Зюсс продолжал работать в музее, занимаясь систематизацией плеченогих и обработкой коллекции, собранной в Альпах, посвящая вместе с тем вечера, согласно желанию отца, изучению процесса выработки шагреневой и лакированной кожи.
В семье фабриканта Гюльхера Зюсс встречался с президентом Академии наук Баумгартнером, выдающимся физиком того времени, который в 1823 году первым начал читать в университете свой курс по-немецки, а не по-латыни, как было принято. Он занимал также последовательно ряд крупных административных постов: директора государственной фарфоровой фабрики, табачной монополии, сооружения телеграфа, управления железных дорог, министра общественных работ, министра торговли, а после отмены конституции был министром финансов. В качестве последнего он отказался утвердить переговоры, которые министр-президент Бах вел с французскими капиталистами о продаже им австрийских государственных угольных копей и железных дорог, и вышел в отставку. Отмене конституции он подчинился, но не мог одобрить распродажи государственного имущества. Вернувшись к научной деятельности, он стал активным покровителем молодых ученых.
В это время молодые естествоиспытатели — астроном Горнштейн, ботаник Рейсек, кристаллограф Грейлих и другие, в том числе и Зюсс, — об'единились, чтобы организовать еженедельные публичные бесплатные лекции. Для лекций сначала был предоставлен зал в Геологическом комитете, но он скоро не мог вместить слушателей. Баумгартнер, узнав об этом, не только открыл для лекций большой зал в Академии, но и сам, несмотря на свой возраст, в течение нескольких месяцев посещал их. Однажды наплыв был так велик, что Баумгартнер, даже при содействии распорядителей, не мог попасть в зал. Люди извинялись, что не могут пропустить его. В ответ на это он сказал: «Этого-то я и добиваюсь».
Кружок лекторов расширился, и вскоре оформилась группа молодых преподавателей естествознания. Они работали с большим воодушевлением, несмотря на то, что лекции их никем не оплачивались.
Преподавание отраслей геологии в университетах Австрии уже не соответствовало в то время тем успехам, какие сделала эта наука. В минералогии ограничивались описанием внешних признаков минералов, которым давали высокопарные названия. Так, вместо гипса студент должен был говорить призматоидный эвклаз-галлоид, а вместо шпатового железняка — брахитипный парахрос-барит. Названия можно было только вызубрить, потому что, как образовались эти вещества, — не об'ясняли. Геогнозия (историческая геология) определялась как наука о составе земли из индивидуумов минерального царства, но в ней не излагалось, как создался этот состав.
Территория Австрии представляет замечательное сочетание элементов различного строения и происхождения. Древний массив Богемии, окраина Русской плиты, западные отпрыски Арало-Каспийской низменности и молодые цепи Альп слагают страну, давая богатейший материал для сравнительного изучения, которым университетское преподавание совершенно не занималось. По почину Гайдингера Австрия в 1849 году, раньше чем другие государства, учредила Геологический комитет, сотрудниками которого явились отдельные воспитанники горных академий, самоучки и иностранцы. Сотрудник Комитета Рихтгофен, Гохштеттер и Зюсс задумали показать, что должна содержать эта наука, познакомив читателя с английским сочинением Ляйелля «Принципы геологии». Они приступили к переводу, но вскоре Гохштеттер был приглашен геологом в кругосветную экспедицию на фрегате «Новара». Рихтгофен занялся подготовкой к своему путешествию в Китай, и перевод не состоялся.
Учреждение в университете кафедры по истории земли или, по крайней мере, по палеонтологии, стратиграфической геологии уже стало очередной задачей, и Зюсс подал заявление о допущении его в качестве приват-доцента по палеонтологии в деканы философского факультета. К заявлению были приложены четыре отзыва от геологов Гейдингера, фон Гауэра, Гернеса и профессора Рейса. Но возникли формальные затруднения: Зюсс не имел степени доктора, не окончил даже университета, и факультет, на основании существующих законов от 20 мая 1857 года, отклонил его заявление. Но другого кандидата, удовлетворяющего требованиям, не имелось в виду.
Тогда Зюсс решил обратиться к министру народного просвещения. Он написал письмо, к которому были приложены отзывы указанных ученых. Не рассчитывая на успех, Зюсс сообщал, что его научные труды достаточны для получения степени доктора в венском или другом университете, но что это потребует расхода в 200–300 талеров. Если этот расход сколько-нибудь может поднять уважение министра к просителю, то последний готов его сделать. Через несколько дней Зюсс был вызван на прием к министру.
В то время этот пост занимал граф Лео Тун, набожный католик. Министерство просвещения помещалось в верхнем этаже здания банка, в подвалах которого Зюсс во время революции стоял на часах у кладовых. В большой прихожей собралось много ожидавших аудиенции у министра. Недалеко от Зюсса, возле печки, сидели два очень дородных монаха в белых сутанах. Секретарь министра, известный археолог Фейль, обходил присутствующих, опрашивая их и направляя многих к специальным референтам.
Вскоре Зюсса вызвали к министру. «Вы написали мне письмо? Я не могу назначить вас приват-доцентом, но хочу назначить экстраординарным профессором без жалованья», — сообщил ему Тун.
Таким образом, Зюсс получил гораздо больше того, на что надеялся. Не имея еще двадцати шести лет, он получил кафедру в университете, и перед ним открывалась деятельность, к которой он больше всего стремился.
Значительная часть коллегии профессоров сочла назначение Зюсса нарушением своих прав, так как оно не было основано на решении коллегии. Но вскоре укрепилось убеждение, что дело касается отрасли знания, еще не представленной в университете, и симпатии большинства склонились на сторону Зюсса. Только несколько наиболее старых профессоров упорно отказывались признать молодого профессора.
Отец Зюсса теперь успокоился относительно будущности сына и избавил его от работы, связанной с фабрикой.
В XVII веке высшие школы были в пренебрежении, а гимназиями ведала церковь. Иезуитским гимназиям XVIII и первой половины XIX века было чуждо стремление заинтересовать юношество наукой и воспитать в нем любовь к знаниям. Еще в 1824 году в двух старших «философских» классах преподавание естественной истории и истории Австрии было необязательно. После подавления революции 1848 года и отмены конституции реакционное правительство искало путей для укрепления целости монархии и, конечно, рассчитывало на могучее содействие католической церкви. Католическое духовенство, организованное в единую иерархию под управлением и главенством римского папы, имело огромное влияние на всю политическую жизнь европейских государств.
Принимая министерство в 1849 году, граф Тун нашел готовый проект реорганизации гимназий, выработанный Боницем и Экснером еще во время революции. Согласно ему, гимназии переходили из-под власти церкви в ведение министерства. Только преподавание религии оставалось в руках духовенства.
Проект организации гимназий, написанный в 1848 году, встретил сильное противодействие со стороны реакционных кругов, и они настояли на том, чтобы преобразование было введено провизорно — в виде опыта, на четыре года. Перед окончанием этого срока правительство запросило генерала ордена иезуитов, может ли орден принять в свое ведение австрийские гимназии, согласно новому положению. Орден потребовал непосредственного руководства гимназиями без подчинения областным учебным советам, освобождения от государственного экзамена учителей, выбора учебников по указанию ордена и введения учебного плана, утвержденного орденом. Согласно последнему, главное внимание было обращено на изучение латыни как языка католической церкви. Естественная история, геометрия и алгебра должны были быть из'яты из программы преподавания в младших классах.
Австрийское правительство согласилось заключить конкордат (договор) с папой. Конкордат был проведен графом Туном при деятельном участии кардинала Раушера, непосредственно ведшего переговоры с представителями папы, и был подписан в 1855 году.
Согласно статьи V конкордата, епископам предоставлялся верховный надзор над всем преподаванием в средней школе, «чтобы в учение не проникло ничего противного католической религии». Согласно статьи VII, во всех гимназиях и средних школах профессорами и учителями могли быть только католики.
Граф Тун провел также и реорганизацию университетов. Тщательно отобрав профессоров-католиков, он создал коллегии профессоров и предоставил им право на замещение кафедр, хотя утверждение кандидатур оставил за министерством. Учредил он также и приват-доцентуру. При назначении на математические и технические кафедры в редких случаях допускались профессора лютеранского вероисповедания, тогда как по кафедрам истории, философии и церковного права при выборе профессоров ощущалось несомненное стремление назначать исключительно католиков.
Кафедра геологии также усиленно опекалась министерством. В 1856 году была перепечатана статья кардинала Раушера, написанная в 40-х годах, в которой сотворение Земли было изложено по библии и отвергались все теории и выводы современной геологии.