Вопрос о происхождении башкир еще не вполне решен для нашего времени. Одни считают их угро-финнами, другие — народом тюркского племени, родоначальником современных мадьяр. Путешественники ХIII в. называли Башкирию «Великой Венгрией». Язык башкир имеет однородные корни с языком венгров. Насколько велико внешнее сходство башкир с венграми видно из того, что уральские казаки, участвовавшие в Венгерском походе в 1848 г., называли мадьяр «башкирами».
Соседи башкир казак-киргизы называют их «остяк», а русские «татарами». Позднейшие исследования устанавливают весьма большое сродство башкир с татарами.
Масса башкирского народа неоднородна. Сами башкиры делят себя по родам: усерган, донгаур, бурзян и др. В зависимости от географических условий расселения башкиры различаются как по своему физическому типу, так и по роду промысла на степных и горных башкир. Тип башкира степняка отличается средним ростом, широким-плоским лицом, с выдающимся подбородком. Степные башкиры по преимуществу занимались скотоводством и водили огромные стада коней и верблюдов.
Горные башкиры, обитатели гор и лесов, — выше ростом, горбоносы, с продолговатым лицом и овальным выпуклым профилем.
Они занимались тоже скотоводством, но в более ограниченных размерах, и кроме того промышляли охотой и бортничеством.
Башкиры вели кочевой образ жизни и жили родовым строем.
Народом правили князья, власть которых была сильно ограничена народными съездами (джиин). Каждый башкир, достигший совершеннолетия, пользовался на съездах правом голоса.
Появившись в крае, башкиры заняли своими поселениями и кочевками все пространство между р.р. Камой и Волгой до г. Самары, а оттуда на Оренбург и далее на восток по р.р. Уралу, Миясу, Исети, Тоболу и Оби. На юге кочевья башкир распространялись до р. Эмбы. Вся страна, занятая башкирами, стала называться Башкирией.
Заняв Приуралье, башкиры вошли в торговые сношения с волжскими булгарами, от которых отчасти восприняли культуру и мусульманство, занесенные сюда арабами.
В XIII в. на Оренбургские степи распространилась власть Большой татарской орды, вышедшей из Средней Азии под предводительством Чингиз-хана. Башкиры вошли в состав татарской Орды. Они сумели установить со своими завоевателями настолько хорошие отношения, что татарские ханы оставили в неприкосновенности их быт и сохранили за ними все привилегии коренного населения в крае, в знак чего выдавали башкирским волостям особые тамги (тюб).
Внук Чингиз-хана Батый основал Золотую Орду и распространил ее владения на северо-запад, покорив волжских булгар.
В XIV—XVI веке Золотая Орда распалась на части; из нее выделились три самостоятельных ханства: Казанское, Крымское и Касимовское на р. Оке.
В начале XVI в., после поражения, понесенного от Крымской Орды, Золотая Орда окончательно распалась и из ее обломков образовались новые ханства — Астраханское в низовьях Волги и Ногайская Орда, кочевавшая к югу от Башкирии, между р. Волгой и р. Уралом, на месте нынешней Букеевской губернии. Столица ногайских ханов находилась в Сарайчике, на реке Урале, в 60-ти верстах от ее устья.
Ногайские ханы распространили свою власть на степных башкир. По преданию столица одного из ногайских князей находилась на урочище Ак-Тюба, на горе Маяк, близ города Оренбурга.
Часть башкир восточного склона Уральских гор подчинилась сибирским татарам; башкиры, населявшие пространства между Волгой и Камой, вошли в состав Казанского царства.
Находясь под властью татар в течение 300 лет, башкиры отчасти восприняли их культуру, но в массе остались на низкой степени развития, что главным образом и отличало их от татар. Башкиры не создали независимого государства, несмотря на свои превосходные военные качества, являлись данниками более организованных и предприимчивых соседей.