В 1786 г. все туземное население Оренбургского края — башкиры, тептяри, мещеряки и калмыки — были освобождены от ясачного сбора и обращены в военное сословие. Правительство прекрасно оценило военные качества инородцев Оренбургского края и решило их использовать на военной службе на одинаковых условиях с казачьими войсками. В 1798 г. из башкир и мещеряков было сформировано Башкиро-Мещерякское иррегулярное войско. Башкиры были обязаны поголовной военной службой, на которую должны были являться за собственный счет с полным обмундированием, снаряжением и конем. Во время состояния на службе они должны были содержаться на собственный счет и только в том случае, когда их командировали на расстояние более 100 в. от места постоянного жительства, — они принимались на содержание за счет казны. Главное управление башкирами по прежнему оставалось в руках Оренбургского генерал-губернатора. Управление военное — в руках командующего Башкиро-Мещерякским войском, на должность которого назначался русский генерал.
В административном отношении Башкирия была разделена сначала на 12, а потом на 28 округов или кантонов; каждый кантон в свою очередь делился на юрты, числом до 400 юрт в кантоне.
Кантоны были сведены в 9 попечительств. Ближайшее управление народом поручалось попечителям, кантонным начальникам и юртовым старшинам. Попечителями и начальниками кантонов назначались русские офицеры и чиновники. Главною обязанностью их считалось следить за тем, чтоб башкиры исправно выходили на военную службу. Юртовыми старшинами назначались башкирские старшины иногда имеющие офицерские чины и известные своей преданностью России.
В Башкирии был установлен строгий военный режим; русские начальники из офицеров и чиновников опекали и воспитывали башкирский народ в целях наибольшей эксплуатации его в качестве военного элемента.
Эпоха военного режима просуществовала в Башкирии около 65 лет и оставила глубокие черты в хозяйственном быте и в психике народа, совершенно подавив в нем всякую самодеятельность и чувство национального сознания.
Кроме попечителей и начальников кантонов Башкирия была наводнена сонмом русской администрации и полицейских чиновников — помощниками попечителей и кантонных начальников, исправниками, становыми и следственными приставами, стряпчими и другим приказным людом. Вся эта многочисленная администрация военная, гражданская и полицейская правила безответным и забитым народом по своему произволу.
Военная служба башкирского войска заключалась в содержании кордонов на Оренбургской линии, на условиях, одинаковых со службой уральских и оренбургских казаков, и во «внешней» службе по вызову правительства. На службу башкиры зачислялись по достижении 17-ти летнего возраста и числились в строевом разряде до 45 лет, после чего переводились на внутреннюю службу, которая продолжалась пожизненно, до потери физической способности к службе.
Башкиры, как уже сказано, снаряжались на службу за собственный счет и получали жалование 1 руб. ассигнациями в месяц. Кроме того, они были обязаны, в случае надобности, формировать особые пятисотенные полки, которые участвовали во внешних походах. В 1812 г. башкиры сформировали 30 таких полков, которые принимали участие в отечественной войне и во взятии Парижа в 1814 году.
Башкиры носили национальную форму одежды, состоящую из кафтана синего или белого сукна, таких же шаровар с красным кантом и белой остроконечной войлочной шапки.
Из тептярей были сформированы два полка, которые были подчинены военному губернатору и губернской канцелярии. Кроме того в 1796 г. Оренбургскому военному губернатору было подчинено Калмыцкое войско, сформированное из ставропольских калмыков. Войско состояло из 11 рот, сведенных в один кантон. В 1803 г. калмыцкие роты были сведены в один Тысячный полк, по штату Оренбургского казачьего войска. Калмыки на ряду с башкирами употреблялись на службу для охраны Оренбургской линии.