После освобождения Зюсс, продолжая учение в политехникуме, большую часть времени проводил в Геологическом комитете и в придворном музее, где ему поручили приведение в порядок большого отдела ископаемых плеченогих моллюсков. В ноябре он уже сделал в комитете три доклада, в которых излагал новые взгляды на классификацию плеченогих, что послужило началом длительных исследований на ту же тему. Одно из них он представил в декабре Академии наук.
В мае 1852 года Зюсс получил должность ассистента при музее с жалованьем в 600 гульденов и квартирными в 120 гульденов — «ввиду обнаруженных способностей и приличного поведения», как гласил приказ о назначении.
Придворный музей был выдающимся по богатству некоторых коллекций. Коллекция метеоритов в минералогическом отделе превосходила таковые в музеях Парижа и Лондона. Орнитологическое собрание было также одним из богатейших. Музей получал от придворного ведомства ничтожные средства и, ввиду отсутствия хорошего естественно-исторического образования в Австрии, большинство сотрудников музея были самоучки. Так, Геккель, знаменитый ихтиолог, был часовщик, один из зоологов — Фраунфельд — был податной сборщик, а другой — Целебер — чулочник.
Минералогическим кабинетом в это время заведывал геолог Парти, исследователь Далмации и Семигорья, составитель первой геологической карты Нижней Австрии. Первым ад'юнктом был Гернес, начавший уже опубликование своего большого труда о моллюсках Венского бассейна, вторым — Кенготт, который, после опубликования своего труда, был профессором в Цюрихе.
Летом Зюсс участвовал в геологической комиссии по сооружению тоннеля Земмеринга и в с'емке долины Мюрц, производимой под руководством фон Гауэра. С осени он вернулся к занятиям в музее. Коллекции, размещенные в высоких стенных витринах и низких — на подставках, были выставлены в четырех залах. Однажды Зюсс приводил в порядок коллекцию в одном из ящиков, стоя на коленях перед ним. В это время в зал вошел Парти, высокий седой старик, ведя под руку свою племянницу Термину Штраус. Зюсс был поражен ее красотой, и в смущении даже не поднялся, когда его представили ей. Она покраснела. Они полюбили друг друга с первого взгляда.
Вскоре Зюсс начал посещать семью Штраус, а зимой этого же года он получил согласие Термины. Родители той и другой стороны не возражали, но ввиду молодости обоих влюбленных свадьба была отложена на несколько лет.
Семья Штраус происходила из западной Венгрии. Отец Термины, Франц Штраус, был врачом. Во время первой холеры в Вене, в 1830–1831 годах, он остался на своем посту, а не бежал в ужасе перед непонятной болезнью, как многие другие. Он приобрел большую практику и стал окружным врачом Леопольдштадта.
Во время революции 1848 года Штраус оказался в лагере консерваторов, но ужасы реакции несколько отрезвили его, и он стал либеральнее относиться к революционерам. С этого времени он был в постоянной оппозиции к правительству и давал в своем доме приют лицам, находившимся у правительства на подозрении. Одно время у него жил поэт Майргофер — друг композитора Шуберта, написавший несколько текстов для его романсов. Майргофер был меланхолик и во время холеры пытался покончить с собой, бросившись в Дунай. Его вытащили, привезли в полицию и вызвали окружного врача Штрауса. — «Милый Штраус, — жаловался Майргофер, — неужели я простудился?»
О политических похождениях Штрауса ходили анекдоты, и об одном из них Зюсс вспоминает в своих записках. Городских врачей вызвали к министру Баху, который обратился к ним со строгой речью. Министр заметил, что среди врачей господствует нехороший дух, — в каждой революции участвуют врачи. «Конечно, ваше превосходительство, — ответил Штраус, — но Робеспьер был из адвокатов». Соль этого ответа заключалась в том, что министр Бах сам был адвокатом, выдвинувшимся во время революции 1848 года.
Штраус был женат на сестре геолога Парти. У них было три дочери. Старшая, Луиза, была женой геолога Гернеса, Сидония была замужем за химиком Наттерером, который впервые добыл твердую углекислоту в стволе ружья, служившего его дяде, известному исследователю Бразилии, для охоты на колибри. Младшая, Термина, стала невестой Зюсса. Семье Штраус на родине, в деревне Марц (Марцфальва), принадлежал небольшой дом, служивший позже любимым местом отдыха Зюсса.
Из времен жениховства Зюсс вспоминает одно событие, произведшее на него потрясающее впечатление. Возвращаясь ночью вместе с Герминой из театра, он заметил, что на углу одной улицы какой-то человек наклеивает об'явление. Он заинтересовался и подошел. Человек любезно посветил ему своим фонариком. О, ужас! Зюсс прочитал о казни Безарда. Он не помнит, как добрался домой. Очнулся Зюсс только утром на своей кровати, где лежал в том же платье, в каком был в театре. Как и всегда, утром он отправился в музей, но работать не мог и пошел блуждать по городу. Ему казалось, что он слышит то мягкий голос Безарда, то душераздирающий крик Мая в камере. Воображение рисовало все время еще более ужасную картину казни Безарда.
Тяжелые впечатления требовали перемены обстановки. В это время геолог фон Гауэр принял поручение составить профиль через Альпы во всю ширину от Пассау до Дуино и пригласил Зюсса участвовать в этой работе. Зюсс получил отпуск и попросил себе самую высшую часть профиля через горы Дахштейн, надеясь повторить восхождение на высшую точку известковых Альп, выполненное Симони. Ему хотелось физическими упражнениями укрепить свою нервную систему.
В те времена в Альпах приходилось довольствоваться ночлегом на сеновале, чашкой молока и куском черного хлеба для трапезы. Не было хороших топографических карт, и геолог должен был носить на спине длинный ртутный барометр для определения высот. Выпадение снега часто прерывало работу в горах, поэтому приходилось брать с собой запас провианта. Восхождение на Дахштейн удалось только в начале сентября. Зюсс и его спутник Валльнер вышли еще ночью из хижины пастухов. Рано утром они миновали ледник, но широкая трещина между льдом и скалами преградила путь. Из двух веревок, которые еще Симони прикрепил для под'ема на верхнюю пирамиду, одна подгнила и сразу оборвалась, другая на значительную длину оледенела. Но препятствия были преодолены, и альпинисты достигли вершины. Зюсс впервые видел раннее утро на высоких горах и был поражен красотой природы. Глубоко внизу сверкал ледник, в других долинах в полумраке тянулись полосы тумана, над которыми выступали скалистые гребни и вершины, уже ярко освещенные лучами солнца. С одной стороны расстилалась зеленая равнина, а с другой — цепи гор тянулись до самого горизонта.
После этих работ к знакомству с гранитным ландшафтом Карлсбада, известковыми и сланцевыми горами Праги и третичными пейзажами Вены прибавилось знание известковых Альп. Контраст между массивом Богемии и формами Альп казался Зюссу необ'яснимым, и разрешение этой загадки сделалось одной из задач его жизни.
Несмотря на успехи Зюсса в геологии, отец беспокоился об его будущности. Его фабрика расширилась, он хотел со временем передать ее Эдуарду и его двум младшим братьям. Но Эдуард выбрал себе другую карьеру, и отец опасался, что она не даст ему ни самостоятельности, ни достаточных средств для содержания семьи. Фабрика требовала большого оборотного капитала, который, в случае выхода Эдуарда из дела, достался бы его братьям вместе с фабрикой. Это огорчало отца, и он сделал последнюю попытку. Он дал Эдуарду средства на свадебное путешествие в Париж и обещал ему ежегодное пособие после свадьбы, но с условием, что Эдуард будет исполнять обязанности помощника бухгалтера. Этим он надеялся удержать сына на фабрике и облегчить ему возврат к ней в случае крушения научной карьеры.
В июне 1855 года состоялась свадьба Эдуарда, после которой он с Герминой поехал в Париж.