мощность толщ горных пород, отлагавшихся на дне моря, а в настоящее время слагающих материки, с несомненностью доказывает крупные размеры прежних погружений частей современной суши и последующих поднятий. Определение понятия «геологическая формация» заставляет автора рассмотреть прежние взгляды на причины изменения фаун и флор, характеризующих эти формации, и отметить крупное значение труда Дарвина о происхождении видов, осветившего зависимость развития организмов от условий их существования. Эти условия существенно меняются в связи с происходящими на Земле дислокациями — изменениями ее рельефа от образования складок, поднятий и опусканий земной коры и от обусловленных этими движениями трансгрессий (наступлений моря на сушу) и регрессий (отступлений моря).
В заключение Зюсс сообщает общий план своего труда. В первой части автор рассматривает движения в твердой части земной коры — землетрясения, разного рода дислокации, связь с ними землетрясений и вулканизм; вторая часть будет посвящена строению и распределению горных систем; третья — изменениям положения уровня морей, то есть движениям в жидкой части земной коры, и четвертая — истолкованию лика Земли на основании тех движений, которые охарактеризованы в первых частях сочинения.
Закончив первый выпуск, Зюсс летом 1883 года снова отправился в Альпы совместно с подросшим сыном Францем (будущим геологом, позже сменившим отца на кафедре университета) и ассистентом Динером.
Они изучили массив горы Адамелло, внедрившейся в складчатые цепи Альп, затем Бернину — остаток более древней структуры, раз'яснение которой имело большое значение для понимания строения Альп. Наконец, побывали в Цюрихе, где Зюсс изложил на собрании Швейцарского общества натуралистов свои взгляды на строение гор.