К моменту распада Золотой Орды и образования вместо нее слабых Казанского и Астраханского ханств — на северо-западе России, из мелких феодальных владений и вольных городов образовалось сильное Московское государство. В половине XVI в. Московское государство обладало сильным войском, состоявшим из многочисленного служилого класса, мелких дворян и крестьянства. Московский служилый класс неуклонно шел к власти на смену старой феодальной аристократии — боярства и за свою службу государству требовал земли. Но свободные земли лежали на юго-восточной и южной окраинах государства которые все еще были во власти татарских ханств, из которых ближайшим было Казанское царство.
Казанское царство объединяло под своей властью в одно целое сложный инородческий мир: татар, башкир, мордву, черемис, чувашей и т.д., населявших Заволжье и Закамье. Владея гор. Казанью, татары преграждали водный путь по р. Волге, по которому московский торговый капитал стремился проложить себе путь к богатым восточным рынкам. Стремление овладеть этим торговым путем и приобрести новые земли побудили Московское правительство в 50-х годах XVI в. начать поход против Казани, которая в 1552 году пала под ударом московских войск, а в 1556 году той же участи подверглась и Астрахань, запиравшая выход из Волги в Каспийское море.
После завоевания Казани русские воеводы, усмиряя инородцев, распространили свои завоевания и на Башкирию. Башкирский народ, как нам уже известно, платил дань казанским, ногайским и сибирским ханам. Московские воеводы разослали башкирским старшинам свои грамоты, склоняя их покориться московскому царю, взамен чего обещали оставить им в неприкосновенности их старые привилегии и брали их под свою защиту.
В 1556 г. башкиры приняли подданство России. Они обязались платить Москве ясак звериными шкурами, медом и деньгами по 25 к. с юрты; в свою очередь московский царь обещал им свою защиту.
В 1557 г. Иван IV дал башкирам грамоту, в которой жаловал им на вечное владение все земли Башкирии. Башкиры, добровольно вступившие на русскую службу, получали особые тарханные грамоты, освобождающие их от уплаты ясака. Эти тарханные грамоты положили начало дворянскому классу Башкирии.
Для удобства управления Башкирией и для собирания ясака правительство решило укрепиться в центре страны.
В 1574 г. в Башкирию прибыл с войском воевода Нагой и заложил город Уфу на правом берегу р. Белой, вблизи впадения в нее р. Уфы.
Во время постройки города подступили с войском Сибирские царевичи — Тевкей и Аблай, чтобы помешать русским укрепиться в сердце Башкирии. В сражении, разыгравшемся в 15 вер. от Уфы, войско татар воеводой Нагим было разбито, и оба предводителя попались в плен и были отвезены в Москву.
После постройки гор. Уфы русские построили в Башкирии ряд других городов: город Самару в 1586 году, Острожек и Мензелинск в 1584 г., Челябинск в 1658 и другие.
Возникновение русских городов и крепостей в Башкирии дало толчок к развитию в крае правительственной и вольной колонизации.
Русская колонизация в крае имела земледельческий характер и первые русские колонии стали распространяться в Башкирии по восточному склону Уральских гор, богатому глубоким черноземом и дремучими лесами, которые имели притягательную силу для колонистов.
Собственно тяга русских людей в Приуралье началась еще в XI—ХII веке, когда новгородская вольница проникала в бассейн Камы и оттуда далее в «Заволоцкую чудь», до Уральского хребта. В погоне за азиатскими товарами, главным образом за шкурами зверей, новгородцы перешли «увалы» (Уральские горы) и вступили в меновую торговлю с местными народами.
Наряду с движением на восток «новгородских гостей» возникло и другое движение — это бродяжничество новгородской вольницы, «утекавшей» в далекий край в поисках счастья от домашних обид и неурядиц. Новгородские ушкуйники положили начало тому вольному колонизационному потоку, который предшествовал организованной правительством колонизации края, и который не прекращается и до сих пор в виде переселенческой волны.
Все, кто был недоволен сначала татарскими насилиями, потом московским правежом, тяжелыми налогами, неправдой крепостных порядков, рекрутчиной, гонением за «старую веру», — все это широким потоком шло на восток и юго-восток России, в Оренбургские степи и Сибирь.
Вольная колонизация совершалась без ведома государственной власти и даже вопреки ее желаниям. Власть шла уже по следам завоевателей — ушкуйников, казаков и мирных колонистов — монахов и раскольников и прибирала к рукам новые места, даже не всегда понимая значение новых завоеваний[3].
После завоевания Казани колонизация Оренбургского края развивалась по двум направлениям: со стороны северо-востока из Пермской губ. и с юга, с низовьев р. Урала.
С северо-восточного направления колонизация края шла главным образом окско-волжскими инородцами — татарами, мещеряками, тептярями, были вытеснены из своих мест русскими колонистами. Эти народы поселившиеся в Башкирии, стали известны под общим названием ново-башкир. Немало среди этих новых посельщиков в крае было и выходцев из Азии — бухарцев, хивинцев, кара-калпаков, персов, туркмен. Поселившись среди башкир, ново-башкиры арендовали у коренного населения их землю и платили им оброк. Русское правительство, утвердившее за башкирами их земельные привилегии, вначале было склонно рассматривать это пришлое население чуть-ли не крепостными крестьянами вотчинников башкир.
Из Казанской и Симбирской губ., по мере их заселения, сюда двигались русские поселенцы, основавшие город Осу.
После завоевания Казанского царства правительство создало и укрепило новую пограничную Камскую линию, куда были переселены смоленские шляхтичи и пленные поляки, из которых здесь были сформированы драгунские и ландмилицкие полки для охраны этой линии. Еще позднее в Башкирию стали переселяться государственные крестьяне, которым правительство отводило в надел свободные земли, известные под названием «диких полей».
С постройкой военных крепостей в крае образовалось русское служилое население — воеводы, чиновники, солдаты, которые за свою службу стали получать в надел башкирские земли. По мере укрепления русского владычества в крае, в него устремился и русский торговый капитал. Русские помещики начали приобретать покупкой башкирские земли и переселять на них своих крепостных крестьян из внутренних губерний. Тобольские митрополиты и архиереи основали Митрополичью и Воскресенскую слободы в Челябинском уезде на башкирских землях; за помещиками и церквами мало-помалу были закреплены вотчинные башкирские земли, что вызвало огромное недовольство в народе.
После Стрелецкого бунта в 1698 г. в Уфу были переселены московские стрельцы с их семьями, где также получили в надел башкирские земли.
Весь этот военный и пришлый люд оседал на местах, захватывал лучшие башкирские земли, не особенно церемонясь с хозяином этих земель — башкирским народом, чем вызвал среди башкир вражду против русских переселенцев. Что касается колонизаторской волны, которая надвигалась в крае с нижнего течения р. Урала, то она имела менее мирный характер. Движение в низовье р. Яика «безвестных» русских людей началось с конца XV в. В царствование Ивана IV здесь были хорошо известны «воровские люди», которые пришли сюда с Волги и Дона. В 1577 г. из Московского государства на Волгу был послан с войском стольник Мурашкин, который очистил эту реку от шаек казаков, грабивших купеческие караваны, идущие по р. Волге. Часть этих казаков спустилась вниз по р. Волге и берегом Каспийского моря добралась до устья р. Яика и стала подниматься вверх по этой реке.
Край изобиловал богатствами природы и был необитаем. Казаки основали здесь свой городок, откуда и продолжали делать свои набеги на Волгу и Каспийское море, грабя персидских и русских купцов. По мере притока к ним новых «воровских шаек», казаки усилились и стали распространяться вверх по р. Яику. Здесь они столкнулись с ногайскими татарами, калмыками и башкирами и вступили с ними в борьбу. Они одолели ногайских татар и овладели их столицей Сарайчиком и таким образом закрепили за собой нижнее течение Яика. Продолжая продвижение вверх по реке, казаки достигли урочища Орешного и построили здесь «Казачий Яицкий городок», ныне город Уральск.
В виду того, что борьба с татарами, калмыками, башкирами и казак-киргизами, с которыми соприкасались яицкие казаки, становилась с каждым годом все труднее, они были вынуждены обратиться за помощью к Московскому царю и предложить зачислить их на государственную службу. Царь Алексей Михайлович с большой охотой принял на службу яицких казаков и пожаловал им р. Яик «в вечное владение», от вершины до устья.
Это еще более укрепило положение казаков на берегах р. Яика и оживило движение в край разной вольницы, за счет которой стало расти и крепнуть Яицкое казачье войско.