Преобразование управления Оренбургского края в конце XVIII в. облегчило правительству разрешение исторических задач в области развития русской колонизации и умиротворения края. Чтоб завершить вековую борьбу с национальным движением башкирского и казакского народов, которое являлось главным препятствием колонизаторской политики, правительство теперь располагало военной системой управления края.
Общее управление краем было сосредоточено в канцелярии военного губернатора; военное управление находилось в непосредственном ведении военного губернатора, как командира отдельного Оренбургского корпуса; управление казачьими войсками и Башкирией осуществлялось через войсковых атаманов и командующего Башкиро-Мещерякским войском, штаб-квартиры которых находились в Оренбурге; гражданское управление края хотя и было объединено в руках гражданского губернатора, живущего в Уфе, но и он находился в подчинении военного губернатора.
В Башкирии, которая в течение XVIII в. являлась главным объектом колонизаторской политики правительства, как и в казачьих войсках, все туземное население страны было обращено в военное сословие и получило военное кантонное управление, при котором уже немыслимо было народу вести борьбу за национальное самоопределение.
Башкиро-Мещерякское войско чрезвычайно усилило военные ресурсы края. В 1850 г. в Башкиро-Мещерякском войске насчитывалось до 117 тыс. человек, в числе которых было 114 офицеров, 954 зауряд-чиновников, 2887 урядников и 110 тыс. рядовых. В то же время в рядах Оренбургского казачьего войска насчитывалось 35 тыс. служилых казаков, а в Уральском войске, которое в 1808 г. было вновь в военном отношении подчинено Оренбургскому губернатору, считалось 12 тыс. служилых казаков.
Кроме иррегулярных башкирских и казачьих войск, находящихся в распоряжении начальника края, он располагал 75 тыс. регулярных войск разного рода оружия.
Столь внушительные военные силы не только укрепили русскую власть в крае и обеспечили его от внешних нападений со стороны орды, но и дали возможность военному губернатору начать завоевательное движение во внутрь киргизской степи, которое в 50-х годах привело Россию на берега Аральского моря и Сыр-Дарьи, а в 60-х годах закончилось завоеванием Туркестана.
В начале XIX в. борьба с воинственной Казакской ордой чрезвычайно осложняла военное и политическое положение края. Эта борьба велась на протяжении всей пограничной линии, от Гурьева городка до крепости Звериноголовской, на фронте 1800 в., и требовала огромного напряжения военных сил. Ежегодно с наступлением весны население прилинейных кантонов Башкирии и казачьих станиц становилось в «ружье». Густые кордоны по пограничной линии станиц, укреплений, редутов и постов занимались гарнизонами башкир и казаков, которые зорко всматривались в степь, откуда грозили нападения орды. То и дело по линии вспыхивали зловещие огни сигнальных вех, предупреждающие линейных жителей о появлении «хищнических шаек киргиз»; ни один житель станицы не мог рискнуть показаться за околицу крепостного вала без оружия. Но с течением времени пограничная борьба ослабевала. С одной стороны вооруженные силы правительства проникали все дальше и дальше в киргизскую степь и теснили в пески независимые казакские роды; с другой — меновая торговля на пограничной линии все больше и больше втягивала казакские народные массы в мирные экономические сношения с Россией.
В половине XIX в. уже не только товары русской промышленности, но и русский хлеб нашли широкий сбыт в Казакской орде. Даже больше: казаки являлись не только потребителями русского хлеба, но и сами постепенно начали переходить к оседлости и сеять хлеб, превращаясь таким образом из «буйных кочевых орд» в мирное земледельческое население.
Оренбургский край представлял собой вполне замиренную русскую провинцию, что содействовало развитию его дальнейшей колонизации, а вместе с тем развитию народного хозяйства.