В 1850 г. из состава Оренбургской губ. были выделены г. Самара и уезды: Бугульминский, Бугурусланский и Бузулукский, которые вошли в состав вновь образованной Самарской губернии. Оренбургский военный губернатор был переименован в Оренбургского и Самарского генерал-губернатора, в ведении которого по прежнему сосредотачивалось все управление Оренбургского края, а резиденция оставалась в г. Оренбурге.
В 1865 г. последовал новый раздел Оренбургской губернии, из состава которой была выделена вновь образованная Уфимская губерния. К Оренбургской губернии отошли пять уездов: Оренбургский, Орский, Верхнеуральский, Троицкий и Челябинский, все остальные уезды вошли в состав Уфимской губ.
Башкиро-Мещерякское войско и военно-кантонная система управления были упразднены; башкирский народ получил волостное устройство и был подчинен ведению гражданского управления губернии.
Одновременно с этим было преобразовано управление Казакской ордой в «Область киргиз Оренбургского ведомства», которая была выделена из состава Оренбургской губ. и получила самостоятельное управление на правах губернии.
С отменой крепостного права для Оренбургского края открылся новый период колонизации. Бывшие крепостные крестьяне центральной России, получившие ничтожные земельные наделы и обремененные тяжелыми выкупными платежами, устремились в Оренбургский край, где еще много было свободных земель.
В 70-х годах, с постройкой жел. дороги Самара—Оренбург, переселенческий поток быстро увеличился. На этот раз правительство само было заинтересовано в том, чтоб увеличить земледельческое население края и пришло на помощь переселенцам, установив льготный тариф для проезда по жел. дороге.
По проекту генерал-губернатора Крыжановского правительство приступило к раздаче «пустопорожних» башкирских земель русскому населению, но земли стали раздавать не крестьянам-переселенцам, а чиновникам и офицерам, которые должны были привлечь крестьян в качестве арендаторов своих земель.
«Свободные» казенные и башкирские земли были разбиты на участки в 150—500 и 1000 десятин, которые стали продавать чиновникам и офицерам по льготным ценам или давать даром, в виде пенсии за службу.
Осуществляя эту меру правительство полагало создать в лице новых владельцев земли помещичий класс, который завел бы в крае усовершенствованный способ обработки земли. Но правительство не достигло своей цели. Под флагом раздачи «свободных» земель на самом деле произошло расхищение башкирских и казачьих земель. Участки земли стали получать все без изъятия должностные лица края, начиная от генерал-губернатора, получившего 6 тыс. десятин, и кончая повивальной бабкой. К расхищению земли примкнули петербургские чиновники, смотревшие сквозь пальцев на вопиющую земельную вакханалию, которая разыгралась при попустительстве генерала Крыжановского.
Чтоб судить о колоссальной наживе хищников земель, достаточно сказать, что банки под залог «купленных» у казны участков земли, выдавали ссуду в 10 раз превышающие те суммы, за которые были куплены участки в рассрочку на 37 лет.
В период 1876 по 1880 г. таким образом были расхищены казенные земли Оренбургской губ. до 80 тыс. десятин и до 400 тыс. дес. казачьих земель.
Одновременно с расхищением казенных земель началась бешеная скупка земель у башкир вотчиников. Помещики и капиталисты скупали тысячи и десятки тысяч десятин по 9—16 коп. за десятину и фунт чая.
Наконец расхищение земель в Оренбургском крае обратило на себя внимание правительства. В марте 1881 г. в Оренбургский край был командирован сенатор Ковалевский, который произвел ревизию и прекратил земельную панаму. Льготная продажа земель была прекращена, но все расхищенные земли остались закрепленными за их новыми владельцами.
Во избежание дальнейшей хищнической скупки казенных и башкирских земель спекулянтами, был издан циркуляр министра Государственных Имуществ, по которому было разрешено сдавать свободные земли в аренду крестьянам с торгов, производимых на волостных и сельских сходах, для чего эти земли были разбиты на мелкие участки.
Офицеры и чиновники, приобревшие в собственность участки казенной земли, не поселились на них и культурных хозяйств не завели, а перепродали их скупщикам. На спекуляции казенными землями нажилось много посредников, пока эти земли по вздутым ценам, действительно, не перешли к трудовому крестьянству в частные владения или на правах аренды.
С учреждением Крестьянского Поземельного Банка для крестьян были созданы более благоприятные условия для приобретения земель. Крестьяне-переселенцы, продав на родине, в центральной и южной России, свои маленькие земельные наделы, за сравнительно не дорогую цену получали возможность приобрести в Оренбургском крае наделы до 10-ти десятин на душу, с рассрочкой платежа на долгий срок. Таким путем за крестьянами быстро закрепилось большое число арендованных участков у местных помещиков.
Революция 1905 г. еще более содействовала ликвидации помещичьих владений в Оренбургской губ., так многие владельцы, сдавшие земельные участки в аренду крестьянам, поспешили их продать, из боязни принудительного отчуждения.
После раздела Оренбургской губ. в 1850—1865 г., Оренбургский край продолжал существовать, как Оренбургское и Самарское генерал-губернаторство, и генерал Крыжановский был его последним генерал-губернатором. В состав генерал-губернаторства входили все три образовавшиеся губернии — Оренбугская, Самарская, и Уфимская, Оренбургское и Уральское казачьи войска. В первой половине XIX века такая централизация власти в крае обуславливалась политической необходимостью, поскольку правительство вело колонизаторскую политику на Востоке, распространяя свои завоевания на Средне-Азиатские страны. Для завоевания ханств — Коканда, Бухары и Хивы требовалось полное напряжение всех сил и средств Оренбургского края. После завоевания Туркестана и образования Туркестанского генерал-губернаторства дальнейшее существование Оренбургского генерал-губернаторства уже не оправдывалось необходимостью. В результате ревизии 1881 г. генерал Крыжановский был отставлен от должности, и Оренбургское генерал-губернаторство было упразднено. На этом и завершилось существование Оренбургского края, как областного управления юго-восточной окраины России.