События в Малой Казакской орде в последней четверти XVIII в. сильно подорвали ханскую власть как в глазах казакского народа, так и в глазах русского правительства. После смерти Нурали-хана ханская власть перешла к поколению его брата султана Айчувака, который, будучи назначен ханом Казакской орды в 1805 г., отказался от ханской должности в пользу своего сына султана Джан-тюри. Между новым ханом Джантюри и султаном Каратаем, сыном Нурали-хана, началась ожесточенная борьба за власть в орде. Султан Каратай, опираясь на казакские народные массы, начал борьбу не только со своим соперником Джантюри-ханом, но и с русским правительством, которое поддерживало хана Джантюри. Набрав многочисленное ополчение среди казаков, султан Каратай начал производить набеги на Оренбургскую линию и прервал торговые сношения Оренбурга с киргизской степью и с средне-азиатскими странами, останавливая и грабя в степи торговые караваны. В 1809 г. хан Джантюри пал жертвой мстительного султана Каратая. Вместо Джантюри в 1812 г. ханом был назначен его брат Ширгази; борьба султана Каратая с новым ханом продолжалась. Каратай объявил себя ханом Малой орды и силою оружия распространял свою власть на все казакские роды, добиваясь признания и со стороны русского правительства.
В виду набегов султана Каратая на границы, Оренбургский военный губернатор стал опасаться за целость Илецких соляных копей, которые подвергались нападению со стороны казаков. Чтоб обеспечить Илецкую Защиту от нападения казаков, военный губернатор князь Волконский в 1811 году разработал проект о постройке новой линии крепостей по р.р. Илеку и Бердянке и об изъятии из пользования Казакской орды территории степи, расположенной в виде треугольника между р.р. Уралом, Илеком, Куралой и Бердянкой Все это пространство заключало в себе около 600 тыс. десятин земли и получило название Ново-Илецкого района.
В этом районе еще ранее были основаны ямские слободы по тракту, устроенному для подвозки соли от Илецкой Защиты на Самару, которые были населены крестьянами внутренних губерний и малороссийскими черкасами. Вновь присоединенный район предполагалось заселить добровольцами из оренбургских и уральских казаков. В виду того, что добровольцев не нашлось, по распоряжению правительства в 1820—26 г.г. в Ново-Илецкий район были переселены казаки упраздненной Красно-Уфимской станицы, которые основали здесь новые станицы: Изобильную, Буранную, Угольную, Ново-Илецкую, Линевскую и Ветлянскую. Согласно положению 1840 года Ново-Илецкий район вошел в территорию Оренбургского казачьего войска.
Заселение Ново-Илецкого района вызвало протест Табынского и Таминского казакских родов, которые занимали этот район своим кочевьями; протест этот, впрочем, нисколько не изменил создавшегося положения, и казаки вынуждены были удалиться в «глубину степей».
Между тем, восстание султана Каратая продолжалось до 1817 г. В течение этого времени торговые сношения с киргизской степью были нарушены, что крайне невыгодно отозвалось на состоянии орды. Среди сыр-дарьинских казаков, во главе с влиятельным султаном Арунгазы, возникло движение, поставившее целью восстановление мира с Россией. Объединив вокруг себя большое число казаков Арунгазы восстановил спокойствие в степи и принял на себя охрану торговых караванов, идущих из Оренбурга в Бухару. Султан Каратай, лишившись многих своих сторонников, вынужден был примкнуть к этому движению. В 1817 г. на Оренбургском меновом дворе состоялось свидание хана Ширгази, султанов Арунгази и Каратая, которые в присутствии представителя Оренбургского губернатора заключили между собой договор, отказавшись от междоусобной борьбы за власть. Султан Арунгази был назначен председателем ханского союза и стал играть первенствующую роль в Казакской орде. По проискам хана Ширгази, Арунгази был вызван в Петербург в 1820 г., откуда был сослан в Калугу, где и умер в 1833 г.
Борьба за власть в Казакской орде, сопровождаемая длительными междоусобицами, в конце концов настолько обострила родовые взаимоотношения, что правительство решило окончательно упразднить ханскую власть, заменив ее коллегией из представителей Казакской орды и русских чиновников. В 1824 г. ханская власть была упразднена. Все дела по управлению ордой были сосредоточены в Оренбургской Пограничной Комиссии. Хан Ширгази был назначен первоприсутствующим в этой Комиссии, но остался недовольным своей новою ролью, почему удалился в орду и предпринял несколько попыток к восстановлению ханской власти, но не имел успеха. Для внутреннего, управления Казакская орда была разделена на три части: Западную, Среднюю и Восточную, во главе которых были поставлены султаны-правители, опирающиеся на 200-ые отряды русских казаков.
Упразднение ханской власти и учреждение должностей султанов-правителей были важным шагом для укрепления русской власти в орде, тем более, что султаны-правители, являясь русскими чиновниками и исполняя волю правительства, совершенно не зависели от казакского народа и имели в своем распоряжении довольно внушительную военную силу для борьбы с будирующими степь элементами. Тем не менее до полного подчинения орды было еще далеко, и набеги казаков на русские границы и нападения на торговые караваны не прекращались, хотя происходили значительно реже.
В 1830 г. правительство сделало второй шаг для закрепления русской власти в орде. По распоряжению Оренбургского губернатора, вся казакская степь, прилегающая к линии русских крепостей от г. Гурьева до ст. Звериноголовской, была в административном отношении разделена на 22 дистанции. В каждой дистанции был назначен начальником почетный старшина.
Дистаточные начальники подчинялись султанам-правителям и являлись исполнителями всех мероприятий, проводимых русской властью в орде. Они должны были следить за всеми неблагонадежными элементами орды и своевременно предупреждать пограничное начальство о подготовляемых набегах на линию.
В 1833 г. Оренбургским военным губернатором был назначен генерал Перовский, который круто изменил политику в отношении орды. Вместо постепенного внедрения русского влияния и русской власти в орде, новый губернатор стал на путь территориальных захватов киргизской степи, закрепляя их постройкой новых военных укреплений.
Генерал Перовский являлся одним из наиболее ярких сторонников завоевательной политики на Востоке, что и не замедлило сказаться на его первых шагах по управлению Оренбургским краем.
Ознакомившись с направлением Оренбургской пограничной линии, генерал Перовский нашел, что между Орском и Троицком пограничная линия представляет невыгоды, как в политическом, так и в военном отношении. Проходя по рубежам р.р. Урала и Уя, этот участок границы лежал на стыке Казакской орды и Башкирии, которые здесь вплотную подходили друг к другу. Население казачьих линейных станиц и крепостей, тянущихся тонкой линией, по своей малочисленности не в состоянии было сдерживать взаимных набегов казаков и башкир, а в случае их совместного выступления против России — изолировать один народ от другого. В военном отношении невыгодность этого участка заключалась в том, что, проходя по вогнутой линии, он удлинял границу на 100 верст. Генерал Перовский решил вынести пограничную линию на 100 верст в киргизскую степь, чем достигалось, во-первых, сокращение пограничной линии, во-вторых, — присоединялся к губернии новый район киргизской степи между р.р. Уралом, Уем, Тугузаком, Аятом и Сундуком, площадью в 39,975 кв. верст.
В своем докладе правительству Перовский доказывал, что занятие нового района киргизской степи не является каким-нибудь «завоеванием или приобретением», а это просто «хозяйственное распоряжение», согласно которому «часть населения переводится на более удобные и свободные земли», т. к. все пространство киргизских степей является «достоянием Российской империи».
Намеченный район заключал в себе богатейшие и плодороднейшие земли, изобилующие лесом и месторождением золота. Кочующих здесь казаков Перовский предполагал «выселить в дальние степи».
По мнению Перовского, казаки, как колониальный народ, не должны были заниматься земледелием, а оставаться скотоводами и снабжать русскую промышленность сырьем, получая взамен хлеб и фабрикаты промышленности.
«Пахотная земля для них бесполезна, писал Перовский в своем докладе правительству, — реки текут без цели и ожидают плотин, мельниц и других заведений промышленности; лес киргизы употребляют зимой для согревания кибиток, а летом наносят ему вред пожарами».
Заселение нового района земледельческим элементом, по мнению Перовского, должно было принести огромную пользу, т. к. даже засев только 1/10 площади района уже мог обеспечить хлебом не только пограничную линию, но и кочевое население степи. Кроме того, в новом районе были открыты месторождения золота, для разработки которого образовалась частная компания капиталистов.
Проект Перовского был утвержден правительством, и уже весной 1835 г. было приступлено к перенесению границы на новую линию.
В течение 1835—1838 г.г. новая линия на участке Орск—Троицк была укреплена. Здесь было возведено 5 укреплений: Императорское, Наследницкое, Константиновское, Николаевское и Михайловское, в промежутках которых построены 9 редутов и 12 пикетов. Для занятия этих укреплений был сформирован отряд в 1800 человек, в числе которых было 228 оренбургских, 300 уральских казаков и около 1300 башкир и мещеряков. Все земельные работы были произведены мобилизованными для этой цели башкирами.
Новый район предположено было заселить преимущественно казаками, чтобы «поселяне были вместе с теми защитниками линии». С этой целью были упразднены все станицы так называемых внутренних кантонов — Борская, Тоцкая, Ольшанская, Красноярская, а казаки переселены на новую линию. Всего из этих станиц было переведено на линию 2877 муж. душ, чего было далеко недостаточно. В 1837 г. было упразднено Ставропольское калмыцкое войско, жители которого в числе 3336 человек были также переселены на новую линию и кроме того сюда же были переселены белопахотные солдаты Бузулукского, Бугульминского и Мензелинского уездов, в числе 7400 человек, линейные батальоны со старой линии и ногайбаки из Бугульминского района, а также часть крестьян, обращенных в казаки.
В 1840 г. новый район вошел в состав территории Оренбургского казачьего войска со всем населением.
Первоначальная застройка и заселение нового района не вызвали противодействия со стороны кочующих здесь мирных казаков потому, что они свободно продолжали кочевать между старой и новой линией. С течением времени, когда русское население возросло, казаки стали терпеть всевозможные притеснения
Но постройка военной линии в киргизской степи произвела огромное впечатление в дальней орде; в 1838 г. на этой почве уже вспыхнуло знаменитое восстание Кенисары Касимова, который, отделившись от России, объявил себя «ханом непобедимой орды» и решил срыть укрепления новой линии. Собрав вокруг себя многочисленное конное ополчение казаков, Кенисара в течение ряда лет, с 1838 по 1840 г., продолжал громить новую линию и своих соплеменников, приверженцев России.
Борьба с Кенисарой потребовала от Оренбургского и Сибирского губернаторов значительных сил и средств. Только в 1845 г., когда по распоряжению Оренбургского губернатора по р. р. Тургаю и Иргизу были построены укрепления Тургай и Иргиз, Кенисара был вынужден откочевать на восток степи и в 1847 г. погиб в войне с киргизами.
Как восстание Кенисары, так и все предыдущие восстания казакского народа против колонизации степи протекали при поддержке Хивинского ханства. Хива рассматривала казакский народ, как авангард мусульманских стран Средней Азии и вооружала его против России, имея целью задержать русское колонизационное движение на восток. Владея низовьями Сыр-Дарьи, Хива господствовала над всеми караванными путями, идущими из Оренбургского края в Среднюю Азию и таким образом держала в своих руках нити среднеазиатской торговой политики.
Генерал Перовский понимал, что для окончательного установления в орде русской власти и для захвата караванных путей необходимо завоевание Хивинского ханства, почему и предпринял в 1839 г. поход на Хиву.
Сформировав отряд из 3 ½ баталионов пехоты, дивизиона оренбургских казаков, 2-х сотен уральцев и 2-х сотен башкир, при 14 орудиях, имея продовольственный транспорт из 12000 вьючных верблюдов, в ноябре 1839 г. выступил из Оренбурга в киргизскую степь. Он был намерен в течение зимы дойти до Усть-Урта, чтоб с наступлением весны напасть на Хиву.
Пробивая себе путь в глубоких снегах степи при сильных морозах, отряд Перовского еле-еле дошел до р. Эмбы, откуда весной 1840 г. был вынужден вернуться в Оренбург, потеряв 11 офицеров, до 1000 солдат и до 1000 казаков-проводников от холодов и болезней и весь свой вьючный транспорт.
Неудача Перовского удержала на некоторое время развитие колонизаторской политики в киргизской степи, и сам инициатор этой политики был уволен в отставку. Но уже в 1847 г. в устьях р. Сыр-Дарьи, на берегу Аральского моря было построено русское укрепление Раим. С этого момента Россия, утвердившись в низовьях Сыр-Дарьи, начала наступательное движение вдоль этой реки. В укрепление Раим были доставлены сухопутным путем 2 парохода, которые и были спущены в Аральское море.
Продвигаясь вверх по Сыр-Дарье, Россия соприкоснулась с владениями Хивинского и Коканского ханств, что и привело ее к военному столкновению с этими государствами.