На борту «Ростислава» офицеры, бывшие товарищи Шмидта, оскорбляют его, издеваются над ним. Шмидт — офицер, открыто вставший на сторону революции, возбуждает бешеную ненависть правительства. С ним спешат расправиться. Николай Романов недоволен медленностью, с которой приближается эта расправа. Петербург торопит Чухнина покончить с «изменником» Шмидтом.
Целый год тянутся следствие и судебные процессы по делу участников восстания, превращающиеся в неприкрытые акты правительственной мести.
Привлеченных к делу разбивают на три категории, В первую входит Шмидт и участники восстания — «очаковцы», во вторую — матросы других судов, в третью — участники восстания на берегу.
Спустя три месяца после восстания, 7-го февраля 1906 г., начинается «Очаковская трагедия». Дело Шмидта и 40 его товарищей в военно-морском суде Севастопольского порта перенесено слушанием в Очаков. Шмидт, производящий своим поведением на суде колоссальное впечатление даже на судей, в последнем слове заявляет им: «Не горсть матросов и не гражданин Шмидт перед вами. Пред вами здесь на скамье подсудимых вся стомиллионная Россия…». 18-го февраля выносится приговор: Шмидт приговорен к повешению, Частник, Гладков, Антоненко — к расстрелу, большинство остальных обвиняемых — к каторжным работам, 8 чел. — в исправительные арестантские отделения и только несколько человек оправдано. Защита подает жалобу. Сестра Шмидта обращается к царю с ходатайством о помиловании брата. Страна охвачена возбуждением. Под влиянием последнего, премьер-министр Витте настаивает на помиловании. Царь отклоняет просьбы. Право утверждения приговора передано Чухнину. Он его утверждает. Только повешение заменяется Шмидту расстрелом: не нашлось опытного палача.
6-го марта утром на пустынном скалистом острове Березань, недалеко от Очакова, совершается казнь. Расстреливает осужденных команда «Терца». Шмидт, Гладков и Частник падают, пораженные пулями. Красавец Антоненко только ранен и еще жив. Его добивают выстрелом в упор.
Вторую и третью группы судят в Севастополе: вторую, куда входят 86 обвиняемых, в июне — июле 1906 г., третью в составе около 350 чел. — в ноябре. За немногими исключениями, все обвиняемые отказываются присутствовать на суде. По делу второй группы вынесено 4 смертных приговора. Новый командир Черноморского флота вице-адмирал Скрыдлов заменяет казнь бессрочной каторгой. Дело третьей группы разбирается с некоторым запозданием. Севастопольская социал-демократическая организация организует похищение следственного дела из помещения суда. 12 толстых увезенных томов сожжены. Только в ноябре удается приступить к слушанию дела. Снова выносится пять смертных приговоров. Скрыдлов, однако, заменяет казнь каторгой и на этот раз.
Правительство жестоко мстит, но в свою очередь революционеры мстят самодержавию, поднимая руку на его верных прислужников. Эс-эры в 1906 г. организуют в Севастополе ряд покушений на лиц, выступавших палачами в расправе с «очаковцами». 25-го января 1906 г. Е. А. Измайлович стреляет в Чухнина и ранит его. Измайлович без суда моментально расстреляна тут же приближенными адмирала. 9-го мая брошена бомба в коменданта крепости Неплюева, но неудачно. 5-го июня происходит такое же неудачное покушение на командира Брестского полка, полк. Думбадзе. Наконец, 28-го июня матрос Акимов, выстрелом из охотничьего ружья смертельно ранит Чухнина.