В 1796 г. Оренбургская губ. была восстановлена вновь в тех пределах, в которых она существовала до 1782 г. В ее состав вошли все 13 уездов Оренбургской и Уфимской областей. Во главе губернии был поставлен военный губернатор — все тот-же барон Игельстром, пользующийся правами Оренбургского и Уфимского генерал-губернатора. Военный губернатор объединял в своих руках военное и пограничное управление Оренбургского края, в помощь ему по гражданским делам был назначен гражданский губернатор, проживающий в г. Уфе, где были сосредоточены общегубернские учреждения Края.
Губернским городом был назначен Оренбург, куда и были переведены все губернские учреждения из г. Уфы.
После перевода губернских учреждений в Уфу в 1782 г., Оренбург пережил период упадка. По обследовании города в 1797 году в нем оказалось лишь 1368 домов; население города состояло из 5241 души. Старые казенные здания пришли в негодное состояние, или были уничтожены пожаром в 1786 г. Город был не в состоянии разместить губернских учреждений, переведенных из Уфы, почему в 1802 г. они были переведены обратно в Уфу.
В Оренбурге оставалась резиденция военного губернатора, высшие военные учреждения, Пограничная Комиссия, Войсковая канцелярия Оренбургского казачьего войска, Таможенное управление и другие учреждения краевого значения.