С образованием Оренбургской губ. Яицкое казачье войско, бывшее до тех пор в ведении Астраханского губернатора, было подчинено Оренбургскому губернатору.
Нам уже известно, что ядро этого войска было образовано группой донских казаков, появившихся в XVI в. в устье р. Яика.
В царствование Михаила Федоровича, по собственной просьбе, казаки были зачислены в состав служилых людей и получили грамоту на вечное владение р. Яиком, от верховьев до устья.
С появлением калмыков между реками Яиком и Волгой, казаки вступили с ними в борьбу и сохранили за собой среднее и нижнее течение р. Яика.
В 1630 году Московское правительство построило при устье реки Яика острог Гурьев, поставив там стрельцов, но казакам не понравился гурьевский гарнизон, запиравший им выход из реки в свободное море, и они не один раз прогоняли стрельцов. Но по мере того, как в центре усиливалась государственная власть, Московское правительство стремилось подчинить казаков и использовать их военную силу в целях государства. Казаки неохотно подчинялись Москве и поднимали восстания. Они принимали участие в восстании Разина, но после подавления этого восстания были вынуждены покориться.
В 1670 г. Яицкое войско было зачислено в Казанский Приказ. С этого времени казаков стали наряжать на службу вне пределов войска.
В 1719 году Петр I подчинил войско Коллегии Иностранных дел, а в 1721 году оно было зачислено в ведомство Военной Коллегии; по делам же гражданским казаки были подчинены Астраханскому губернатору.
Со времени подчинения Военной Коллегии, казаки стали подвергаться различным притеснениям, ограничивающим их старый быт. Внутреннее устройство Яицкого войска имело характер древневечевой республики. Во главе войска стоял Войсковой Круг, состоявший из казаков, который и обладал законодательной властью. Власть исполнительная была в руках войскового атамана и старшин, избираемых вольными голосами всего войска. Войско управлялось на основах обычного права, сложившегося в своеобразных условиях их военного быта.
Военная Коллегия не могла допустить старого казацкого самоуправления и старалась ввести их в общую систему государственного управления. Казаки протестовали: «Не было сего у наших дедов и отцов», — говорили они, — «не бывать и у нас». Они упорно отказывались следовать указаниям Военной Коллегии, «дабы и впредь не повадно было».
В 1722 году Петр I командировал на Яик полковника Захарова с поручением произвести казакам перепись. Казаки возмутились сожгли свой городок и решили уйти в киргизскую степь, но были усмирены. Выборный войсковой атаман Меркурьев, оказавший при этом услуги правительству, помимо воли войска, был назначен пожизненным войсковым атаманом. Казаки были переписаны, причем их оказалось 5,771 муж.
Ставленник московского правительства, атаман Меркурьев, злоупотреблял своей властью. Казачество разбилось на две партии — «послушных» и «непослушных» казаков, составлявших «войсковую» и «старшинскую» партии. Непослушные казаки вели борьбу с атаманом и жаловались на него в Москву. Московские чиновники поддерживали атамана и его партию. Наконец, атаман проворовался и в 1737 г. был уволен со службы, но право выбирать атамана было-навсегда отнято у Яицкого войска. Они могли избрать лишь трех кандидатов, из которых один утверждался правительством.
В 1744 году, как мы сказали, Яицкое войско вошло в состав Оренбургской губ. Войску было поручено охранять Нижне-Яицкую линию. Насчитывая в своих рядах около 3000 бойцов, казаки держали кордоны на протяжении 700 верст, что требовало огромного напряжения сил. Правительство решило усилить их одним драгунским полком, но казаки не согласились, опасаясь, что новые поселенцы нанесут ущерб их рыболовству. Они просили оставить их на прежних основаниях и сдать им за особую арендную плату учуг, устроенный в низовьях реки Яика частными рыбопромышленниками. Правительство уважило их просьбу.
Неплюев ценил казаков, как военную силу и чрезвычайно осторожно относился к их обычаям, религиозным убеждениям и формам внутреннего самоуправления. Он ввел в войске штаты чиновников и упорядочил военную организацию, разделив их на полки, сотни и десятки и установил очередь отбывания службы. В войске продолжал существовать Войсковой Круг, но власть его была ограничена: он рассматривал только хозяйственные дела. Для дел судебных был учрежден Войсковой Суд. На неправильные действия суда и администрации казакам было предоставлено право приносить жалобы Оренбургскому губернатору.
Еще предшественники Неплюева стремились возможно больше усилить местных казаков, так как по своим качествам они являлись наиболее надежными сторожами русских границ. Против быстрых и отважных казак-киргизов регулярные войска были мало пригодны и только казаки, служившие о дву-конь, были их страшными противниками.
По примеру Яицкого войска, в 1755 году Неплюев положил основание Оренбургскому казачьему войску, сформировав из казаков Оренбургский нерегулярный корпус.