Русская колонизация Башкирии, как мы уже сказали, имела преимущественно земледельческий характер и несла в эту дикую страну соху и хлеб, но она сопровождалась грубыми и своекорыстными приемами политики местных русских властей в лице царских воевод. Преследуя свои корыстные цели, воеводы Московского царя отбирали у башкирского народа земли в свою собственность и собирали в свою пользу незаконные подати и грубо вмешивались во внутреннюю жизнь страны. Башкирский народ, сохранивший свою самобытность под властью татарских ханов, не мог примириться с насилиями и гнетом царских воевод.
Московское правительство в силу своей отдаленности от края и переживаемых смут в конце XVI и в начале XVII в. не могло упорядочить управление краем и обуздать дикое самоуправство воевод.
Наиболее культурный слой местного населения, главным образом муллы, выходцы из Казани, встали на стражу интересов башкир. К ним примыкали татарские князья, укрывшиеся из Казанского царства в Башкирию. Татарские муллы и князья вели среди башкирского народа пропаганду о необходимости борьбы с насильниками и организации башкирского национального государства. Леса и горы глухой Башкирии, ввиду полного отсутствия дорог, были недоступны для русских войск, в силу чего превратились в очаги национальной и религиозной пропаганды князей и мулл, которые разжигали в народе фанатическую ненависть к завоевателям.
Между тем уфимские воеводы, управлявшие Башкирией, в годы государственной смуты начала XVII столетия продолжали бесчинствовать, истощая терпение народа диким разгулом грабежей и самовольных захватов.
Недовольство башкирского народа росло с каждым годом, и правительство в конце концов решило прекратить ту вакханалию, которая разыгрывалась в крае на почве захвата башкирских земель.
В 1649 г. Правительство Соборным Уложением запретило переселение в Башкирский край из внутренней России и приобретение там земель. Однако мера эта запоздала; в Башкирии начались вооруженные восстания.
Еще в 1645 г. башкиры восстали и окружили гор. Мензелинск; однако восставшие были отражены русскими войсками, а зачинщики схвачены и казнены.
В 1662 г. восстание башкир вспыхнуло вновь. На этот раз во главе восставших стоял пламенный старшина Сеит, по имени которого и самое восстание получило название Сеитовского. Воспользовавшись настроением народа, угнетенного русскими властями и игом хищнического торгового капитала, — Сеит увлек башкирский народ идеей создания мусульманского государства в пределах Казанского царства и Сибири. К башкирам примкнули почти все инородцы края: казанские татары, черемисы, мордва, чуваши, мещеряки, калмыки и казак киргизы.
Соединившись с калмыками и казак-киргизами, башкиры подступили к г. Уфе и уничтожили в ее окрестностях все русские поселения, предавая села и жителей огню и мечу.
Восстание охватило огромный район. Повстанцы разгромили Казанский уезд и доходили до Верхотурья, Тюмени и Кунгура, повсюду уничтожая русские поселения.
Восстание старшины Сеита совпало по времени со знаменитым восстанием Степана Разина, почему правительство, занятое борьбою с последним, не могло выставить значительных сил для борьбы с башкирами.
Против старшины Сеита был послан воевода Зеленин с небольшим отрядом яицких и малороссийских казаков, но был отражен башкирами.
Воззвания уфимских воевод и разные посулы правительства башкирскому народу не имели никакого успеха. Только измена калмыцкого хана Аюки, который принял подданство Москвы, ослабила силы восставших.
Восстание было подавлено только в 1680 г и закончилось свирепыми казнями.
Часть повстанцев, спасаясь от преследования воеводы Зеленина, вторгнулась в Челябинский уезд — и произвела здесь большие опустошения Сибирских слобод.
Спустя всего три года, в 1683 г. снова вспыхнуло восстание башкир под Мензелинском, которое было усмирено яицкими казаками
После усмирения Сеитовского восстания Башкирия была настолько ослаблена, что Московское правительство нашло возможным совершенно покончить с автономным положением страны и включить ее в общую систему государственного волостного устройства. Башкирия была разделена на 4 административные единицы, получившие название дорог, — Казанскую, Осинскую, Сибирскую и Ногайскую; все эти дороги были разделены на волости, которые в свою очередь были приписаны к Казанскому, Осинскому, Кунгурскому и Мензелинскому уездам.
Вместе с тем были урезаны права провинциальных воевод, которым строго воспрещалось притеснять башкирское население и предписывалось «держать с ними привет и ласку и обнадеживать их государевой милостью».
Вводя в стране новое административное устройство, правительство в то же время принимало ряд мер для упрочения своего военного положения. По Волге, между Казанью и Астраханью, в удобных местах были построены новые военные крепости для наблюдения «за татарскими перелазами». Внутри самой Башкирии был также построен ряд новых военных крепостей, городов, острогов и зимовий, которые были заняты русскими гарнизонами.
Между городами и укрепленными пунктами были проложены сухопутные дороги и налажены речные сообщения по рекам Белой, Каме и Волге. Мало-по-малу Башкирия охватывалась со всех сторон в тесное кольцо русских военных крепостей.
В 1650 г. на р. Исете был построен Исетский острог; в 1662 г. был построен Шадринский острог; в 1670 г. Усть-Миясская слобода; в 1658 г., как мы уже знаем, была построена Челябинская крепость, впоследствии ставшая центром Исетской провинции.
Кроме, того со стороны Сибири были застроены остроги: Окуневский в 1670 г., Чумлякская слобода — в 1679 г. — Миясская крепость — в 1685 г.
Таким образом к концу XVII в. Башкирия была замкнута системой крепостей и городов со всех сторон и имела административное устройство.
Башкиры прекрасно понимали, что русские крепости представляют собой отдельные звенья сплошной цепи, которая окончательно задушит их край и еще раз пытались разорвать эту цепь.
В 1704 г. в Башкирии началось новое волнение, на почве недовольства народа тяжелыми поборами и рекрутчиной, а в 1707 г. вспыхнуло новое восстание, известное в истории под названием «Алдаро-Кусюмовского бунта», по имени двух башкирских старшин, поднявших это восстание.
Восстание это началось с того, что присланный Петром I в Уфу воевода Сергеев и его сподвижники Хохлов и бр. Аристовы возмутили башкир своими корыстолюбием и надругательством над религией.
Башкиры склонили на свою сторону татар, мещеряков, казак-киргизов и подняли восстание.
Из Уфы против восставших был послан Петр Хохлов, с отрядом в 900 человек. Из Казани к нему на помошь вышел отряд Аристова, силою в 770 человек и кроме того отряд полковника Рыдаря, состоявший из солдатских полков.
В 90 верстах от Уфы, на урочище Юрактау, башкиры окружили отряд Хохлова и продержали его в осаде в течение 10 дней. Хохлову с остатками отряда едва удалось пробиться сквозь башкир и соединиться с отрядами, вышедшими из Казани.
Между тем башкиры с казак-киргизами, в числе 10,000 человек, взяли Ново-Шешминск.
Восстание охватило огромный район. Все русские поселения по р. Каме, Белой, Самаре были уничтожены, жители перебиты или уведены в плен. Повстанцы появились вблизи г. Казани и не дошли до нее только 30 в. Восстание разгоралось все более; для борьбы с ним требовались крупные военные силы, которых Петр I, занятый войной со Швецией, выделить не мог.
Петр I командировал в Башкирию князя Хованского, поручив ему на этот раз уладить дело с башкирами мирным путем. Однако башкиры на мир не пошли и продолжали опустошать край между Камой и Волгой.
Тогда против башкир были двинуты крупные военные силы. Петр приказал собрать «вольницу» и истреблять с нею башкир.
В Башкирию прибыло около 20,000 калмыков, под начальством стольника Бахметьева, которые начали беспощадно истреблять башкир мужчин, уводя в неволю женщин и детей, и жечь башкирские села.
Восстание было подавлено с невероятной жестокостью, и истекающий кровью народ был вынужден сдаться на милость победителя.
Башкирам было объявлено «прощение», но правительство потребовало выдачи виновников восстания и всех беглецов, проживающих в Башкирии.
Башкиры выполнили это требование Правительства и к 1722 г. доставили в Казань около 20.000 беглецов, скрывавшихся в Башкирии.
Покончив с башкирами, Петр I приказал повесить в Казани и виновника этого восстания воеводу Сергеева.
Постоянные кровавые восстания в Башкирии вынудили правительство обратить особое внимание на устройство этого края тем более потому, что в начале XVIII столетия на Урале стала развиваться крупно-заводская промышленность, имевшая для государства огромное значение, и для дальнейшего ее развития требовалось успокоение края.