Св. Пафнутий более известен в церковной истории не как отшельник, а как епископ, хотя добродетели, которыми он блистал на епископской кафедре, он почерпнул в уединении под руководством преп. Антония. Он родился в Египте, неизвестно, в каком городе. Желание отдать себя без раздела Богу повлекло его в монастырь Писпир, где мало-помалу он стал преуспевать в добродетелях. Его извлекли оттуда, чтобы поставить епископом в одном городе — в Нижней Фиваиде. Он явился туда, как светильник, вынутый из-под спуда, чтобы светить на «свещнице». Его жизнь поддерживала те заветы, которые он давал народу, и сам он служил как бы живым примером веры и благочестия.
Преследования Галера Максимиана и Максимиана Дайя достигли до его страны, и он был одним из тех святых исповедников, которых приговорили к работе в шахтах, проколов и вырвав им правый глаз и подвергнув другим истязаниям. Некоторые из них тут же и погибли под пыткой ради вечного блаженства. Но Бог хранил Пафнутия для новых битв и сберег его для Своей церкви, чтобы защищать веру против еретиков, как Он же укрепил его против ярости язычников.
Вселенский Никейский Собор и затем поместный Тирский Собор, созванный происками ариан против святителя Афанасия, были великими местами, где он просиял, ревностно отстаивая Божество Иисуса Христа.
На Первом Соборе он присутствовал с несколькими святыми епископами, которые, как он, носили на себе знак стойкости в вере во время ужасов гонения Диоклетиана, Максимиана, Максимина и Ликиния — почетные и настолько же славные в глазах всей церкви знаки, насколько они казались позорны и унизительны в глазах язычников. Кроме того, в Пафнутий действовала благодать чудес, которую даровал ему Бог: он изгонял своим словом демонов, а его молитва легко испрашивала у Неба исцеления больных и увечных.
Император Константин Великий, присутствовавший на Никейском Соборе, считал Пафнутия одним из величайших иерархов, составлявших это священное собрание, выказывал ему знаки чрезвычайного внимания. Он часто звал его к себе во дворец и целовал с почтительной любовью место его правого глаза, который он потерял за бесстрашное исповедание имени Иисуса Христа.
По окончании Собора, в делах которого он принимал ближайшее участие, он продолжал быть в единении с православными епископами. Его близкая связь со святителем Афанасием, который наследовал св. Александру на знаменитой александрийской кафедре и который являлся всю свою жизнь необходимым оплотом веры, побудила его последовать за Афанасием на Тирский Собор, куда император, возбужденный арианами, вынудил Афанасия явиться, чтобы оправдаться в ложных, возведенных на него обвинениях.
Святитель Афанасий выступил на Соборе с сорока девятью православными епископами Египта и Фиваиды, в числе которых Пафнутий был одним из знаменитейших. Войдя в зал заседания, они нашли собрание составленным почти исключительно из ариан, которые считали себя скорее судьями, чем сочленами святителя Афанасия. Пафнутий увидал среди них св. Максима Иерусалимского, православного иерарха, который во время гонения со славой исповедывал веру во Христа и, как Пафнутий, подвергся пыткам. Теперь он был обманом привлечен арианами на их сторону. Только что Пафнутий его увидел, он, раздвигая толпу, пошел прямо к нему и, отведя Максима в сторону, сказал ему: «Имев честь носить те же знаки мучения, которое Мы приняли за Христа, и потеряв вместе с тобой одно из телесных очей, чтобы обильнее наслаждаться Божественным Светом, я не могу видеть тебя сидящим в совете нечестивых обманщиков и в рядах служителей лжи».
При этом Пафнутий объяснил ему заговор ариан против святителя Афанасия и убедил Максима не подписывать его осуждения.
История не говорит нам более ничего о св. Пафнутий, но и то немногое, что она сохранила, делает честь духовному развитию, полученному им в монастыре преп. Антония, и показывает, что этот птенец великого египетского пустынножителя был в эти тревожные времена юной церкви одним из ревностнейших борцов за религиозную истину.