События 1773—74 г. вскрыли перед правительством Екатерины II истинное состояние Оренбургского и Уфимского края. Передовые люди того времени, как граф Панин, поняли, что «страшен не Пугачев, а страшно всеобщее негодование». Для успокоения края было необходимо устранить причины, вызвавшие Пугачевское восстание, т. е. обуздать произвол администрации, дикие аппетиты заводчиков и помещиков, прекратить расхищение башкирских земель и удовлетворить законное требование Яицкого казачества.
Однако дворянское правительство Екатерины II-й не могло идти по этому пути, так как проведение подобных реформ было бы направлено против его классовых интересов. Поэтому, не разрешая основных вопросов политического и экономического характера, вызвавших Пугачевское восстание, правительство Екатерины II-й приняло ряд административных реформ, посредством которых предполагало предупредить в будущем возникновение «замешательств», подобных Пугачевскому восстанию.
В 1775 г. был издан закон о новом административном делении России. По этому закону число губерний было увеличено с таким расчетом, чтобы в каждой губернии было не более 300 тысяч душ населения. С увеличением числа губерний увеличилось число губернаторов и полиции, а следовательно облегчалось и самоуправление. Эта реформа коснулась Оренбургского края несколько позднее. На первое время правительство ограничилось лишь тем, что в крае оставались стянутые регулярные войска. Пограничные крепости были быстро восстановлены, а их комендантами назначены офицеры регулярной армии, большинство которых носили немецкие фамилии.
Чтобы изгладить самую память о Пугачевском восстании, Екатерина II велела называть реку Яик Уралом, а Яицкое войско — Уральским казачьим войском. В войске были уничтожены последние признаки казачьего самоуправления. Инородческое движение было окончательно задушено; край был страшно разорен и еще долго не мог успокоиться от пережитых социальных и политических потрясений; по прежнему стоял остро вопрос башкиро-казакских отношений, которые еще более осложнились вовремя Пугачевских событий.
Опыт 1773—1774 г.г. показал, что Оренбургский губернатор не в состоянии управлять столь обширным краем, населенным народностями разных национальностей. Город Оренбург, как административный центр, был слишком удален от России и мог быть легко отрезан, что вело к параличу всех органов краевой власти, как это наблюдалось в дни Пугачевского восстания. В силу этих соображений в 1782 г. Оренбургская губерния была упразднена, а вместо нее учреждено Симбирское и Уфимское наместничество, в состав которого вошли 2 области — Оренбургская и Уфимская. Оренбургскую область составили уезды: Оренбургский, Бузулукский, Верхне-Уральский, Сергиевский и Троицкий. Уфимская область состояла из уездов: Уфимского, Бирского, Мензелинского, Стерлитамакского, Кунгурского, Челябинского, Белебеевского и Бугульминского.
Уездные города были образованы из бывших крепостей. Чувашские и мордовские поселения — Бугульма и Бугуруслан, селение Белебей и Челябинская, Верхне-Уральская, Троицкая, Орская крепости были обращены в города.
С учреждением наместничества Уральское казачье войско было отчислено к Астраханской губ.
Наместником края был назначен барон Игельстром, управление которого было переведено из г. Оренбурга в Симбирск, а в 1784 г. в Уфу; с 1781 г. край стал называться Уфимским наместничеством.
Оренбург стал областным городом, но в нем по прежнему сосредоточивалось пограничное управление Краем.
Покончив с Пугачевским восстанием, правительство стремилось восстановить нормальную жизнь в крае и возобновить прерванные смутой торговые сношения с киргизской степью и средне-азиаткими странами. За время Пугачевского восстания казаки воспользовались ослаблением пограничной охраны и стали опустошать своими набегами башкирские и русские поселения. Они углублялись до самой Волги, массами уводили жителей и отгоняли у них скот. По сведениям Оренбургского губернатора, за время восстания казаки увели в неволю до 3-х тыс. человек русских, калмыков и башкир. Правительство потребовало от Нурали-хана прекратить набеги на русские границы и возвратить пленников. Но Нурали-хан не в состоянии был выполнить этого требования, т. к. казаки не подчинялись его власти, почему он обратился за помощью к Оренбургскому губернатору. В течение 1775—1776 г. в киргизскую степь были посланы несколько отрядов из русских казаков и башкир, которые разгромили аулы мирных казаков, кочующих вблизи границ, выручив ничтожное количество пленников.
Для управления казаками в Оренбургской области была учреждена Экспедиция Пограничных Дел под председательством начальника области и обер-коменданта Оренбургской крепости. В 1799 г. Экспедиция Пограничных Дел была преобразована в Оренбургскую Пограничную Комиссию.
При Экспедиции Пограничных Дел был учрежден Пограничный суд, состоящий из представителей местного управления и Казакской орды. Пограничному суду было поручено разбирать все пограничные столкновения и улаживать конфликты — между русским населением, башкирами и населением Казакской орды, однако суд не оправдал своего назначения, т. к. никто не обращался к суду, а скорее расчитывал на свою силу.
Ни Экспедиция Пограничных Дел, ни Пограничный суд не могли умиротворить край, так как в 80-х годах XVIII в. в Казакской орде начались внутренние междоусобия. Против ставленника России Нурали-хана восстал известный вождь народной партии Сырым батырь, который стремился к свержению ханской власти в орде. Наместник края барон Игельстром, убедившись в бессилии хана установить порядок в орде, поддержал движение батыря Сырыма. В 1785 г. в орде состоялся народный съезд, который провозгласил упразднение ханской власти. Во главе орды был поставлен Сырым батырь, как главный старшина и председатель Народного Собрании. В степи наступил мир. Набеги казаков на русские границы прекратились. Движение торговых караванов было восстановлено. Для внутреннего управления орда была разделена на три части, во главе которых были учреждены Расправы, — коллегии из казакских старшин. Однако мир продолжался недолго. Султанская партия продолжала борьбу против батыря Сырыма. Скоро барон Игельстром, заподозрив Сырыма в измене, стал на сторону султанской партии. В 1790 г. ханская власть в орде была восстановлена, но борьба народной и султанской партий продолжалась В 1797 г. Сырым батырь убил казакского хана Ишима и, в свою очередь, пал от руки предводителя султанской партии султана Каратая.
Под влиянием смут и междоусобий часть казаков Малой орды под предводительством султана Букея перешла на правый берег Урала и основала здесь Внутреннюю или Букеевскую орду. Сторонники батыря Сырыма откочевали в хивинские пределы. Волнения в орде продолжались всю первую четверть XIX в., что вынудило русское правительство принять ряд решительных мер для окончательного покорения казакского народа.