Оренбургское казачье войско со времени своего основания во всех отношениях было подчинено Оренбургскому губернатору; в военном отношении оно подчинялось Оренбургскому нерегулярному корпусу и тем местным командирам, в распоряжении которых по месту жительства находились казаки. Во главе административного управления войска стоял Войсковой атаман и Войсковая Изба, но в виду разбросанности казачьих станиц по всей территории Оренбургского края и неимения у казаков своей войсковой территории, административный орган войска имел весьма незначительное влияние на управление станицами. Главными начальниками казаков были городские и крепостные коменданты, которым они непосредственно подчинялись, как военное сословие. Для внутреннего управления казаки по традиции сохранили свою выборную станичную администрацию в лице атаманов.
В 1797 г. на Оренбургское казачество была распространена система кантонного управления, принятая для Башкирии. Население войска по переписи 1797 г. насчитывало 20519 мужчин и было расположено в 39 станицах. Эти станицы были сведены в пять кантонов: Исетский — 6 станиц, Чебаркульский — 5 станиц, Уфимский — 3 станицы, Оренбургский — 14 станиц и Сакмарский — 10 станиц. Кантонная система управления в Оренбургском войске преследовала те же цели, что и в Башкирии, т. е. исправное снаряжение казаков на военную службу за собственный счет, а следовательно, и опекала казачье население во всех отношениях.
В 1802 г. на Оренбургскую линию были переселены ставропольские казаки, избравшие местожительством ст. Нижне-Озерную. В 1803 г. последовала новая реформа Войскового Управления. Во главе войска по прежнему оставалась Войсковая Канцелярия, но уже в более увеличенном штате: ее составляли — войсковой атаман, 2 непременных члена, 2 ассессора, 2 секретаря и прокурор. Оренбургский нерегулярный корпус был переформирован в Оренбургский Тысячный полк в составе: 32 офицеров и чиновников и 1043 нижних чинов. Полк должен был находиться в постоянной боевой готовности на случай выступления в киргизскую степь для преследования «хищников», нападающих на границы.
В 1821 г. Оренбургский Тысячный полк был переименован в Оренбургский Казачий Непременный полк.
Реформа 1803 г. коснулась главным образом реорганизации высшего управления войска. Главные основания казачьей службы остались без изменения. Казаки, как и раньше, были обязаны поголовной и пожизненной военной службой на собственный счет, от которой могли избавиться лишь по дряхлости, увечьям и полной физической неспособности к службе. За эту военную службу казаки пользовались земельными угодьями, освобождались от рекрутских наборов и от подушной подати, но зато помимо военной службы они несли еще массу других общественных и казенных повинностей в крепостях и станицах: сопровождали транспорты и проезжающих по линии лиц, укрепляли крепости, проводили дороги, несли караульную службу и т. д.
В 1820 г. распоряжением правительства все отставные солдаты, находившиеся в Оренбургской губ., а также солдатские и пушкарские дети были зачислены в казаки, что увеличило население войска на 13 тыс. человек.
Главная реформа Оренбургского казачьего войска последовала в 1840 г., когда войско получило собственную территорию, в состав которой вошли Челябинский, Троицкий, Верхне-Уральский и Орский уезды, за исключением городов.
Северная конечность границы вновь образованной территории Оренбургского войска проходила в Челябинском уезде у деревни Саликовой, на границе Пермской губ.; восточная в 2-х верстах от отряда Алабужского, Тобольской губ.; южная — по р. Илеку, а западная — по р. Уралу, соприкасаясь с границей Уральского войска около ст. Рассыпной. В длину войсковая территория имела протяжение на 1029 в. и заключала в себе площадь земли 7.885.778 десятин.
Все государственные крестьяне, живущие на землях, отошедших в состав войсковой территории, были зачислены в войсковое сословие. Тем же из них, которые не пожелали стать казаками предложено было переселиться в Бузулукский уезд на государственные земли.
Крестьянство отнеслось к своему перечислению в военное сословие отрицательно. В Троицком уезде начались крестьянские волнения, и большинство крестьян Верхне и Нижне-Увельских волостей, оставив свои дома, переселились в Бузулукский уезд. То же самое наблюдалось и в Кундравинской волости.
Ввиду повсеместных волнений и бегства крестьян с войсковой территории в Бузулукский уезд, что было сопряжено с разорением самого зажиточного населения в крае, в крестьянские волости были двинуты казачьи отряды с артиллерией, усиленные нарядами полиции, которые должны были «убедить» крестьян в превосходстве военного сословия над мирным крестьянским населением. Демонстрация имела успех, и часть крестьян покорились своей участи, т. е. остались на местах, перечислившись в казаки.
Неблагополучно происходило «оказачение» крестьян и в Оренбургском уезде. Крестьяне Оренбургских волостей встретили указ правительства открытым бунтом. По волостям были посланы военные отряды. Сам Наказный атаман Оренбургского казачьего войска граф Цукато с отрядом казаков при артиллерии должен был выехать в Никольскую волость, где окрестные крестьяне, вооружившись чем попало, собрались в толпу и заявили, что они не желают перейти в казачье сословие. Граф Цукато двинул против толпы 3 сотни казаков, приказав им действовать «тупыми концами пик». Толпа крестьян до 1 тыс. человек, заняла кладбище и продолжала сопротивляться; только угроза графа открыть по ним огонь картечью вынудила крестьян сдаться на милость победителя, и они были приведены к присяге, как казаки.
Войсковое население с перечисленными в его состав крестьянами в 1840 г. возросло до 62.620 душ мужского пола.
Согласно положения об управлении войском от 12-XII—1840 г. войско, оставаясь под главным управлением начальника Оренбургского края, было изъято из ведения невойсковых властей и получило свое военно-административное устройство. Территория войска была разделена на 2 военных округа и на 10 полковых округов; к каждому полковому округу было приписано 2500 казаков. Полковыми округами командовали полковые командиры, которым войсковое население подчинялось как в военном, так и в гражданском отношениях.
Общее управление войска по прежнему было сосредоточено в лице войскового атамана, который был переименован в наказные атаманы Оренбургского казачьего войска. Военным управлением, т. е. учетом строевых частей и их службой, заведывало Войсковое Дежурство. Для гражданского управления в войске было учреждено Войсковое Правление, которое приняло на себя все функции гражданской власти, осуществляя ее через полковые округа и местные станичные правления. Местное управление было сосредоточено в полковых и станичных правлениях. В каждом из этих правлений имелись соответствующие отделы и столы, которые ведали хозяйственными, полицейскими, судебными и военными делами полковых округов и станиц.
Не вдаваясь в детальное описание нового административного аппарата войска, можно подчеркнуть, что он имел вполне определенный военный характер, и все гражданские и хозяйственные интересы войскового населения были подчинены требованиям военной службы. Вся система казачьего управления была построена в духе царствования Николая I, насадившего в России казарменно-бюрократический режим.
По штату 1840 г. Оренбургское войско, весь строевой состав войска определялся в 9694 человека, которые числились на постоянной военной службе, что от 62 тыс. населения войска составляло свыше 16%. Таким образом войско по прежнему оставалось военным лагерем.
Кроме военной повинности население войска несло все натуральные земские повинности, сопряженные с оседлостью, наравне с гражданским населением губернии.
Через 14 лет после этой реформы, т. е. в 1854 г. население войска возросло до 91780 муж. душ, почему правительство нашло возможным увеличить число строевых частей.
По проекту генерал-губернатора Перовского в этом году в войске было сформировано еще 6 пеш. батальонов, которые были предназначены для занятия гарнизонов во вновь построенных укреплениях в киргизской степи.
С наделом войска собственной территорией казачество получило материальную базу для своей военной службы. Каждый казак, достигший строевого возраста, стал получать 30 десятин земли в душевой надел. В распоряжении войскового правления и в распоряжении станичных обществ оставались свободные запасы земли, которые приносили значительные доходы, но главные доходы войско получало от эксплуатации своих лесов. Кроме того, правительство, начиная с 1837 г., стало выплачивать в доход войска ежегодно по 150 тыс. рублей за добычу на территории войска металлов и минералов. Эти деньги послужили фондом для образования войсковых капиталов.
Для обеспечения войскового населения на случай неурожая хлебов и трав в станицах были учреждены общественные хлебные и сенные запасы и общественная запашка хлеба.
Заботясь об улучшении породы лошадей, администрация войска заводила конские заводы и конно-плодовые табуны. Тогда же положено начало распространению грамоты среди казачьего населения.
За свою военную службу войско было освобождено от воинских постоев, от подушного оклада и рекрутского набора; оно получило право свободной торговли и промышленности в пределах своей территории и право устраивать на войсковых землях фабрики и заводы и продавать изделия их повсеместно на линии, за исключением городов. Для развития торговли внутри войска далее учрежден был класс «торговых казаков».
Положение 1840 г. просуществовало до 1865 г. За этот период войсковое население находилось под ближайшей опекой строевого начальства, которое распространило военную дисциплину на весь уклад как гражданской, так и хозяйственной жизни войскового сословия. Режим казачьих станиц в эту эпоху напоминает режим аракчеевских военных поселений, где розга и шпицрутены внедряли «военный дух». Тем не менее под влиянием этого военного режима Оренбургское войско, составленное из разноплеменных и разносословных элементов Оренбургского края, получило стройную и законченную военную и хозяйственную организацию, вполне приспособленную для той исторической роли, для которой служило линейное казачество, охраняя границы империи от весьма воинственных кочевников, населяющих в то время киргизскую степь.