К этому времени были развязаны руки советского командования в Туркестане ликвидацией казачьей авантюры в Самарканде. Хотя это обстоятельство и не освободило особенно много воинских сил, но оно позволило произвести мобилизацию рабочих в Ташкенте без особого риска для последнего получить удар с тыла.
В ночь с 18 на 19 февраля из Ташкента стали прибывать эшелоны с воинскими частями и наспех вооруженными ташкентскими рабочими во главе с военным комиссаром Перфильевым.
Переговоры в это время все еще продолжались, но с каждым часом затягивались все более и более. Улемистский переворот внутри Кокандской автономии привел к тому, что сама делегация противника не могла договориться об условиях мира.
Перфильев, принявший на себя командование всеми сосредоточенными в Коканде советскими войсками и вооруженными рабочими отрядами пришел к выводу, что ожидать конца мирных переговоров не приходится, что нужно силой оружия ликвидировать банды Иргаша.
В 10 ч. 15 минут 19 февраля советское командование предъявило Иргашу ультиматум, в котором предлагало сложить оружие к известному сроку. Мирная конференция прекратила свои заседания. Все с напряжением ожидали ответа Иргаша.
Срок ультиматума истекал в 1 час дня. В 12 часов 45 мин. был получен ответ Иргаша — он отказался выполнить предъявленные советским командованием требования.
В 1 час дня начался артиллерийский обстрел старого города, который с перерывами продолжался до темноты.
Утром 20 феврали началось наступление пехоты на старый город, при чем советские войска почти не встретили никакого сопротивления. Банды Иргаша при первом же появлении наших войск, немедленно отступили. Большая часть иргашевской шайки, припрятав у знакомых оружие, просто скрывались кто куда мог. Сам Иргаш, с началом наступления нашей пехоты, видя свое бессилие отразить наступление, бежал из города с небольшим отрядом. Все старания наших частей разыскать его не дали никаких результатов.
Несколько слов о моментах, на которых впоследствии сильно играла контр-революция. В наступлении на старый город принимала участие боевая дружина армянской националистической партии дашнак-цутюнов, которая в то время внешне признавала советскую власть, и которую мы тогда считали своим союзником.
Войдя в старый город, дашнаки, вместо того, чтобы вылавливать вооруженных джигитов Иргаша, занялись поголовным грабежом мирного населения. Зараженные провокаторским примером дашнаков, грабежом занялись даже некоторые красногвардейцы и рабочие. Наша ошибка заключается в том, что мы допустили союз с дашнаками — буржуазно-националистической организацией. Второе — мы не смогли своевременно принять нужных мер против начавшихся грабежей в старом городе.
После бегства Иргаша из Коканда, к советскому командованию явилась делегация из старого города с предложением возобновить мирные переговоры. 21 февраля снова началось заседание мирной конференции, которая очень скоро пришла в соглашению. Вот текст, этого соглашения:
«В виду того, что после вооруженного столкновения вооруженные силы, так называемого временного правительства автономного Туркестана были разбиты и рассеяны революционными войсками, мирное население изъявило полную покорность и желание подчиниться власти Советов солдатских, рабочих и крестьянских депутатов. Мирная конференция, заседавшая в г. Коканде, по Розенбаховской улице, в здании Русско-Азиатского банка в заседании своем 22 (9) февраля 1918 года в составе… (далее идет перечень участников конференции, который мы для краткости опускаем — П. А.) пришла к следующему соглашению: 1. Население, как мусульманское, так и русское, не имеющие письменного разрешения Советской власти, обезоруживается. Отобранное оружие сдается в места и сроки, указанные командующим войсками Ферганской области. 2. Население признает власть Краевого Совета Народных Комиссаров и все местные советские учреждения. 3. Население обязуется выдать властям всех известных ему организаторов происшедших кровавых событий, а также главарей и участников вооруженных шаек. 4. Тайный ввоз оружия в край и его распространение среди населении признается актом подготовки к вооруженному восстанию и будет караться по всей строгости революционных законов. 5. Население по требованию военной и советской власти всеми силами способствует восстановлению железных дорог, телеграфов и их охране и вообще восстановлению нормальной жизни. 6. Краевой Совет Народных Комиссаров оказывает помощь беднейшему населению, пострадавшему во время гражданской войны. 7. Действие сего соглашения распространяется на весь Туркестанский край».
Так кончилась, начатая объединенной буржуазией, Кокандская автономия. Затея эта лопнула, как мыльный пузырь. Но прежде чем умереть, Кокандская автономия успела вызвать к жизни новую силу — басмаческие шайки Иргаша. Это новое контр-революционное движение в значительной мере превосходило по своему размаху Кокандскую автономию.