Оренбург стал не только главным торговым городом края, но и стратегическим узлом крепостей, построенных в крае. От этого узла расходились следующие линии крепостей:
1) Самарская линия, соединяющая г. Оренбург с Самарой. Эта линия имела целью разделить между собою башкир и калмыков, кочевавших в степях между р.р. Яиком, Самарой и Волгой. Самарскую линию составляли 8 крепостей и 3 редута.
2) Сакмарская линия, соединявшая крепости, построенные внутри Башкирии по р. Сакмаре, которая связывала их с Уфой, Мензелинском, Бирском и Осой. Важнейшими из крепостей здесь были Предтеченская и Воздвиженская.
3) Нижне-Яицкая линия, начинавшаяся от крепости Чернореченской и кончавшаяся на берегу Каспийского моря. На этой линии имелись города: Яицкий городок, Илецк, Гурьев, крепости: Кулагина, Калмыкова, Сахарная и 19 казачьих форпостов, которые охранялись яицкими казаками.
4) Верхне-Яицкая линия от гор. Оренбурга до Верхне-Яицкой пристани имела на протяжении 561 в. 8 крепостей и 16 редутов. Она разделялась на две дистанции: Красногорскую и Орскую; первую составляли: редуты Нежинский и Вязовой, крепость Красногорская, редут Гирьяльский, крепость Озерная, редут Никольский, крепость Ильинская, ред. Подгорный, крепость Губерлинская и редут Разбойный.
В состав Орской дистанции входили крепости: Орская, редуты Калпацкий и Тереклинский, крепость Таналыцкая, Уртазымская, редуты Орловский, Березовский, Грязнушинский, крепость Кизильская, редуты Сыртенский, Янгельский, крепость Магнитная, редуты Верхне-Кизильский и Спасский, в 16 верстах от крепости Верхне-Яицкой.
5) Уйская линия от г. Верхне-Яицкой пристани до кр. Звериноголовской на протяжении 753 в. и имела 9 крепостей и столько же редутов.
Основной стратегической линией была Яицкая линия, тянувшаяся по р. Яику. К этой главной линии примыкали несколько второстепенных. Одна из них шла от р. Уя на северо-восток и далее по р. Миасу, прикрывая Челябинские места от Башкирии. От устья р. Миаса шла Екатеринбургская линия на запад через Шадринск к Екатеринбургу и далее через Уральские горы на Красноуфимск, Кунгур и Осу, где упиралась в р. Каму.
Таким образом, получался большой четырехугольник, западную сторону которого составляли р.р. Кама и Волга, северную — Екатеринбургская линия от Осы до устья Миаса; восточную — р. Миасс— Яик до устья р. Орь и южную — р. Яик. В этот четырехугольник была замкнута Башкирия со всех сторон.
Неплюев приложил все усилия, чтобы заселить Оренбургский край русским элементом. Для этой цели со стороны Закамской линии были сняты и переселены на Оренбургскую линию казаки, дворяне и другие служилые люди. Таких переселенцев насчитывалось до 4152 человек. Из южной России в Оренбург были переселены 849 душ малороссийских казаков; из Самары, Алексеевска и Уфы — 550 казаков, которые положили начало Оренбургскому казачьему войску.
Гарнизоны вновь построенных крепостей составили 2 пехотных и 1 драгунский полк. Кроме того, на линию было переселено 1000 донских казаков, 3 тыс. Уфимских башкир, 500 мещеряков, 500 ясачных татар и от 3-х до 4-х тысяч казанских татар.
На Уйскую линию было переселено до 1000 зауральных башкир 5000 крестьян Екатеринбургской и Исетской провинции, 500 яицких казаков и 300 уфимских нагайбацких и ельдяцких казаков и 3 роты Уфимского полка.
Нижне-Яицкая линия охранялась яицкими казаками и для той же цели предназначалось 5000 калмыков.
По данным историка Рычкова, во времена Неплюева Оренбургский край располагал военными силами в 20 тыс. человек, чего было вполне достаточно, чтобы упрочить в крае военное господство России.