В 1867 году Зюсс был назначен ординарным профессором и затем избран в действительные члены Академии наук.
Вступая в состав этого высокого учреждения, Зюсс сознавал, что оно, несмотря на свою деятельность и заслуги некоторых его членов, не имеет того значения и не пользуется тем влиянием, на которое имеет право. Он с удовольствием узнал, что еще в 1848 году геолог Гайдингер, а в 1865 году Гауэр были инициаторами реформ отдельных статей устава. Теперь несколько академиков обратилось к Зюссу, закрепившему за собой репутацию энергичного человека, с просьбой составить доклад о положении Академии и закончить его предложением назначить комиссию для выработки желательных изменений в ее организации. В составе профессоров историко-филологического отделения большим сторонником и умелым защитником реформ был фон Арнет.
Доклад Зюсса был готов в январе 1868 года. Предложение напечатать его вызвало оживленные споры, но все же было принято. Комиссия была избрана в составе десяти академиков, в числе которых были фон Арнет, Гауэр, Литтров и Зюсс. Выработанный комиссией проект, после горячей дискуссии, был 28 мая отвергнут 27 голосами против 15. Но все эти споры так взбудоражили застойную жизнь Академии, что через год, при перевыборах президента, Академия, вопреки всем традициям, провалила на выборах прежнего президента Караяна и избрала Рокитанского, а вице-президентом — фон Арнета.
Общественное мнение почти не принимало участия в этих событиях — так велика была оторванность Академии. Государственная власть не была заинтересована в процветании наук и отпускала мизерные средства на содержание Академии. Ее финансовое положение изменилось лишь в 1897 году, когда умер член думы Трейтль, один из защитников постройки водопровода, завещавший Академии все свое состояние, значительно превышавшее миллион гульденов. Побуждение к этому щедрому дару было следующее. Трейтль в старости имел привычку ежедневно проверять свои хронометры по полуденному сигналу астрономической обсерватории. Однажды хронометры показали в момент сигнала не полдень, a 10 1/2 секунд первого часа. То же повторилось и в следующие дни. Оказалось, что эта разница обусловлена тем, что подачу сигнала перенесли из старой обсерватории, находившейся в центре города, в новую, расположенную в предместье, на несколько километров западнее. То обстоятельство, что такое незначительное перемещение оказало влияние на определение времени, произвело большое впечатление на Трейтля и показало ему, как велико значение естественных наук. Этот случай очень характерен для того времени и господствовавших тогда порядков. Жизнь и развитие такого важного ученого учреждения, как Академия, очень часто и в современном буржуазном обществе зависит от прихоти одного лица.
Осенью 1868 года Зюссу опять пришлось поехать в Италию. Итальянское общество естествоиспытателей устроило свой с'езд в Виценце. Председатель с'езда Селла пригласил Зюсса сделать доклад о строении вицентийских Альп. Город устроил Зюссу торжественную встречу и с оркестром проводил его на богатую квартиру. Зюсс едва успел помыться и слегка закусить, как Селла приехал за ним и заявил, что программа изменена и что доклад назначен через час в театре Олимпия.
— Но это невозможно, я еще не успел подготовиться, — возразил Зюсс, — и кроме того предупреждаю, я буду говорить по-французски.
— Пустяки, — успокоил Селла, — я распоряжусь, чтобы оркестр играл туш, как только вы замнетесь.
Театр был переполнен. Оркестр сыграл национальный гимн. Председатель произнес краткую речь в память умершего исследователя Филиппи и предоставил слово Зюссу. Последний, заметив среди слушателей старика Менегуццо, который был его проводником в Альпах, вызвал его на сцену и представил слушателям со словами: «Вот мой бывший проводник, а теперь мой друг». Это вызвало аплодисменты и подняло настроение. Доклад прошел гладко, и капельмейстеру не пришлось заполнять паузы музыкой, хотя он собирался делать это каждый раз, как только Зюсс протягивал руку к стакану воды.
После с'езда Зюсс провел некоторое время в Альпах Бергамаско, проживая в хижинах пастухов. Местность эта бедная, леса скудны, а население поражено кретинизмом и зобом. Два дня ему пришлось просидеть из-за дождя в хижине старого пастуха и питаться козьим молоком и сельдереем.
Зима 1868–1869 года принесла Зюссу много дел, отвлекавших его от научной работы. По приказу императора с 1867 года в Вене начали срывать валы, засыпать рвы и застраивать гласисы прежних укреплений. Вопрос об утилизации освобождавшейся площади вызвал большие споры между военной властью и городом. Военные хотели окружить город цепью плац-парадов, казарменных построек и караульных помещений, чтобы удобнее было держать в повиновении пролетарскую часть города. Дума отстаивала площадь для нового здания университета, а на деньги, вырученные от продажи частным лицам освобожденных участков, рассчитывала возводить постройки для городских надобностей. Все эти споры и переговоры, длившиеся месяцами, отнимали много времени у Зюсса как у члена городской думы. Но, несмотря на это, Зюсс заинтересовался еще и горным делом. Наблюдение более глубоких слоев земной коры и соотношения горных пород, которые на земной поверхности часто замаскированы продуктами выветривания или растительностью, давало геологии новые факты. В случае какого-либо особого происшествия в рудниках Зюсс немедленно, даже если его и не приглашали, отправлялся туда только затем, чтобы получить интересные сведения.
В начале декабря 1868 года в самые глубокие горизонты обширных соляных копей Велички прорвалась вода. Пресная вода, проникнувшая в соляную копь, растворяет соль и ослабляет предохранительные столбы и целики, поддерживающие своды выработок. Обычно растворение продолжается только до тех пор, пока вода не насытится солью, и затем приостанавливается. Но при откачивании раствора его сменяет пресная вода, процесс растворения возобновляется и обрушение сводов становится неизбежным. Таким образом, задача оказалась очень сложной. Не все виденное в Величке понравилось Зюссу, и по возвращении он сделал в Геологическом комитете два доклада о подготовке горных инженеров, критикуя существующую систему образования. В марте 1869 года министр народного просвещения пригласил Зюсса на совещание по вопросу о подготовке горных работников. Оно состоялось в апреле. Защитником существующего порядка оказался директор горного института в Леобене Туннер, которому Австрия обязана развитием производства железа. Он требовал строгой дисциплины и введения экзаменов. «Порядки, вроде университетских, — говорил он, — где полгода продолжаются каникулы, могут привести к полному упадку горного образования». Зюсс возразил, что для того, кто хочет учиться, и в университете нет каникул, а для того, кто не хочет, — каникулы всегда. Таким образом происходит естественный отбор, который достигает цели лучше всяких школьных экзаменов.
На следующий день министр предложил Зюссу место директора института в Леобене. Но Зюсс был слишком связан с Веной и отказался от этого назначения. В это же время он принимал участие в хлопотах по учреждению городского педагогического института и в выработке новых школьных законов. Так как реальное среднее образование в Австрии было недостаточно популярно, Зюсс согласился на время принять должность школьного инспектора и поручение провести экзамены на аттестат зрелости в реальных училищах Верхней и Нижней Австрии.
Об'ехав реальные училища Нижней Австрии, Зюсс убедился, что директора имели слишком слабое влияние на ход преподавания, занимаясь главным образом хозяйственными делами. Таким образом, не было инстанции, заботившейся о единстве преподавания и ответственной за его успехи. В двух школах учителя математики старались щегольнуть перед Зюссом тем, что ученики знают бином Ньютона, и были немало удивлены, когда он сказал им, что это выходит за пределы программы средней школы. В другом реальном училище учитель географии заставлял учеников заучивать названия самых мелких речек в Греции, а название столицы Португалии они не знали. Учитель оправдывался тем, что, так как реалисты лишены преимуществ классического образования, он старался хоть отчасти компенсировать этот пробел. По большинству предметов испытание на аттестат зрелости сводилось к упражнению памяти. Чтобы выяснить степень развития учеников, Зюсс прибегнул к другому методу. Он заставлял их читать немецкую прозу известных писателей и просил подчеркивать в прочитанном самое существенное. Этот способ дал ему возможность судить о развитии учеников лучше, чем ответы на экзаменах.
Ознакомившись с положением дела, Зюсс пришел к выводу, что директора должны гораздо больше влиять на ход преподавания и отвечать за его успехи, что испытания на аттестат зрелости необходимы для равномерности преподавания во всех школах, что немецкой литературе, согласно требованиям времени, надо уделять больше внимания и преподавание географии следует улучшить.
Зюсс скоро убедился, что интересная и значительная деятельность инспектора все же мало соответствует его наклонностям, и осенью вернулся к своей профессуре в университете. После смерти депутата Зелинки на его место 23 августа 1869 года почти единогласно был избран Зюсс.