Место рождения и время смерти этого отшельника неизвестны. Предполагают, что он был замучен незадолго до св. Петра Александрийского, когда Максимин Дайя, объявленный цезарем, в нарушение эдикта, объявленного в его предсмертную болезнь Максимианом Галером, продолжал гонение, начатое Диоклетианом. Это относится приблизительно к 311 году.
Аполлоний был одним из лучших фиваидских отшельников и был возведен в степень дьякона. Когда последовало гонение, он не удовольствовался тем, чтобы славить Бога в тишине своей кельи, но навещал исповедников веры, заключенных в тюрьмах, и воодушевлял их мужественно стоять за Христа. Семена его слова принесли богатые плоды, и благодаря ему несколько лиц с радостью приняли венец мученичества. Вскоре и самому ему выпало на долю умереть за Христа. Императорские чиновники, вменив ему в преступление его отношение к схваченным христианам, арестовали его и бросили в тюрьму. Язычники того места, где его содержали, пришли в большом числе, чтобы посмотреть на него и поглумиться над ним; один из них, по имени Филемон, знаменитый в народе искусством игры на флейте, желая отличиться перед другими, особенно издевался над преподобным. Он осыпал его всякой бранью, называл его соблазнителем, мошенником, говорил, что он заслужил всеобщую ненависть и что его надо уничтожить как можно скорее.
Аполлоний слишком приучил себя к терпению; чтобы в этом случае сохранить свое спокойствие, он молча выносил все то, что влагали ожесточение и ложная ревность в уста этому разъяренному человеку. Он дождался конца его ругательств и ответил ему такими словами: «Господь да сжалится над тобой, сын мой, и да не вменит тебе во грех всего, что ты наговорил!» Эти слова, произнесенные с кротостью, свойственной святым, растрогали Филемона. А Бог внезапным наитием Своей благодати сделал из него вдруг нового человека. Он объявил себя христианином и, не довольствуясь этим первым признанием, побежал в судилище и там всенародно заявил о своей вере во Христа.
Судья счел это за глупую выходку и шутку, потому что Филемон был известный шутник. Удостоверясь, однако, что он говорит серьезно, он спросил у него, потерял ли он рассудок и как он мог помешаться в такое короткое время.
На это Филемон твердо ответил ему: «Это ты скорее и несправедлив, и безумен, присуждая к смерти христиан, которые действительно ни в чем не повинны. Я объявляю, что я христианин и что нет на земле людей лучше христиан». Судья не подал вида тому, что оскорблен этим ответом; он постарался привлечь его на свою сторону ласками. И, лишь увидев, что это ему не удается, перешел от кротких слов к жестокости и стал мучить его различными пытками. Он велел также привести из тюрьмы преп. Аполлония, против которого был страшно раздражен за обращение Филемона, и подверг его самым ухищренным мучениям за то, что он кроме богохульства и неверия в богов провинился еще совращением Филемона. Аполлоний, продолжавший оставаться спокойным, сказал ему со своей обычной кротостью:
— Дай Бог, чтобы ты и все находящиеся здесь последовали за тем, что вы называете во мне заблуждением.
Но этот ответ еще более раздражил судью. И он приказал сжечь Аполлония и Филемона живыми. И вот они уже стоят среди пламени. Уже лижущие языки его готовы опалить их тела. А сердце Аполлония еще жарче огня горит ревностью ко Христу. И вознес он тогда из глубины души своей, уже устремлявшейся в объятия Отца, последнюю молитву, чтобы Господь проявил Свою безграничную силу и посрамил язычество. Все присутствовавшие вокруг слышали его молитву, произнесенную громким голосом. И едва он кончил, как на него и Филемона пало облако, и излившаяся на них роса совершенно погасила огонь. Это чудо так изумило судью и народ, что они стали громко кричать, что один Бог христиан велик и бессмертен. Весть об этом чуде и об обращении этого значительного чиновника быстро распространилась и дошла до префекта Египта, который находился в Александрии. Но он не только не изменился под впечатлением этого известия и не призадумался над происшедшим, но выбрал офицеров самого жестокого нрава и отправил их за этим, уверовавшим во Христа чиновником и за Аполлонием.
В цепях они были приведены в Александрию. В дороге Аполлоний, полный Духа Святого, влагавшего в его уста слова живительные, возвещал Христа своим провожатым и настолько убедил их в истине христианства, что они исповедали веру свою перед префектом и захотели разделить страдания приведенных ими и просветивших их узников. Найдя их непреклонными, префект приговорил их ко ввержению в море. Не мот понять этот нечестивец, что, давая им тем спасительное крещение, он внес величайшее счастье и возрождение. Они были там захвачены волнами, но для того, чтобы жить вечно.
Море, послужившее орудием их мученичества, не скрыло их от почитания верных. Оно возвратило их тела, выбросив на берег. Христиане похоронили их в общей могиле, которую Бог прославил множеством чудес и которая привлекала толпы народа. Память их празднуется 14 декабря.