Летом 1901 года Попов проводил испытания радиостанций на Черноморском флоте, в Одессе и Ростове-на-Дону. Результаты летних испытаний были неплохими. Дальность приема удалось увеличить до ста сорока восьми километров. И ему казалось, что понемногу удастся переубедить маловеров, преодолеть равнодушие «власть имущих», победить невежество, и дело пойдет на лад.
По приезде в Петербург, Попов отправился в Морской Технический Комитет доложить об итогах летних работ.
Его встретили очень любезно. Диков, всегда поддерживавший все начинания Попова, наговорил ученому множество приятных, хотя и несколько странных, вещей. Александр Степанович такой зрелый ученый, его заслуги всеми признаны. Он, шутка ли сказать, восемнадцать лет преподает в Минном классе, а ведь это место с успехом может занимать рядовой физик...
Чем больше распространялся Диков на эту тему, тем тревожней становилось на душе у Попова. Куда клонит вице-адмирал, он не мог понять. Он думал, что речь будет итти о новых, более основательных испытаниях радиотелеграфа во флоте, о создании русской радиопромышленности. Словом, о том, чем надлежало интересоваться Морскому Техническому комитету и что давным давно следовало разрешить. Но разговор закончился совсем неожиданно. Председатель Комитета предложил Попову место профессора в Электротехническом институте. Это именно то место, которое достойно научных заслуг Попова.
Попов не дал сразу ответа. Он не любил опрометчивых решений. Преподавание в Электротехническом институте безусловно имело свои преимущества. Но как быть с работой во флоте? Попов считал своей нравственной обязанностью завершить начатое им дело радиофикации флота.
Поэтому, вступив в новую должность, Попов сохранил за собой и службу во флоте. Сам Тыртов одобрил желание Попова и впредь оставаться членом-сотрудником Комитета, чтобы изобретатель «мог лично участвовать в летние месяцы при установке этих приспособлений на судах и обучении чинов флота».
При виде плохо оборудованных лабораторий Электротехнического института, Попов с грустью вспоминал богатства физического кабинета Минного класса. Нужно было всячески пополнять институтские лаборатории. Профессор Попов вспоминал старину и частенько сам изготовлял необходимые приборы.
Приближался грозовой, революционный 1905 год, Обстановка в стране становилась все тревожней. Все тревожней делалось в Электротехническом институте, и студенчество, и профессура его были на плохом счету у полиции. Обыски, аресты не прекращались. Ответом были студенческие волнения. Александр Степанович, первый выборный директор Института, часто пытался оградить и защитить студентов от преследований охранки.
В конце декабря 1905 года полиция донесла Министру Внутренних дел, что в Институт приходил на собрание студенческого кружка Ленин. Взбешенный министр вызвал к себе Попова. Он кричал и размахивал руками перед самым лицом заслуженного ученого. В Институте будут находиться охранники для наблюдения за студентами, — заявил министр.
Всегда сдержанный, Попов, кажется, первый раз в жизни заговорил резко. Никогда, пока он, Попов, остается на посту директора — в институт не будет допущен ни один охранник, все равно, — тайный или явный...
Домой Александр Степанович едва-едва добрался, так скверно он себя чувствовал. Пришел и слёг. Встал только вечером, когда надо было ехать на заседание Русского физико-химического общества. Это было его последнее посещение Общества, и оно принесло большую радость: ученые единогласно избрали Попова председателем физического отделения Общества. Этим они выразили признание его заслуг перед русской наукой, считая Попова руководителем русской физики...
По возвращении с заседания Попов сразу же опять слег, а через несколько дней, 13 января 1906 года, Александр Степанович скончался от кровоизлияния в мозг. Он умер в расцвете сил, на сорок шестом году своей жизни.