Isabelle de Villena naquit, sûrement à Valence (Espagne), en 1430. C'était la fille naturelle d'Henri de Villena, Marquis de Villena, prince de la maison de Barcelone. Isabelle fut baptisée sous le nom d’Elionor Manuel et elle fut élevée à la cour de Marie de Castille, femme d'Alphonse V d'Aragon, dit le Magnanime. En 1445, elle prononce ses vœux au couvent de la Très Sainte Trinité des Clarisses de Valence, dont elle devient abbesse en 1463.
